219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1868 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_00525  putative arginine decarboxylase  73.43 
 
 		 486 aa  743    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1868  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 		 463 aa  954    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.11106  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2811  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  72.35 
 
 		 467 aa  726    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0595118  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3427  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  55.22 
 
 		 501 aa  545  1e-154  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0150373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1576  arginine decarboxylase, biosynthetic  56.88 
 
 		 430 aa  544  1e-153  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.584037  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6223  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  53.76 
 
 		 465 aa  541  9.999999999999999e-153  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5527  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.93 
 
 		 494 aa  534  1e-150  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.27948  normal  0.0601213 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2320  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.06 
 
 		 463 aa  523  1e-147  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.389053 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2839  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.72 
 
 		 522 aa  239  5e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.224922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2474  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.66 
 
 		 528 aa  236  7e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4514  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.35 
 
 		 576 aa  224  3e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0113275  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1778  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.6 
 
 		 505 aa  219  6e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.513471  normal  0.693923 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2513  arginine decarboxylase  23.61 
 
 		 642 aa  90.9  4e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.494839 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2172  arginine decarboxylase  24.26 
 
 		 642 aa  89.4  1e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28311  arginine decarboxylase  22.33 
 
 		 648 aa  86.7  9e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.205321 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2606  arginine decarboxylase  25.6 
 
 		 635 aa  85.1  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.455337  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2916  arginine decarboxylase  24.92 
 
 		 635 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1309  arginine decarboxylase  24.92 
 
 		 635 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000212107 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3423  arginine decarboxylase  21.43 
 
 		 671 aa  84.3  0.000000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1142  arginine decarboxylase  23.58 
 
 		 693 aa  84  0.000000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.344888  hitchhiker  0.00702994 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3934  arginine decarboxylase  22.19 
 
 		 655 aa  84  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.532155  normal  0.948508 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1846  arginine decarboxylase  22.26 
 
 		 669 aa  83.2  0.000000000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00521  arginine decarboxylase  25.91 
 
 		 648 aa  83.6  0.000000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.234716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0983  arginine decarboxylase  25.23 
 
 		 635 aa  80.9  0.00000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1378  arginine decarboxylase  23.57 
 
 		 647 aa  80.5  0.00000000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0727  arginine decarboxylase  23.08 
 
 		 637 aa  80.5  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.594395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2097  arginine decarboxylase  23.26 
 
 		 636 aa  79.3  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00461  arginine decarboxylase  25.32 
 
 		 648 aa  79.7  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2537  arginine decarboxylase  25.32 
 
 		 635 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0904  arginine decarboxylase  24.69 
 
 		 635 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000284288 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00481  arginine decarboxylase  25.16 
 
 		 648 aa  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1037  arginine decarboxylase  23.1 
 
 		 647 aa  77.4  0.0000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.919876 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1677  arginine decarboxylase  22.88 
 
 		 681 aa  77  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.814883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1119  arginine decarboxylase  22.82 
 
 		 639 aa  76.6  0.0000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.139662  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4842  biosynthetic arginine decarboxylase  23.77 
 
 		 637 aa  76.6  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.540433  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4381  arginine decarboxylase  23.77 
 
 		 637 aa  76.6  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1650  arginine decarboxylase  22.88 
 
 		 681 aa  76.6  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0046  arginine decarboxylase  25 
 
 		 648 aa  75.9  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00521  arginine decarboxylase  23.73 
 
 		 648 aa  76.3  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.325981  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00591  arginine decarboxylase  22.93 
 
 		 647 aa  76.3  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0970534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0544  arginine decarboxylase  19.44 
 
 		 633 aa  75.1  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.073067  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3789  arginine decarboxylase  25.32 
 
 		 636 aa  75.1  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1675  arginine decarboxylase  24.61 
 
 		 635 aa  74.3  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00247787  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0627  arginine decarboxylase  23.46 
 
 		 637 aa  73.2  0.000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.424029 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63990  arginine decarboxylase  23.15 
 
 		 636 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4598  arginine decarboxylase  22.84 
 
 		 637 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0659709 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5559  arginine decarboxylase  23.84 
 
 		 636 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0567  arginine decarboxylase  22.63 
 
 		 637 aa  71.2  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.390352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0612  arginine decarboxylase  22.63 
 
 		 637 aa  71.2  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0473517 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0606  arginine decarboxylase  22.63 
 
 		 637 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2242  diaminopimelate decarboxylase  20.26 
 
 		 439 aa  70.9  0.00000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0241935  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1658  arginine decarboxylase  23.08 
 
