More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_11423 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_11423  probable diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 470 aa  969    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2537  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.76 
 
 		 1072 aa  278  2e-73  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.04 
 
 		 459 aa  254  3e-66  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.61093  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3904  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.42 
 
 		 467 aa  193  4e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3685  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.54 
 
 		 482 aa  192  9e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.429983  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3753  diaminopimelate decarboxylase  28.4 
 
 		 432 aa  139  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0331776  normal  0.212108 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0632  putative ornithine/diaminopimelate PLP dependent decarboxylase  24.62 
 
 		 456 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  26.18 
 
 		 401 aa  76.3  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00525  putative arginine decarboxylase  26.72 
 
 		 486 aa  75.1  0.000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  28.02 
 
 		 402 aa  74.7  0.000000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  27.73 
 
 		 402 aa  73.9  0.000000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10961  diaminopimelate decarboxylase  22.17 
 
 		 455 aa  73.6  0.000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.297348  normal  0.231621 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  29.13 
 
 		 402 aa  73.6  0.000000000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4702  diaminopimelate decarboxylase  22.07 
 
 		 458 aa  73.6  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.399114 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2320  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  24.9 
 
 		 463 aa  73.6  0.000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.389053 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  23.11 
 
 		 430 aa  73.6  0.000000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1629  diaminopimelate decarboxylase  25.52 
 
 		 459 aa  73.2  0.00000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.46186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2602  diaminopimelate decarboxylase  24.45 
 
 		 465 aa  72  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2548  diaminopimelate decarboxylase  24.45 
 
 		 465 aa  72  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2502  diaminopimelate decarboxylase  24.45 
 
 		 465 aa  72  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.512966  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2711  diaminopimelate decarboxylase  24.45 
 
 		 465 aa  72  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.757522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2590  diaminopimelate decarboxylase  24.45 
 
 		 465 aa  72  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.851696  normal  0.439356 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3243  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  22.81 
 
 		 420 aa  70.5  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0842  diaminopimelate decarboxylase  24.88 
 
 		 477 aa  69.3  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0309438 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.15 
 
 		 392 aa  66.2  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  21.78 
 
 		 420 aa  65.9  0.000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0970  diaminopimelate decarboxylase  21.6 
 
 		 421 aa  65.5  0.000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2505  diaminopimelate decarboxylase  22.74 
 
 		 402 aa  65.1  0.000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.296438  normal  0.747447 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  22.51 
 
 		 419 aa  64.7  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09931  diaminopimelate decarboxylase  23.35 
 
 		 455 aa  63.9  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  27.19 
 
 		 412 aa  63.9  0.000000007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  28.03 
 
 		 433 aa  63.5  0.000000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2242  diaminopimelate decarboxylase  20.67 
 
 		 439 aa  62.8  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0241935  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0425  diaminopimelate decarboxylase  25.61 
 
 		 393 aa  62.8  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2875  Orn/DAP/Arg decarboxylase family protein  25.23 
 
 		 461 aa  62.4  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.467454  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  23.48 
 
 		 414 aa  62  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6013  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  19.62 
 
 		 486 aa  62.4  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6223  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  25.2 
 
 		 465 aa  61.6  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1536  arginine decarboxylase  24.22 
 
 		 643 aa  61.6  0.00000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.649083  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  23.41 
 
 		 434 aa  61.2  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  23.11 
 
 		 415 aa  60.8  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  24.45 
 
 		 403 aa  60.8  0.00000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0790  diaminopimelate decarboxylase  26.16 
 
 		 433 aa  60.5  0.00000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000940034  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  25.53 
 
 		 401 aa  60.1  0.00000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  21.43 
 
 		 416 aa  60.1  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0609  diaminopimelate decarboxylase  18.79 
 
 		 437 aa  60.1  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.357283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2916  arginine decarboxylase  26.64 
 
 		 635 aa  59.7  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0612  diaminopimelate decarboxylase  22.98 
 
 		 436 aa  59.7  0.0000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.239326  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  19.04 
 
