155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3871 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3871  protein of unknown function DUF752  100 
 
 
226 aa  466  1.0000000000000001e-131  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.418241  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3563  protein of unknown function DUF752  46.19 
 
 
223 aa  193  2e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0158975  normal  0.127143 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4488  protein of unknown function DUF752  41.94 
 
 
223 aa  186  3e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0144966  normal  0.226664 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07050  hypothetical protein  41.82 
 
 
226 aa  176  3e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2146  hypothetical protein  39.53 
 
 
251 aa  168  6e-41  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1602  protein of unknown function DUF752  39.91 
 
 
220 aa  166  2e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4769  hypothetical protein  39.19 
 
 
221 aa  165  5.9999999999999996e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.497303  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3321  hypothetical protein  39.46 
 
 
257 aa  158  7e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4256  hypothetical protein  39.09 
 
 
227 aa  154  7e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000473463  hitchhiker  0.0000809329 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0640  hypothetical protein  38.39 
 
 
227 aa  152  5e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00000640329  normal  0.493062 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3099  hypothetical protein  38.22 
 
 
230 aa  152  5e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0626942 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1235  protein of unknown function DUF752  34.39 
 
 
226 aa  136  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.887893  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0147  hypothetical protein  32.08 
 
 
227 aa  90.1  3e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00930427  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2336  hypothetical protein  32.04 
 
 
218 aa  87  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0305292  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1456  hypothetical protein  31.3 
 
 
225 aa  85.9  5e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.439461  normal  0.0456624 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3742  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  30.49 
 
 
665 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0063824 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34940  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  30.18 
 
 
653 aa  84  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0142  hypothetical protein  30 
 
 
242 aa  84  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1833  protein of unknown function DUF752  30.67 
 
 
229 aa  82.8  0.000000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.253186  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1639  oxidoreductase, FAD-binding protein  31.82 
 
 
660 aa  82.4  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.562541  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2539  hypothetical protein  28.96 
 
 
266 aa  82.4  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0656342  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0664  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  28.95 
 
 
676 aa  81.6  0.000000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0436264  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0879  hypothetical protein  28.51 
 
 
266 aa  81.6  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0152  protein of unknown function DUF752  30.52 
 
 
230 aa  80.9  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0757  protein of unknown function DUF752  26.03 
 
 
500 aa  79.3  0.00000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4098  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  29.17 
 
 
659 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3808  hypothetical protein  27.24 
 
 
682 aa  78.2  0.00000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.424966  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4486  hypothetical protein  27.88 
 
 
241 aa  78.2  0.00000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1489  hypothetical protein  25.86 
 
 
666 aa  77.8  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1358  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  28.12 
 
 
672 aa  77.8  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0608182  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1709  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  28.16 
 
 
657 aa  76.6  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0318232 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0764  hypothetical protein  26.82 
 
 
225 aa  76.3  0.0000000000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2619  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  27.63 
 
 
668 aa  76.6  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0612  hypothetical protein  24.77 
 
 
301 aa  75.9  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.930586  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1538  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  25 
 
 
672 aa  76.3  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0998844 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1359  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  27.9 
 
 
657 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.490609  normal  0.307096 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1494  hypothetical protein  24.57 
 
 
666 aa  75.5  0.0000000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0140  hypothetical protein  29.09 
 
 
218 aa  75.5  0.0000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.946459  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3963  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  26.36 
 
 
654 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.94523  normal  0.0279642 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1343  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  26.97 
 
 
654 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1751  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  26.36 
 
 
654 aa  75.1  0.0000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266449  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3155  protein of unknown function DUF752  26.82 
 
 
238 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.326369 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3230  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  29.02 
 
 
657 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1927  hypothetical protein  29.77 
 
 
617 aa  74.3  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.224364  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1328  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  26.11 
 
 
668 aa  73.6  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.831924  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1887  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  25.57 
 
 
672 aa  74.3  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06771  hypothetical protein  26.61 
 
 
297 aa  74.3  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06381  hypothetical protein  27.36 
 
 
303 aa  73.6  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2475  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  26.11 
 
 
668 aa  73.6  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02249  hypothetical protein  26.11 
 
 
668 aa  73.2  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.425785  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1332  tRNA U-34 5-methylaminomethyl-2-thiouridine biosynthesis protein MnmC  26.11 
 
