141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3099 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_3099  hypothetical protein  100 
 
 
230 aa  477  1e-134  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0626942 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4256  hypothetical protein  47.19 
 
 
227 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000473463  hitchhiker  0.0000809329 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3321  hypothetical protein  45.99 
 
 
257 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0640  hypothetical protein  44.64 
 
 
227 aa  194  9e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00000640329  normal  0.493062 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3563  protein of unknown function DUF752  45.65 
 
 
223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0158975  normal  0.127143 
 
 
-
 
NC_002950  PG2146  hypothetical protein  40.89 
 
 
251 aa  159  4e-38  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4488  protein of unknown function DUF752  39.13 
 
 
223 aa  159  5e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0144966  normal  0.226664 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3871  protein of unknown function DUF752  38.22 
 
 
226 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.418241  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4769  hypothetical protein  37.39 
 
 
221 aa  151  8.999999999999999e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.497303  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07050  hypothetical protein  37.61 
 
 
226 aa  149  5e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1602  protein of unknown function DUF752  37.72 
 
 
220 aa  147  1.0000000000000001e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1235  protein of unknown function DUF752  37 
 
 
226 aa  141  9.999999999999999e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.887893  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1456  hypothetical protein  33.19 
 
 
225 aa  97.4  1e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.439461  normal  0.0456624 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2336  hypothetical protein  31.13 
 
 
218 aa  92  8e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0305292  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0147  hypothetical protein  32.09 
 
 
227 aa  87.4  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00930427  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1737  hypothetical protein  30.63 
 
 
225 aa  87.4  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0140  hypothetical protein  31.73 
 
 
218 aa  85.5  7e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.946459  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1833  protein of unknown function DUF752  29.2 
 
 
229 aa  83.6  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.253186  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4098  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  31.28 
 
 
659 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2539  hypothetical protein  30.52 
 
 
266 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0656342  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0142  hypothetical protein  28.77 
 
 
242 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0879  hypothetical protein  30.52 
 
 
266 aa  77  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1941  hypothetical protein  27.36 
 
 
298 aa  75.9  0.0000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3359  hypothetical protein  30.15 
 
 
219 aa  75.1  0.0000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1887  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  27.95 
 
 
672 aa  74.3  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0152  protein of unknown function DUF752  29.95 
 
 
230 aa  74.7  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1378  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  28.51 
 
 
668 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1130  hypothetical protein  28.64 
 
 
305 aa  73.9  0.000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.398385  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1933  hypothetical protein  30.56 
 
 
254 aa  73.9  0.000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4486  hypothetical protein  32.28 
 
 
241 aa  73.6  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3384  hypothetical protein  30.25 
 
 
705 aa  70.9  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06681  hypothetical protein  28.24 
 
 
294 aa  71.2  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.245122  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1538  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  29.96 
 
 
672 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0998844 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1277  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  26.94 
 
 
667 aa  71.2  0.00000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0226023  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1358  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  27.47 
 
 
672 aa  70.5  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0608182  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3155  protein of unknown function DUF752  30.45 
 
 
238 aa  69.7  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.326369 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1956  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  28.51 
 
 
644 aa  69.7  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.243551  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2806  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  25.86 
 
 
675 aa  68.9  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.641074  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0612  hypothetical protein  25.7 
 
 
301 aa  68.9  0.00000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.930586  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1871  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  27.46 
 
 
672 aa  68.6  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0302238 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0048  SAM-dependent methyltransferase  27.11 
 
 
298 aa  68.2  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.62416  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18881  hypothetical protein  26.61 
 
 
313 aa  68.2  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.299649 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3463  protein of unknown function DUF752  26.29 
 
 
296 aa  67.4  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0679006 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06381  hypothetical protein  26.89 
 
 
303 aa  67.4  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0067  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  27.31 
 
 
657 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1751  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  28.64 
 
 
654 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266449  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3230  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  30.66 
 
 
657 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3963  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  28.64 
 
 
654 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.94523  normal  0.0279642 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3369  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  27.16 
 
 
673 aa  66.2  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00235092  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0764  hypothetical protein  25.23 
 
 
225 aa  65.5  0.0000000006  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2891  protein of unknown function DUF752  27.85 
 
