191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3427 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_5527  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  78.23 
 
 		 494 aa  791    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.27948  normal  0.0601213 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3427  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 		 501 aa  1043    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0150373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1576  arginine decarboxylase, biosynthetic  64.88 
 
 		 430 aa  614  9.999999999999999e-175  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.584037  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6223  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  57.79 
 
 		 465 aa  576  1.0000000000000001e-163  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00525  putative arginine decarboxylase  54.78 
 
 		 486 aa  550  1e-155  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2811  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  53.78 
 
 		 467 aa  539  9.999999999999999e-153  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0595118  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1868  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  55.22 
 
 		 463 aa  537  1e-151  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.11106  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2320  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.35 
 
 		 463 aa  508  1e-143  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.389053 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2839  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.47 
 
 		 522 aa  230  5e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.224922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2474  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.36 
 
 		 528 aa  220  5e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4514  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.05 
 
 		 576 aa  216  7e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0113275  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1778  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.1 
 
 		 505 aa  211  3e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.513471  normal  0.693923 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2606  arginine decarboxylase  24.68 
 
 		 635 aa  84  0.000000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.455337  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1963  arginine decarboxylase  22.29 
 
 		 636 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.143441 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0727  arginine decarboxylase  20.63 
 
 		 637 aa  80.5  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.594395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00461  arginine decarboxylase  23.66 
 
 		 648 aa  78.6  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1698  arginine decarboxylase  23.2 
 
 		 636 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0983  arginine decarboxylase  23.64 
 
 		 635 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0046  arginine decarboxylase  23.66 
 
 		 648 aa  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00481  arginine decarboxylase  23.66 
 
 		 648 aa  77.4  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1675  arginine decarboxylase  22.12 
 
 		 635 aa  77  0.0000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00247787  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2057  arginine decarboxylase  23.2 
 
 		 637 aa  77  0.0000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.126213  normal  0.137004 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0072  arginine decarboxylase  20.86 
 
 		 628 aa  76.3  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00521  arginine decarboxylase  22.08 
 
 		 648 aa  75.9  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.234716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2280  arginine decarboxylase  22.9 
 
 		 636 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000837435  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1557  arginine decarboxylase  22.88 
 
 		 637 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1632  arginine decarboxylase  22.88 
 
 		 637 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.386766  normal  0.0176215 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1870  arginine decarboxylase  22.57 
 
 		 637 aa  75.1  0.000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2480  arginine decarboxylase  22.86 
 
 		 637 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.46516  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1624  arginine decarboxylase  22.57 
 
 		 637 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0743651 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1309  arginine decarboxylase  22.19 
 
 		 635 aa  74.7  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000212107 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1619  arginine decarboxylase  22.86 
 
 		 637 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000092888  normal  0.0751508 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2916  arginine decarboxylase  22.19 
 
 		 635 aa  74.3  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2609  arginine decarboxylase  23.19 
 
 		 637 aa  73.9  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.901624  normal  0.151183 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3124  arginine decarboxylase  22.4 
 
 		 627 aa  73.6  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.791613  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00521  arginine decarboxylase  21.52 
 
 		 648 aa  73.6  0.000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.325981  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1768  arginine decarboxylase  23.75 
 
 		 637 aa  73.6  0.000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0174014  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2517  arginine decarboxylase  23.75 
 
 		 637 aa  73.6  0.000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.977379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1761  arginine decarboxylase  23.75 
 
 		 637 aa  73.6  0.000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0168893  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2537  arginine decarboxylase  22.59 
 
 		 635 aa  73.6  0.000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1647  arginine decarboxylase  22.92 
 
 		 637 aa  73.6  0.000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1805  arginine decarboxylase  23.75 
 
 		 637 aa  73.6  0.000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0026532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3423  arginine decarboxylase  20.45 
 
 		 671 aa  72  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1846  arginine decarboxylase  20.95 
 
 		 669 aa  72  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2412  arginine decarboxylase  20.4 
 
 		 626 aa  72  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3466  arginine decarboxylase  21.61 
 
 		 645 aa  71.2  0.00000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.348577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3344  arginine decarboxylase  24.32 
 
 		 658 aa  70.9  0.00000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0227178 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0904  arginine decarboxylase  23.12 
 
 		 635 aa  70.5  0.00000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000284288 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02768  arginine decarboxylase  24.32 
 
 		 658 aa  70.5  0.00000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0756  arginine decarboxylase  24.32 
 
 		 658 aa  70.5  0.00000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1658  arginine decarboxylase  22.19 
 
