More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0575 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0575  pseudouridine synthase  100 
 
 		 304 aa  595  1e-169  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5734  pseudouridine synthase  61.82 
 
 		 285 aa  330  1e-89  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1989  pseudouridine synthase  47.44 
 
 		 254 aa  248  1e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  26.39 
 
 		 234 aa  84.7  0.000000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  28.52 
 
 		 270 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2093  pseudouridine synthase  24.46 
 
 		 260 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000796384  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  28.77 
 
 		 648 aa  75.1  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  26.75 
 
 		 252 aa  73.2  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  26.37 
 
 		 223 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0516  pseudouridine synthase  28.69 
 
 		 298 aa  72.4  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  26.13 
 
 		 304 aa  72.4  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  26.74 
 
 		 223 aa  72  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  25.82 
 
 		 278 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  23.7 
 
 		 223 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0022  RNA pseudouridylate synthase family protein  23.31 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  39.32 
 
 		 405 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  39.32 
 
 		 407 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.46 
 
 		 438 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  37.61 
 
 		 431 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  25.55 
 
 		 258 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  37.61 
 
 		 436 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  40.52 
 
 		 389 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  40.52 
 
 		 389 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.52 
 
 		 395 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2380  pseudouridine synthase  24.91 
 
 		 238 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0555647  normal  0.85539 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.52 
 
 		 395 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  40.52 
 
 		 389 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  25.93 
 
 		 256 aa  68.9  0.00000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  27.98 
 
 		 287 aa  68.9  0.00000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  37.61 
 
 		 400 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  24.2 
 
 		 238 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  27.98 
 
 		 287 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  38.46 
 
 		 360 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  40.52 
 
 		 395 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  27.98 
 
 		 287 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  38.46 
 
 		 402 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  27.98 
 
 		 287 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  40.52 
 
 		 389 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  38.46 
 
 		 402 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.52 
 
 		 213 aa  68.2  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.66 
 
 		 403 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.46 
 
 		 402 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  26.42 
 
 		 256 aa  67.4  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0024  RNA pseudouridine synthase family protein  23.31 
 
 		 300 aa  67.4  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.66 
 
 		 391 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0265  pseudouridine synthase, RluD  43.69 
 
 		 312 aa  67  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.187566  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10936  DRAP deaminase (Rib2), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G16360)  25.2 
 
 		 572 aa  67  0.0000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.292006 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  27.16 
 
 		 257 aa  66.6  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  27.16 
 
 		 257 aa  66.6  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.11 
 
 		 307 aa  67  0.0000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  25.29 
 
 		 250 aa  67  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  37.1 
 
 		 376 aa  67  0.0000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  27.16 
 
 		 257 aa  66.6  0.0000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0839  pseudouridine synthase, RluA family  36.67 
 
 		 336 aa  66.6  0.0000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00962928 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  35.44 
 
 		 293 aa  66.2  0.0000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.89 
 
 		 332 aa  66.2  0.0000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  24.44 
 
 		 263 aa  65.9  0.0000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  41.88 
 
 		 315 aa  65.9  0.0000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  36.79 
 
 		 242 aa  65.1  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.91 
 
 		 308 aa  65.5  0.000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0276  pseudouridine synthase, RluA family  43.18 
 
 		 312 aa  65.1  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.23 
 
 		 318 aa  65.5  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.84 
 
 		 296 aa  65.5  0.000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  40.78 
 
 		 307 aa  64.7  0.000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  34.62 
 
 		 285 aa  64.3  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  39.05 
 
 		 227 aa  64.3  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_15666  predicted protein  26.02 
 
 		 235 aa  64.7  0.000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.96 
 
 		 296 aa  63.9  0.000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2094  pseudouridine synthase, RluD  25.21 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  36.63 
 
 		 229 aa  63.9  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1431  pseudouridine synthase, RluA family  35.79 
 
 		 289 aa  63.9  0.000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  45.35 
 
 		 297 aa  63.9  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  26.59 
 
 		 255 aa  63.9  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3182  pseudouridine synthase  39.81 
 
 		 551 aa  63.5  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.186572  normal  0.110581 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1344  pseudouridine synthase, RluA family  46.88 
 
 		 313 aa  63.5  0.000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  29.73 
 
 		 226 aa  63.5  0.000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 223 aa  63.5  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  36.54 
 
 		 275 aa  63.5  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  44.58 
 
 		 306 aa  63.5  0.000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  37.86 
 
 		 548 aa  63.2  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  37.27 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  42.25 
 
 		 323 aa  63.2  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.93 
 
 		 403 aa  63.2  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1482  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.86 
 
 		 305 aa  63.2  0.000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.696906  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  28.46 
 
 		 254 aa  63.2  0.000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  41.59 
 
 		 322 aa  63.2  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0018  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (rRNA-uridine isomerase D)  34.48 
 
 		 326 aa  63.2  0.000000006  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1202  pseudouridine synthase  33.91 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.90311  normal  0.0231079 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.24 
 
 		 221 aa  63.2  0.000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.53 
 
 		 300 aa  62.8  0.000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  36.44 
 
 		 358 aa  62.8  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.45 
 
 		 211 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2148  pseudouridine synthase  50.98 
 
 		 216 aa  62.8  0.000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  25.51 
 
 		 298 aa  62.8  0.000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  35.45 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  37.27 
 
 		 211 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3150  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  26.42 
 
 		 239 aa  62.4  0.000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0942685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  43.01 
 
 		 346 aa  62.4  0.000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3265  pseudouridine synthase, RluA family  43.21 
 
 		 302 aa  62.4  0.000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0401  pseudouridine synthase  27.09 
 
 		 292 aa  61.6  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>