 
240 aa  65.5  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.0591468 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3808  hypothetical protein  27.47 
 
 
682 aa  65.5  0.0000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.424966  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06691  hypothetical protein  28.44 
 
 
298 aa  65.5  0.0000000007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.194908  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1076  protein of unknown function DUF752  30.69 
 
 
619 aa  65.5  0.0000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.506712  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34940  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  30.05 
 
 
653 aa  65.5  0.0000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1778  hypothetical protein  25.55 
 
 
303 aa  65.1  0.0000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0773906  normal  0.904742 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3048  hypothetical protein  27.52 
 
 
635 aa  65.1  0.0000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.115559  normal  0.0258128 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1327  hypothetical protein  28.51 
 
 
330 aa  65.1  0.000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0757  protein of unknown function DUF752  26.41 
 
 
500 aa  64.3  0.000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1964  hypothetical protein  26.39 
 
 
653 aa  64.3  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.117707  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1458  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  26.36 
 
 
675 aa  63.2  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.622829  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1996  fused 5-methylaminomethyl-2-thiouridine-forming enzyme methyltransferase and FAD-dependent demodification enzyme  26.75 
 
 
690 aa  63.2  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.155036  normal  0.387333 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3066  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  26.36 
 
 
655 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.16811 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0130  hypothetical protein  27.31 
 
 
674 aa  62.8  0.000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000346728  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1927  hypothetical protein  25.69 
 
 
617 aa  62.4  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.224364  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1709  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  26.97 
 
 
657 aa  62  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0318232 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2850  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  27.35 
 
 
644 aa  62  0.000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.413253  normal  0.437245 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1343  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  27.49 
 
 
654 aa  62  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5281  protein of unknown function DUF752  27.27 
 
 
293 aa  62  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.338387 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4644  tRNA U-34 5-methylaminomethyl-2-thiouridine biosynthesis protein MnmC  28.57 
 
 
645 aa  61.6  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.683342  hitchhiker  0.0000257745 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0003  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  26.64 
 
 
657 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002869  5-methylaminomethyl-2-thiouridine-forming enzyme MnmC  26.75 
 
 
672 aa  60.5  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00103068  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3401  hypothetical protein  26.99 
 
 
674 aa  60.5  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.473665  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1359  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  28.02 
 
 
657 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.490609  normal  0.307096 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3396  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  27 
 
 
708 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.145892  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06771  hypothetical protein  25.46 
 
 
297 aa  60.1  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0003  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  27 
 
 
708 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1671  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  29.3 
 
 
654 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.86051  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0840  protein of unknown function DUF752  27.88 
 
 
289 aa  59.7  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1639  oxidoreductase, FAD-binding protein  27.23 
 
 
660 aa  59.3  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.562541  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2586  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  24.89 
 
 
675 aa  59.3  0.00000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0704  hypothetical protein  25.88 
 
 
699 aa  59.3  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2983  tRNA U-34 5-methylaminomethyl-2-thiouridine biosynthesis protein MnmC  27.18 
 
 
620 aa  59.3  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1410  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  26.34 
 
 
689 aa  58.9  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000203784  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0372  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  26.34 
 
 
689 aa  58.9  0.00000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000353518  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1519  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  26.34 
 
 
689 aa  58.9  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0252518  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0559  hypothetical protein  26.87 
 
 
300 aa  58.5  0.00000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02249  hypothetical protein  26.29 
 
 
668 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.425785  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02209  hypothetical protein  26.29 
 
 
668 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.334228  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0811  protein of unknown function DUF752  27.43 
 
 
289 aa  58.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2608  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  26.25 
 
 
666 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19400  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  28.37 
 
 
654 aa  57  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0825831  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2619  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  26.5 
 
 
668 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3742  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  29.72 
 
 
665 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0063824 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1471  hypothetical protein  27.46 
 
 
707 aa  56.2  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2481  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  24.56 
 
 
668 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1070  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  26.32 
 
 
680 aa  55.8  0.0000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.388206  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1989  hypothetical protein  24.15 
 
 
739 aa  55.8  0.0000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000136918 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2475  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  25.86 
 
 
668 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1328  5-methylaminomethyl-2-thiouridine methyltransferase  25.86 
 
 
668 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.831924  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>