More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0632 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0632  putative ornithine/diaminopimelate PLP dependent decarboxylase  100 
 
 		 456 aa  919    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3685  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  53.93 
 
 		 482 aa  435  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.429983  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3904  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  51.01 
 
 		 467 aa  427  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3753  diaminopimelate decarboxylase  36.47 
 
 		 432 aa  215  9.999999999999999e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0331776  normal  0.212108 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.57 
 
 		 459 aa  201  1.9999999999999998e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.61093  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2537  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.99 
 
 		 1072 aa  156  8e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11423  probable diaminopimelate decarboxylase  24.62 
 
 		 470 aa  148  2.0000000000000003e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10961  diaminopimelate decarboxylase  24.84 
 
 		 455 aa  89.7  9e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.297348  normal  0.231621 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2875  Orn/DAP/Arg decarboxylase family protein  27.06 
 
 		 461 aa  88.6  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.467454  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  25.25 
 
 		 421 aa  84  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3046  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.62 
 
 		 547 aa  82  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.552764  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  26.4 
 
 		 421 aa  81.3  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  27.37 
 
 		 421 aa  80.1  0.00000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  25.23 
 
 		 416 aa  79  0.0000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0693  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.15 
 
 		 379 aa  76.3  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1746  diaminopimelate decarboxylase  21.64 
 
 		 435 aa  76.3  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.147436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  26.37 
 
 		 415 aa  76.3  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1908  diaminopimelate decarboxylase  26.42 
 
 		 421 aa  74.7  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  23.56 
 
 		 445 aa  74.7  0.000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_004310  BR1983  diaminopimelate decarboxylase  26.42 
 
 		 421 aa  74.7  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  26.27 
 
 		 421 aa  74.3  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4034  diaminopimelate decarboxylase  24.95 
 
 		 470 aa  74.7  0.000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.84121  hitchhiker  0.00505776 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  23.4 
 
 		 406 aa  73.9  0.000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0425  diaminopimelate decarboxylase  23.26 
 
 		 393 aa  73.6  0.000000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5579  diaminopimelate decarboxylase  26.46 
 
 		 451 aa  72.8  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.485519 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11971  diaminopimelate decarboxylase  21.27 
 
 		 457 aa  73.2  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  24.83 
 
 		 440 aa  72.4  0.00000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  30.1 
 
 		 420 aa  72.4  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  24.61 
 
 		 433 aa  72.4  0.00000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3377  diaminopimelate decarboxylase  27.8 
 
 		 452 aa  72.4  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.411773  normal  0.115373 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0732  diaminopimelate decarboxylase  25.22 
 
 		 443 aa  72.4  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  25 
 
 		 415 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  30.24 
 
 		 416 aa  70.9  0.00000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2435  diaminopimelate decarboxylase  23.56 
 
 		 475 aa  70.9  0.00000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.588454 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  24.05 
 
 		 417 aa  70.9  0.00000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3816  diaminopimelate decarboxylase  25.74 
 
 		 422 aa  70.5  0.00000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0612  diaminopimelate decarboxylase  22.35 
 
 		 436 aa  70.5  0.00000000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.239326  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  27.95 
 
 		 415 aa  70.1  0.00000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  27.88 
 
 		 434 aa  70.1  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  24.53 
 
 		 415 aa  70.5  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  25.23 
 
 		 416 aa  70.1  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  30.94 
 
 		 425 aa  70.1  0.00000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  24.94 
 
 		 451 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  21.53 
 
 		 415 aa  69.3  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  22.74 
 
 		 443 aa  69.7  0.0000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8366  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  25.8 
 
 		 392 aa  69.7  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  27.3 
 
 		 417 aa  69.7  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  24.15 
 
 		 414 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1101  diaminopimelate decarboxylase  21.13 
 
 		 457 aa  68.6  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  24.69 
 
 		 422 aa  68.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_475  diaminopimelate decarboxylase  29.75 
 
 		 434 aa  68.9  0.0000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11961  diaminopimelate decarboxylase  20.85 
 
 		 457 aa  68.6  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  28.07 
 
 		 419 aa  67.8  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  28.07 
 
 		 419 aa  67.8  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  26.46 
 
 		 447 aa  68.6  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1490  diaminopimelate decarboxylase  21.65 
 
 		 421 aa  67.8  0.0000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00291349  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1461  diaminopimelate decarboxylase  21.65 
 
 		 421 aa  67.8  0.0000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  24.59 
 
 		 414 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  23.58 
 
 		 427 aa  67.4  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  23.96 
 
 		 423 aa  67.4  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6954  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  25.13 
 
 		 403 aa  67  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160275  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2505  diaminopimelate decarboxylase  22.31 
 
 		 402 aa  67  0.0000000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.296438  normal  0.747447 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.22 
 
 		 419 aa  67  0.0000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3974  diaminopimelate decarboxylase  24.79 
 
 		 414 aa  67  0.0000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  23.58 
 
 		 427 aa  67  0.0000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0317  diaminopimelate decarboxylase  24.49 
 
 		 461 aa  67  0.0000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.241285 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1147  diaminopimelate decarboxylase  25.07 
 
 		 421 aa  67  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3897  diaminopimelate decarboxylase  24.79 
 
 		 414 aa  66.6  0.0000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.024639 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  23.52 
 
 		 417 aa  66.6  0.0000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  28.86 
 
 		 423 aa  66.6  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0878  diaminopimelate decarboxylase  26.02 
 
 		 465 aa  66.6  0.0000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.109774  normal  0.537155 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0160  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  22.18 
 
 		 434 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  28.38 
 
 		 430 aa  66.2  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  23.53 
 
 		 431 aa  66.2  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09931  diaminopimelate decarboxylase  25.18 
 
 		 455 aa  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  24.3 
 
 		 414 aa  66.2  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0790  diaminopimelate decarboxylase  21.83 
 
 		 433 aa  66.2  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000940034  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0534  diaminopimelate decarboxylase  28.74 
 
 		 434 aa  65.5  0.000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  22.17 
 
 		 402 aa  65.1  0.000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  24.23 
 
 		 414 aa  65.5  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0199  diaminopimelate decarboxylase  22.74 
 
 		 443 aa  65.5  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00258223 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6013  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  25.34 
 
 		 486 aa  65.5  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  25.85 
 
 		 417 aa  65.9  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.26 
 
 		 428 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  23.57 
 
 		 406 aa  65.5  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3415  diaminopimelate decarboxylase  27.65 
 
 		 444 aa  65.9  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.656066  normal  0.0355245 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  22.03 
 
 		 398 aa  65.9  0.000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4090  diaminopimelate decarboxylase  24.79 
 
 		 414 aa  65.5  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0466551 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  24.07 
 
 		 414 aa  65.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3996  diaminopimelate decarboxylase  24.79 
 
 		 414 aa  65.5  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.950752  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  26.46 
 
 		 419 aa  65.9  0.000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0510  diaminopimelate decarboxylase  25.9 
 
 		 434 aa  64.7  0.000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  22.17 
 
 		 402 aa  65.1  0.000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1034  diaminopimelate decarboxylase  28.93 
 
 		 448 aa  65.1  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  25.98 
 
 		 414 aa  64.7  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2447  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.97 
 
 		 404 aa  65.1  0.000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1199  diaminopimelate decarboxylase  25.66 
 
 		 418 aa  64.3  0.000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0292186  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2093  diaminopimelate decarboxylase  25.06 
 
 		 484 aa  64.3  0.000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000338796  normal  0.0501266 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  23.73 
 
 		 414 aa  64.3  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  25.95 
 
 		 435 aa  64.7  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>