 		 645 aa  70.5  0.00000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.944199  normal  0.0506092 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3349  arginine decarboxylase  23.63 
 
 		 659 aa  70.5  0.00000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02731  hypothetical protein  24.32 
 
 		 658 aa  70.5  0.00000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0845  arginine decarboxylase  23.63 
 
 		 659 aa  70.5  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0843  arginine decarboxylase  23.63 
 
 		 659 aa  70.5  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3371  arginine decarboxylase  24.32 
 
 		 658 aa  70.5  0.00000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.575173  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0773  arginine decarboxylase  24.32 
 
 		 658 aa  70.5  0.00000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00439854 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3281  arginine decarboxylase  24.32 
 
 		 658 aa  70.5  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3096  arginine decarboxylase  24.32 
 
 		 658 aa  70.5  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4842  biosynthetic arginine decarboxylase  20.07 
 
 		 637 aa  70.1  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.540433  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03894  arginine decarboxylase  20.68 
 
 		 639 aa  70.1  0.00000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0027527  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0550  arginine decarboxylase  24.32 
 
 		 657 aa  70.1  0.00000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314322  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0508  arginine decarboxylase  24.32 
 
 		 658 aa  69.7  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.595355  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4381  arginine decarboxylase  20.07 
 
 		 637 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2242  diaminopimelate decarboxylase  22.78 
 
 		 439 aa  70.1  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0241935  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3903  arginine decarboxylase  24.32 
 
 		 659 aa  69.7  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0317541  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1142  arginine decarboxylase  20.13 
 
 		 693 aa  69.3  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.344888  hitchhiker  0.00702994 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3081  arginine decarboxylase  24.32 
 
 		 632 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.602145  hitchhiker  0.00168239 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4241  arginine decarboxylase  24.32 
 
 		 632 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07050  arginine decarboxylase  19.69 
 
 		 636 aa  69.3  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2097  arginine decarboxylase  21.08 
 
 		 636 aa  69.3  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0254  arginine decarboxylase  22.84 
 
 		 641 aa  68.9  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.164965  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3706  arginine decarboxylase  24.32 
 
 		 660 aa  68.9  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0526106  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0026  arginine decarboxylase  21.94 
 
 		 650 aa  68.6  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00591  arginine decarboxylase  21.74 
 
 		 647 aa  68.6  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0970534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3934  arginine decarboxylase  20 
 
 		 655 aa  68.6  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.532155  normal  0.948508 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3333  arginine decarboxylase  23.97 
 
 		 632 aa  67.8  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.104142 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1378  arginine decarboxylase  21.74 
 
 		 647 aa  68.2  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3973  arginine decarboxylase  23.49 
 
 		 658 aa  68.2  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3249  arginine decarboxylase  23.97 
 
 		 632 aa  67.8  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225168  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3325  arginine decarboxylase  23.97 
 
 		 632 aa  67.8  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.591958  normal  0.70504 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0419  arginine decarboxylase  21.79 
 
 		 661 aa  67.8  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00340731  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3430  arginine decarboxylase  23.97 
 
 		 632 aa  67.8  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000516135 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3260  arginine decarboxylase  23.97 
 
 		 632 aa  67.8  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63990  arginine decarboxylase  19.68 
 
 		 636 aa  67.4  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2513  arginine decarboxylase  18.99 
 
 		 642 aa  67  0.0000000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.494839 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0861  arginine decarboxylase  23 
 
 		 637 aa  67  0.0000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.221481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28311  arginine decarboxylase  18.18 
 
 		 648 aa  67  0.0000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.205321 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2172  arginine decarboxylase  20.47 
 
 		 642 aa  66.6  0.0000000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000828  biosynthetic arginine decarboxylase  20.45 
 
 		 640 aa  66.6  0.0000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00030199  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0477  diaminopimelate decarboxylase  22.45 
 
 		 430 aa  66.2  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06737  arginine decarboxylase  20.48 
 
 		 640 aa  66.2  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0567  arginine decarboxylase  19.43 
 
 		 637 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.390352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1289  arginine decarboxylase  30.67 
 
 		 616 aa  65.9  0.000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00657697  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0612  arginine decarboxylase  19.44 
 
 		 637 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0473517 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0544  arginine decarboxylase  21.71 
 
 		 633 aa  65.9  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.073067  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0520  arginine decarboxylase  20.91 
 
 		 637 aa  65.9  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.105448  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4598  arginine decarboxylase  19.43 
 
 		 637 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0659709 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0606  arginine decarboxylase  19.43 
 
 		 637 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5559  arginine decarboxylase  19.42 
 
 		 636 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>