 		 645 aa  70.5  0.00000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.944199  normal  0.0506092 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0520  arginine decarboxylase  20.91 
 
 		 637 aa  69.7  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.105448  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1536  arginine decarboxylase  21.56 
 
 		 643 aa  68.9  0.0000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.649083  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07050  arginine decarboxylase  20.92 
 
 		 636 aa  68.2  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000828  biosynthetic arginine decarboxylase  29.46 
 
 		 640 aa  68.2  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00030199  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06737  arginine decarboxylase  29.46 
 
 		 640 aa  67.8  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1132  arginine decarboxylase  24.6 
 
 		 609 aa  67  0.0000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1273  arginine decarboxylase  23.46 
 
 		 611 aa  67  0.0000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0487343  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0970  diaminopimelate decarboxylase  23.36 
 
 		 421 aa  66.6  0.0000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4038  arginine decarboxylase  21.56 
 
 		 679 aa  66.6  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.781244 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0006  arginine decarboxylase  21.2 
 
 		 630 aa  66.2  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3114  arginine decarboxylase  24.32 
 
 		 630 aa  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.188561 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2047  arginine decarboxylase  22.92 
 
 		 625 aa  65.9  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3349  arginine decarboxylase  21.9 
 
 		 659 aa  65.1  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0843  arginine decarboxylase  21.9 
 
 		 659 aa  65.1  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0845  arginine decarboxylase  21.9 
 
 		 659 aa  65.1  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0901  arginine decarboxylase  23.21 
 
 		 638 aa  65.1  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000100122  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1413  arginine decarboxylase  22.26 
 
 		 653 aa  65.1  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.909421  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0026  arginine decarboxylase  22.22 
 
 		 650 aa  64.7  0.000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0550  arginine decarboxylase  22.07 
 
 		 657 aa  64.3  0.000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314322  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2517  arginine decarboxylase  22.53 
 
 		 639 aa  64.3  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.332138  normal  0.039824 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0861  arginine decarboxylase  33.7 
 
 		 637 aa  63.5  0.000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.221481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3466  arginine decarboxylase  22.33 
 
 		 645 aa  63.5  0.000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.348577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2839  arginine decarboxylase  30.3 
 
 		 647 aa  63.5  0.000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0721  arginine decarboxylase  19.94 
 
 		 644 aa  63.2  0.000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0254  arginine decarboxylase  30 
 
 		 641 aa  63.2  0.000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.164965  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0006  arginine decarboxylase  38.46 
 
 		 630 aa  63.2  0.00000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0072  arginine decarboxylase  19.51 
 
 		 628 aa  62.8  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1963  arginine decarboxylase  19.22 
 
 		 636 aa  62.8  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.143441 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1746  diaminopimelate decarboxylase  24.67 
 
 		 435 aa  63.2  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.147436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0895  arginine decarboxylase  28 
 
 		 613 aa  62  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.262836  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0202  arginine decarboxylase  36.05 
 
 		 634 aa  62  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.500667  normal  0.147392 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1461  diaminopimelate decarboxylase  21.9 
 
 		 421 aa  62  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1490  diaminopimelate decarboxylase  21.9 
 
 		 421 aa  62  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00291349  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0419  arginine decarboxylase  19.8 
 
 		 661 aa  61.6  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00340731  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0855  arginine decarboxylase  22.87 
 
 		 611 aa  61.2  0.00000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1303  diaminopimelate decarboxylase  22.78 
 
 		 435 aa  61.2  0.00000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4736  diaminopimelate decarboxylase  20.99 
 
 		 463 aa  61.2  0.00000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.775184  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0382  diaminopimelate decarboxylase  21.32 
 
 		 439 aa  61.2  0.00000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3344  arginine decarboxylase  20.47 
 
 		 658 aa  61.2  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0227178 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3249  arginine decarboxylase  19.87 
 
 		 632 aa  60.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225168  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1598  arginine decarboxylase  22.63 
 
 		 639 aa  60.8  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0503845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3260  arginine decarboxylase  19.87 
 
 		 632 aa  60.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3333  arginine decarboxylase  19.87 
 
 		 632 aa  60.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.104142 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3973  arginine decarboxylase  22.07 
 
 		 658 aa  60.8  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3325  arginine decarboxylase  19.87 
 
 		 632 aa  60.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.591958  normal  0.70504 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0756  arginine decarboxylase  19.59 
 
 		 658 aa  60.5  0.00000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1579  diaminopimelate decarboxylase  22.22 
 
 		 438 aa  60.5  0.00000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.111116  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1771  arginine decarboxylase  30.08 
 
 		 706 aa  60.5  0.00000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>