 
668 aa  73.6  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02209  hypothetical protein  26.11 
 
 
668 aa  73.2  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.334228  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1926  tRNA U-34 5-methylaminomethyl-2-thiouridine biosynthesis protein MnmC  28.64 
 
 
639 aa  73.6  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.218262  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2806  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  28.32 
 
 
675 aa  73.2  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.641074  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2702  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  26.11 
 
 
668 aa  73.2  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.673186  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2891  protein of unknown function DUF752  27.06 
 
 
240 aa  72.4  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.0591468 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03106  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  25.45 
 
 
672 aa  72.4  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3369  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  27.68 
 
 
673 aa  72.4  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00235092  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1933  hypothetical protein  28.7 
 
 
254 aa  72.4  0.000000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3048  hypothetical protein  27.14 
 
 
635 aa  72  0.000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.115559  normal  0.0258128 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3465  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  25.45 
 
 
668 aa  72  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4644  tRNA U-34 5-methylaminomethyl-2-thiouridine biosynthesis protein MnmC  27.48 
 
 
645 aa  72.4  0.000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.683342  hitchhiker  0.0000257745 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1871  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  25 
 
 
672 aa  71.6  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0302238 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2481  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  25.97 
 
 
668 aa  71.6  0.000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1796  hypothetical protein  28.18 
 
 
639 aa  71.6  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1671  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  27.93 
 
 
654 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.86051  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1519  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  30.22 
 
 
689 aa  71.2  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0252518  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1410  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  29.78 
 
 
689 aa  71.2  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000203784  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0372  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  30.22 
 
 
689 aa  71.2  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000353518  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19400  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  28.38 
 
 
654 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0825831  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0621  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  27.52 
 
 
612 aa  69.7  0.00000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5281  protein of unknown function DUF752  25.47 
 
 
293 aa  70.1  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.338387 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2732  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  26.43 
 
 
666 aa  69.7  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2621  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  26.11 
 
 
666 aa  69.3  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000350397 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1737  hypothetical protein  31.13 
 
 
225 aa  68.9  0.00000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2519  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  26.43 
 
 
666 aa  68.9  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1076  protein of unknown function DUF752  26.76 
 
 
619 aa  68.6  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.506712  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2568  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  26.11 
 
 
666 aa  68.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.580805  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1390  hypothetical protein  29.11 
 
 
622 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.909333 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2586  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  28.12 
 
 
675 aa  67.8  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2872  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  26.75 
 
 
666 aa  68.2  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.715577  normal  0.0703666 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2608  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  27.19 
 
 
666 aa  67.8  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1701  hypothetical protein  26.56 
 
 
696 aa  67.4  0.0000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002869  5-methylaminomethyl-2-thiouridine-forming enzyme MnmC  25.45 
 
 
672 aa  67  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00103068  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3384  hypothetical protein  26.46 
 
 
705 aa  67  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0559  hypothetical protein  25.79 
 
 
300 aa  67.4  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3463  protein of unknown function DUF752  24.88 
 
 
296 aa  66.6  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0679006 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1989  hypothetical protein  25.97 
 
 
739 aa  66.6  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000136918 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1977  hypothetical protein  27.27 
 
 
697 aa  66.2  0.0000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2983  tRNA U-34 5-methylaminomethyl-2-thiouridine biosynthesis protein MnmC  26.36 
 
 
620 aa  66.2  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0704  hypothetical protein  25.89 
 
 
699 aa  65.9  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2424  hypothetical protein  28.64 
 
 
637 aa  65.9  0.0000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06681  hypothetical protein  27.36 
 
 
294 aa  65.5  0.0000000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.245122  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3359  hypothetical protein  25.58 
 
 
219 aa  65.5  0.0000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2377  hypothetical protein  26.15 
 
 
667 aa  65.5  0.0000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.954774 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1284  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  29.15 
 
 
613 aa  65.1  0.0000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000566158  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0743  tRNA U-34 5-methylaminomethyl-2-thiouridine biosynthesis protein MnmC  26.61 
 
 
668 aa  65.1  0.0000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1458  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  26.43 
 
 
675 aa  65.1  0.0000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.622829  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1378  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  23.74 
 
 
668 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1130  hypothetical protein  26.27 
 
 
305 aa  64.3  0.000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.398385  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>