More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_1989 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013947  Snas_1989  pseudouridine synthase  100 
 
 		 254 aa  515  1.0000000000000001e-145  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5734  pseudouridine synthase  51.54 
 
 		 285 aa  258  5.0000000000000005e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0575  pseudouridine synthase  47.1 
 
 		 304 aa  247  1e-64  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.04 
 
 		 213 aa  102  5e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  36.45 
 
 		 204 aa  100  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  32.91 
 
 		 226 aa  99.8  4e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 227 aa  99.8  4e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  32.31 
 
 		 234 aa  98.6  8e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  32.48 
 
 		 225 aa  98.2  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  26.72 
 
 		 293 aa  98.2  1e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  33.63 
 
 		 225 aa  97.1  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  34.67 
 
 		 215 aa  97.1  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.67 
 
 		 215 aa  97.1  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  30.74 
 
 		 224 aa  97.4  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  31.44 
 
 		 225 aa  97.8  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  32.05 
 
 		 225 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  32.05 
 
 		 225 aa  96.7  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  32.05 
 
 		 225 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.62 
 
 		 225 aa  97.1  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  34.55 
 
 		 370 aa  96.7  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.62 
 
 		 225 aa  97.1  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.91 
 
 		 300 aa  95.9  5e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.19 
 
 		 225 aa  95.1  9e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  31.58 
 
 		 235 aa  95.1  1e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1344  pseudouridine synthase, RluA family  32.14 
 
 		 313 aa  95.1  1e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3182  pseudouridine synthase  32.59 
 
 		 551 aa  94.7  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.186572  normal  0.110581 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  32.26 
 
 		 219 aa  94  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.77 
 
 		 300 aa  94  2e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.73 
 
 		 338 aa  94  2e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.390571  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  31.8 
 
 		 219 aa  93.2  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  32.2 
 
 		 541 aa  93.2  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  31.8 
 
 		 219 aa  93.6  3e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  31.8 
 
 		 219 aa  93.2  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  31.8 
 
 		 219 aa  93.2  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  31.8 
 
 		 219 aa  93.2  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  31.8 
 
 		 219 aa  93.2  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  31.8 
 
 		 219 aa  93.2  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.32 
 
 		 307 aa  92.8  5e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  32.35 
 
 		 246 aa  92.8  5e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  33.48 
 
 		 215 aa  92.8  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  28.91 
 
 		 217 aa  92.8  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  30.18 
 
 		 319 aa  92.4  6e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  33.91 
 
 		 286 aa  92.4  6e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.97 
 
 		 250 aa  92.4  7e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  27.98 
 
 		 306 aa  92  7e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  32.3 
 
 		 547 aa  92  8e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2914  pseudouridine synthase  32.14 
 
 		 551 aa  92  8e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  31.34 
 
 		 219 aa  91.7  9e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  29.1 
 
 		 242 aa  91.3  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  30.18 
 
 		 241 aa  91.7  1e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  31.91 
 
 		 302 aa  91.7  1e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0099  pseudouridine synthase Rlu family protein  28.29 
 
 		 224 aa  90.5  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000500513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 218 aa  91.3  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  27.97 
 
 		 308 aa  90.5  2e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0265  pseudouridine synthase, RluD  34.5 
 
 		 312 aa  90.9  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.187566  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  29.95 
 
 		 229 aa  90.5  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  33.49 
 
 		 225 aa  90.9  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.32 
 
 		 211 aa  89.7  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.89 
 
 		 223 aa  90.1  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.95 
 
 		 403 aa  90.1  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2969  pseudouridine synthase, RluA family  30.17 
 
 		 623 aa  90.5  3e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  31.36 
 
 		 225 aa  89.7  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0283  pseudouridine synthase, RluD  31.84 
 
 		 343 aa  89.4  5e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.131037 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0375  RluA family pseudouridine synthase  26.67 
 
 		 299 aa  89.4  6e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000429003  hitchhiker  0.000000000105454 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.18 
 
 		 212 aa  89  7e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  31.12 
 
 		 323 aa  88.6  8e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  32.35 
 
 		 320 aa  89  8e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2148  pseudouridine synthase  31.02 
 
 		 216 aa  88.6  9e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0066  pseudouridine synthase  34.11 
 
 		 217 aa  88.2  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.22289  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.6 
 
 		 318 aa  88.2  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  32.81 
 
 		 315 aa  87.8  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.77 
 
 		 244 aa  88.2  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1142  RNA psedouridine synthase  32.32 
 
 		 228 aa  88.2  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.41 
 
 		 223 aa  88.2  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0410  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  27.57 
 
 		 293 aa  87.8  1e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0259  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  30.59 
 
 		 290 aa  87.8  1e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  31.75 
 
 		 244 aa  87.4  2e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  31.65 
 
 		 364 aa  87.4  2e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 		 313 aa  87.8  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2521  pseudouridine synthase  31.48 
 
 		 240 aa  87.4  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  31.88 
 
 		 225 aa  87  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  30.41 
 
 		 219 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.22 
 
 		 217 aa  87  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  30.41 
 
 		 219 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  30.41 
 
 		 219 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.74 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.16 
 
 		 245 aa  87.8  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  35.98 
 
 		 256 aa  86.7  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  30.63 
 
 		 242 aa  87  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  30.41 
 
 		 219 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2838  pseudouridine synthase, RluD  31.48 
 
 		 296 aa  86.7  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000325771  decreased coverage  1.22587e-21 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  32.68 
 
 		 331 aa  86.7  3e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  30.41 
 
 		 219 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  31.1 
 
 		 560 aa  87  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  30.09 
 
 		 234 aa  87  3e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  33.04 
 
 		 245 aa  86.7  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  32.23 
 
 		 225 aa  86.7  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  35.86 
 
 		 301 aa  86.3  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2148  pseudouridine synthase  30.47 
 
 		 222 aa  86.3  4e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00375326  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.36 
 
 		 250 aa  86.3  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>