More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_0511 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012880  Dd703_0511  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
495 aa  1020    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50990  Nitrogen fixation regulatory protein, NifL  30.52 
 
 
519 aa  209  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1488  PAS  30.92 
 
 
531 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.877677 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0763  sensory box histidine kinase  28.24 
 
 
522 aa  188  2e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.576233  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1426  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.18 
 
 
1079 aa  120  7e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.688315  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2558  signal transduction protein  41.04 
 
 
1061 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000139112  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0244  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.03 
 
 
1066 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1834  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.76 
 
 
681 aa  116  7.999999999999999e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3071  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.81 
 
 
1222 aa  116  8.999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0997499 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.72 
 
 
916 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2979  PAS sensor, serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit  40.83 
 
 
754 aa  114  5e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.02 
 
 
859 aa  114  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.15 
 
 
424 aa  113  6e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.65 
 
 
1313 aa  113  9e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.33 
 
 
461 aa  113  9e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.18 
 
 
853 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0961  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.71 
 
 
1611 aa  113  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100608  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1035  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.21 
 
 
1041 aa  112  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.73134 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0896  signal transduction histidine kinase  35.07 
 
 
839 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.335338  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2055  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.15 
 
 
1034 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1062  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.93 
 
 
1027 aa  111  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.782086  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0781  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
1101 aa  110  5e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.114215 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1127  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.69 
 
 
989 aa  110  5e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.476664 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1353  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.67 
 
 
1029 aa  109  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.283316  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0973  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.6 
 
 
1064 aa  109  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.17 
 
 
764 aa  108  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.210593  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.59 
 
 
1017 aa  108  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.43 
 
 
1568 aa  107  3e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0836  putative PAS/PAC sensor protein  43.9 
 
 
487 aa  108  3e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0895  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.87 
 
 
894 aa  107  4e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.530834 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1343  EAL and GGDEF domain-containing protein  38.33 
 
 
1274 aa  107  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.31 
 
 
840 aa  106  9e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0500157  hitchhiker  7.41843e-16 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.5 
 
 
962 aa  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1772  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.66 
 
 
1169 aa  106  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.914739  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2818  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
649 aa  106  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0076  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.61 
 
 
675 aa  105  1e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.32 
 
 
1052 aa  105  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.697707  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0207  protein phosphatase 2C-like, stage II sporulation E  33.78 
 
 
684 aa  105  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.543577  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3597  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.19 
 
 
587 aa  105  2e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1335  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.08 
 
 
920 aa  105  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0269119  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1655  sensory box histidine kinase/response regulator  40.19 
 
 
824 aa  104  3e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2024  fused PAS sensor histidine kinase protein and response regulator  30 
 
 
1005 aa  104  3e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00627468  normal  0.216163 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.28 
 
 
1118 aa  104  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2063  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.89 
 
 
1622 aa  105  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.578386 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.77 
 
 
1053 aa  104  4e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1326  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.68 
 
 
1002 aa  104  5e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.121951  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0030  hypothetical protein  36.11 
 
 
976 aa  103  6e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.67 
 
 
1061 aa  103  6e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2771  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.28 
 
 
860 aa  103  7e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3045  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.51 
 
 
954 aa  103  7e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00011876  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3006  PAS  34.42 
 
 
1560 aa  103  8e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.755684 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0757  sensory box/GGDEF family protein  37.61 
 
 
567 aa  103  8e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0876  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.02 
 
 
709 aa  103  9e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0730078  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0839  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1207 aa  102  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0696  sensory box/GGDEF family protein  37.61 
 
 
568 aa  102  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.612215  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.23 
 
 
1177 aa  102  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0539  sensory box, GGDEF family protein  37.61 
 
 
567 aa  102  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0539  sensory box, GGDEF family protein  37.61 
 
 
567 aa  102  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0683  sensory box/GGDEF family protein  37.61 
 
 
567 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00619208 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.97 
 
 
1108 aa  102  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0221086  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0029  hypothetical protein  36.11 
 
 
976 aa  101  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.13 
 
 
773 aa  101  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.021882 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0664  sensory box/GGDEF family protein  35.9 
 
 
567 aa  101  3e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1929  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.61 
 
 
791 aa  101  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.108732  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.17 
 
 
1260 aa  100  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
1260 aa  101  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4673  sensory box/GGDEF family protein  35.9 
 
 
567 aa  100  5e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  5.6834899999999996e-21 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2754  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.52 
 
 
1275 aa  100  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.727357 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.75 
 
 
567 aa  100  6e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1253  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.9 
 
 
673 aa  100  7e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2401  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.19 
 
 
991 aa  99.8  9e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.25 
 
 
773 aa  100  9e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4387  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.09 
 
 
718 aa  99.8  9e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 
769 aa  99.8  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1430  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.23 
 
 
737 aa  99.4  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.224344 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.68 
 
 
1202 aa  98.6  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0595  sensory box/GGDEF family protein  36.75 
 
 
567 aa  99  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.84 
 
 
650 aa  99  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0628  sensory box/GGDEF family protein  36.75 
 
 
567 aa  99  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1984  PAS sensor protein  37.31 
 
 
506 aa  98.2  3e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.117644  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0074  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.84 
 
 
857 aa  98.2  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.102755  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1928  two component LuxR family transcriptional regulator  37.82 
 
 
487 aa  97.8  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.793322  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3164  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.61 
 
 
1245 aa  97.8  4e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.26571  hitchhiker  0.00125378 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1227  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.37 
 
 
1229 aa  97.4  5e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0700  sensory box/response regulator  38.84 
 
 
637 aa  97.1  7e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5660  hypothetical protein  37.59 
 
 
839 aa  97.1  7e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.32582 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1893  putative PAS/PAC sensor protein  28.9 
 
 
879 aa  96.7  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1983  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.66 
 
 
1353 aa  95.9  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.103002  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.38 
 
 
419 aa  96.3  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0748  PAS sensor protein  36.7 
 
 
647 aa  96.3  1e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2590  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.11 
 
 
1959 aa  95.5  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0694001 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.77 
 
 
1144 aa  95.1  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.32 
 
 
1050 aa  95.1  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1512  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.77 
 
 
1480 aa  95.5  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0878697 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3522  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.11 
 
 
1287 aa  95.1  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.01 
 
 
416 aa  95.1  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.51 
 
 
925 aa  95.1  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0254  PAS sensor protein  29.61 
 
 
836 aa  94.7  3e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.01 
 
 
416 aa  95.1  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 
927 aa  94.4  4e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>