More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0099 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0099  pseudouridine synthase Rlu family protein  100 
 
 		 224 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000500513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4781  pseudouridine synthase Rlu family protein  75.34 
 
 		 224 aa  354  7.999999999999999e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  unclonable  0.0000000101532 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4390  pseudouridine synthase Rlu family protein  75.45 
 
 		 224 aa  353  1e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000480203 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0284  pseudouridine synthase Rlu family protein  71.18 
 
 		 229 aa  329  2e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000244017  hitchhiker  0.0000000309962 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0399  pseudouridine synthase Rlu family protein  70.31 
 
 		 229 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0325553  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0283  pseudouridine synthase Rlu family protein  71.49 
 
 		 228 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000123479 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4108  pseudouridine synthase Rlu family protein  70.72 
 
 		 229 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3738  pseudouridine synthase Rlu family protein  71.05 
 
 		 228 aa  325  3e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.605712  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0296  pseudouridine synthase Rlu family protein  70.31 
 
 		 230 aa  322  3e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0288  pseudouridine synthase Rlu family protein  69.87 
 
 		 230 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0295  pseudouridine synthase Rlu family protein  69.43 
 
 		 230 aa  318  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.859464  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3536  pseudouridine synthase RluA-like protein  73.21 
 
 		 224 aa  316  2e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0300  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  68.56 
 
 		 230 aa  315  3e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0111  pseudouridine synthase RluA-like protein  68.14 
 
 		 226 aa  311  6.999999999999999e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0092  pseudouridine synthase Rlu family protein  64.89 
 
 		 225 aa  309  2.9999999999999997e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.752208  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4080  pseudouridine synthase Rlu family protein  53.28 
 
 		 230 aa  238  6.999999999999999e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1290  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  50.45 
 
 		 237 aa  236  2e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.392817 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1142  RNA psedouridine synthase  51.12 
 
 		 228 aa  234  1.0000000000000001e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1318  pseudouridine synthase Rlu family protein  50.44 
 
 		 242 aa  229  3e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1273  pseudouridine synthase Rlu family protein  48.02 
 
 		 235 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003802  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  45.81 
 
 		 230 aa  214  9e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02690  hypothetical protein  45.81 
 
 		 230 aa  213  9.999999999999999e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3245  pseudouridine synthase  49.33 
 
 		 232 aa  211  4.9999999999999996e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  46.85 
 
 		 238 aa  201  5e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1929  pseudouridine synthase Rlu family protein  49.55 
 
 		 223 aa  200  9.999999999999999e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.975546 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1363  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.15 
 
 		 238 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0824413  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1914  copper-resistance protein CopA  49.5 
 
 		 209 aa  188  5e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.290092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_10480  predicted protein  45 
 
 		 178 aa  169  3e-41  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00789821 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02767  tRNA pseudouridine synthase A  45.08 
 
 		 279 aa  169  4e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  37.79 
 
 		 306 aa  106  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.75 
 
 		 300 aa  104  1e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.75 
 
 		 300 aa  102  4e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  35.38 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  35.78 
 
 		 302 aa  99.8  3e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  37.17 
 
 		 548 aa  98.2  8e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.37 
 
 		 322 aa  97.8  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  31 
 
 		 295 aa  97.8  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  33.51 
 
 		 297 aa  95.1  8e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  33.51 
 
 		 297 aa  94.7  9e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02470  conserved hypothetical protein  37.65 
 
 		 520 aa  94.4  1e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0281406  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  31.03 
 
 		 224 aa  94.4  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.79 
 
 		 543 aa  94.7  1e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  34.83 
 
 		 239 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.98 
 
 		 221 aa  94.4  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  31.94 
 
 		 314 aa  94.4  1e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  32.63 
 
 		 298 aa  94  2e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  32.63 
 
 		 298 aa  93.6  2e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  35.45 
 
 		 560 aa  93.2  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.29 
 
 		 276 aa  92.4  4e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  42.65 
 
 		 295 aa  92.4  4e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  30.41 
 
 		 346 aa  92.8  4e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.5 
 
 		 218 aa  92.4  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  34.44 
 
 		 239 aa  92.4  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0583  pseudouridine synthase, RluA family  35.22 
 
 		 305 aa  92  7e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  29.95 
 
 		 243 aa  92  7e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0574  RluA family pseudouridine synthase  33.16 
 
 		 301 aa  91.7  7e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000115636  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  32.69 
 
 		 306 aa  91.7  7e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  31.73 
 
 		 320 aa  91.7  8e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.35 
 
 		 308 aa  91.7  8e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  34.95 
 
 		 227 aa  91.7  8e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  30.32 
 
 		 293 aa  91.7  9e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6830  pseudouridine synthase, RluA family  31.37 
 
 		 303 aa  91.7  9e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  35.87 
 
 		 204 aa  91.7  9e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  35.71 
 
 		 224 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  31.58 
 
 		 307 aa  90.9  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.81 
 
 		 307 aa  91.3  1e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  32.34 
 
 		 246 aa  91.3  1e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  33.72 
 
 		 224 aa  90.9  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  33.51 
 
 		 299 aa  91.3  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  30.15 
 
 		 244 aa  90.5  2e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.58 
 
 		 307 aa  90.5  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  39.29 
 
 		 297 aa  90.5  2e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  33.87 
 
 		 354 aa  90.5  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  34.97 
 
 		 363 aa  90.1  2e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.58 
 
 		 319 aa  90.9  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 		 308 aa  90.5  2e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  32.85 
 
 		 222 aa  90.5  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  35.18 
 
 		 311 aa  90.1  2e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  31.58 
 
 		 307 aa  90.5  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  34 
 
 		 250 aa  90.9  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1989  pseudouridine synthase  28.29 
 
 		 254 aa  90.5  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09301  putative pseudouridylate synthase  37.87 
 
 		 207 aa  90.5  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.16 
 
 		 322 aa  89.7  3e-17  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  31.75 
 
 		 240 aa  89.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  35 
 
 		 249 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0175  RluA family pseudouridine synthase  31.38 
 
 		 296 aa  89.7  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.408906  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  33.86 
 
 		 310 aa  90.1  3e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  32.18 
 
 		 312 aa  89.4  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  29.21 
 
 		 303 aa  89.4  4e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.8 
 
 		 368 aa  89.7  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  30.66 
 
 		 246 aa  89.4  4e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.83 
 
 		 308 aa  89.4  4e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  30.14 
 
 		 217 aa  89.4  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.05 
 
 		 307 aa  89  5e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  30.53 
 
 		 307 aa  89.4  5e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  30.53 
 
 		 307 aa  89.4  5e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  30.53 
 
 		 307 aa  89.4  5e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  29.8 
 
 		 308 aa  89  5e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.51 
 
 		 330 aa  88.6  6e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  35.22 
 
 		 307 aa  88.6  7e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>