More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_5734 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_5734  pseudouridine synthase  100 
 
 		 285 aa  565  1e-160  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0575  pseudouridine synthase  60.27 
 
 		 304 aa  326  3e-88  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1989  pseudouridine synthase  50.18 
 
 		 254 aa  261  6e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  33.87 
 
 		 346 aa  95.1  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  28.81 
 
 		 306 aa  91.3  2e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  31.82 
 
 		 242 aa  88.2  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  30.96 
 
 		 364 aa  86.7  5e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  32.94 
 
 		 370 aa  85.9  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  29.05 
 
 		 229 aa  85.5  9e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.38 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  28.65 
 
 		 314 aa  84.3  0.000000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.12 
 
 		 403 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  31.6 
 
 		 252 aa  84  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  30.38 
 
 		 235 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2148  pseudouridine synthase  24.77 
 
 		 216 aa  82.8  0.000000000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  31.2 
 
 		 378 aa  82.4  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  28.4 
 
 		 329 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  29.27 
 
 		 436 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.89 
 
 		 391 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1865  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.7 
 
 		 241 aa  81.6  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.09 
 
 		 403 aa  81.6  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  30.54 
 
 		 215 aa  81.6  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  28.87 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  30.08 
 
 		 405 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  33.6 
 
 		 399 aa  81.3  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  30.08 
 
 		 407 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.36 
 
 		 438 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  28.28 
 
 		 234 aa  81.3  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  30.3 
 
 		 204 aa  81.3  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  27.53 
 
 		 311 aa  80.5  0.00000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2080  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 241 aa  80.5  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  30.99 
 
 		 275 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  27.13 
 
 		 311 aa  80.9  0.00000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_33477  DRAP deaminase  26.03 
 
 		 585 aa  80.1  0.00000000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.261571 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.61 
 
 		 395 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.61 
 
 		 395 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  32.74 
 
 		 270 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  30.04 
 
 		 648 aa  80.1  0.00000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  30.61 
 
 		 395 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  30.61 
 
 		 389 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  30.12 
 
 		 339 aa  79.7  0.00000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  30.61 
 
 		 389 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  30.61 
 
 		 389 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.09 
 
 		 307 aa  79.7  0.00000000000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  29.27 
 
 		 431 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  29.07 
 
 		 323 aa  79.7  0.00000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  30.61 
 
 		 389 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  28.84 
 
 		 285 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.97 
 
 		 314 aa  79.3  0.00000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2875  RluA family pseudouridine synthase  32.49 
 
 		 369 aa  79.3  0.00000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.767163 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.98 
 
 		 338 aa  79  0.00000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.390571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.63 
 
 		 318 aa  79  0.00000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  30.04 
 
 		 362 aa  79  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3536  pseudouridine synthase RluA-like protein  27.27 
 
 		 224 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  30.91 
 
 		 287 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  31.6 
 
 		 215 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.6 
 
 		 215 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  30.91 
 
 		 287 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  30.91 
 
 		 287 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10936  DRAP deaminase (Rib2), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G16360)  28.38 
 
 		 572 aa  77.8  0.0000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.292006 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  31.75 
 
 		 256 aa  77.8  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  28.86 
 
 		 400 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  28.99 
 
 		 211 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  29.72 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  27.42 
 
 		 376 aa  77.4  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1974  pseudouridine synthase  30.71 
 
 		 238 aa  77.4  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  29.96 
 
 		 326 aa  77.8  0.0000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  29.77 
 
 		 278 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.79 
 
 		 213 aa  77.8  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  30.19 
 
 		 215 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  28.63 
 
 		 339 aa  77  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  28.05 
 
 		 360 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1995  pseudouridine synthase  32.23 
 
 		 241 aa  77.4  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.05 
 
 		 402 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0318  RluA  25.32 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264747  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.15 
 
 		 344 aa  77  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  31.15 
 
 		 258 aa  77.4  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  28.05 
 
 		 402 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  30.08 
 
 		 211 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  28.05 
 
 		 402 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  29.72 
 
 		 398 aa  76.6  0.0000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  30.31 
 
 		 211 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  27.94 
 
 		 293 aa  76.6  0.0000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.35 
 
 		 332 aa  76.6  0.0000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  30.08 
 
 		 211 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3182  pseudouridine synthase  28.4 
 
 		 551 aa  76.3  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.186572  normal  0.110581 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  28.99 
 
 		 307 aa  75.9  0.0000000000007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.93 
 
 		 315 aa  75.9  0.0000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.22 
 
 		 211 aa  75.9  0.0000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.18 
 
 		 250 aa  75.9  0.0000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  26.79 
 
 		 224 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  26.69 
 
 		 226 aa  75.9  0.0000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  28.86 
 
 		 315 aa  75.9  0.0000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4787  RluA family pseudouridine synthase  31.05 
 
 		 334 aa  75.5  0.0000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3759  pseudouridine synthase  28.51 
 
 		 255 aa  75.5  0.0000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.437728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2207  pseudouridine synthase  29.88 
 
 		 309 aa  75.5  0.0000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.41699  normal  0.754235 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0283  pseudouridine synthase, RluD  28.63 
 
 		 343 aa  75.5  0.0000000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.131037 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  27.96 
 
 		 273 aa  75.5  0.0000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0259  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  28.07 
 
 		 290 aa  75.5  0.0000000000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>