 		 427 aa  59.7  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3410  diaminopimelate decarboxylase  22.62 
 
 		 422 aa  59.7  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000272348 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2916  diaminopimelate decarboxylase  23.83 
 
 		 433 aa  59.3  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0948953  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11971  diaminopimelate decarboxylase  24.4 
 
 		 457 aa  59.3  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1576  arginine decarboxylase, biosynthetic  23.38 
 
 		 430 aa  59.3  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.584037  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  19.04 
 
 		 427 aa  59.3  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0658  diaminopimelate decarboxylase  23.4 
 
 		 454 aa  58.5  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1868  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  23.81 
 
 		 463 aa  58.9  0.0000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.11106  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1490  diaminopimelate decarboxylase  20.93 
 
 		 421 aa  58.9  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00291349  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1309  arginine decarboxylase  26.64 
 
 		 635 aa  58.9  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000212107 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  23.11 
 
 		 417 aa  58.9  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1461  diaminopimelate decarboxylase  20.93 
 
 		 421 aa  58.9  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1141  diaminopimelate decarboxylase  22.39 
 
 		 438 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  18.48 
 
 		 427 aa  58.2  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  24.6 
 
 		 399 aa  58.2  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0419  arginine decarboxylase  23.87 
 
 		 661 aa  58.2  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00340731  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06737  arginine decarboxylase  23.77 
 
 		 640 aa  58.2  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14901  diaminopimelate decarboxylase  23.17 
 
 		 454 aa  58.5  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.813083  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3427  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  24.8 
 
 		 501 aa  58.5  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0150373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2606  arginine decarboxylase  25.35 
 
 		 635 aa  58.2  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.455337  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11961  diaminopimelate decarboxylase  21.46 
 
 		 457 aa  58.2  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.93 
 
 		 400 aa  57.8  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3046  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  22.73 
 
 		 547 aa  58.2  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.552764  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0114  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.93 
 
 		 400 aa  57.8  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00521  arginine decarboxylase  25.1 
 
 		 648 aa  57.4  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.325981  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0544  arginine decarboxylase  24.75 
 
 		 633 aa  57.4  0.0000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.073067  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2188  diaminopimelate decarboxylase  22.07 
 
 		 382 aa  57.4  0.0000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  24.57 
 
 		 418 aa  57.4  0.0000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  23.21 
 
 		 423 aa  57.4  0.0000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  23.33 
 
 		 415 aa  57  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0126  diaminopimelate decarboxylase  23.98 
 
 		 474 aa  57  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4867  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  21.89 
 
 		 373 aa  57  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00155396  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4381  arginine decarboxylase  23.29 
 
 		 637 aa  57  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0123  diaminopimelate decarboxylase  23.98 
 
 		 474 aa  57  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.251884  normal  0.0757404 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2513  arginine decarboxylase  24.11 
 
 		 642 aa  57  0.0000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.494839 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00481  arginine decarboxylase  25 
 
 		 648 aa  57  0.0000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  22.07 
 
 		 430 aa  57  0.0000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000828  biosynthetic arginine decarboxylase  24.22 
 
 		 640 aa  57  0.0000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00030199  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0046  arginine decarboxylase  25 
 
 		 648 aa  56.6  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1774  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  22.14 
 
 		 859 aa  56.2  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  22.78 
 
 		 423 aa  56.2  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1101  diaminopimelate decarboxylase  24.27 
 
 		 457 aa  56.6  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  22.51 
 
 		 414 aa  56.2  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  19.61 
 
 		 422 aa  56.2  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00461  arginine decarboxylase  24.77 
 
 		 648 aa  56.2  0.000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  23.14 
 
 		 429 aa  55.5  0.000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  23.11 
 
 		 417 aa  55.1  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4842  biosynthetic arginine decarboxylase  22.83 
 
 		 637 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.540433  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  22.65 
 
 		 415 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0602  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  24.72 
 
 		 588 aa  55.8  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0254  arginine decarboxylase  24.02 
 
 		 641 aa  55.1  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.164965  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  26.38 
 
 		 403 aa  55.1  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>