More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1413 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1413  arginine decarboxylase  100 
 
 		 653 aa  1328    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.909421  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2068  arginine decarboxylase  45.2 
 
 		 654 aa  580  1e-164  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1983  arginine decarboxylase  45.2 
 
 		 654 aa  580  1e-164  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.119208  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1896  arginine decarboxylase  45.36 
 
 		 654 aa  578  1.0000000000000001e-163  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.907046  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1964  arginine decarboxylase  44.63 
 
 		 660 aa  577  1.0000000000000001e-163  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.015476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03894  arginine decarboxylase  42.46 
 
 		 639 aa  545  1e-153  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0027527  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3873  arginine decarboxylase  41.5 
 
 		 642 aa  535  1e-151  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3466  arginine decarboxylase  42.88 
 
 		 645 aa  520  1e-146  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.348577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0026  arginine decarboxylase  43.77 
 
 		 650 aa  513  1e-144  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4038  arginine decarboxylase  41.28 
 
 		 679 aa  508  9.999999999999999e-143  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.781244 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3423  arginine decarboxylase  40.65 
 
 		 671 aa  498  1e-139  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3934  arginine decarboxylase  40.85 
 
 		 655 aa  495  9.999999999999999e-139  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.532155  normal  0.948508 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1037  arginine decarboxylase  41.13 
 
 		 647 aa  490  1e-137  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.919876 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1846  arginine decarboxylase  39.34 
 
 		 669 aa  490  1e-137  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1677  arginine decarboxylase  39.25 
 
 		 681 aa  482  1e-135  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.814883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1142  arginine decarboxylase  39.08 
 
 		 693 aa  480  1e-134  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.344888  hitchhiker  0.00702994 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1650  arginine decarboxylase  38.95 
 
 		 681 aa  476  1e-133  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3124  arginine decarboxylase  43.72 
 
 		 627 aa  478  1e-133  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.791613  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2839  arginine decarboxylase  39 
 
 		 647 aa  469  1.0000000000000001e-131  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3789  arginine decarboxylase  39.72 
 
 		 636 aa  469  1.0000000000000001e-131  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2916  arginine decarboxylase  36.35 
 
 		 635 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4842  biosynthetic arginine decarboxylase  40.75 
 
 		 637 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.540433  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0983  arginine decarboxylase  36.96 
 
 		 635 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2172  arginine decarboxylase  39.94 
 
 		 642 aa  468  9.999999999999999e-131  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2513  arginine decarboxylase  40.31 
 
 		 642 aa  466  9.999999999999999e-131  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.494839 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3114  arginine decarboxylase  40.09 
 
 		 630 aa  468  9.999999999999999e-131  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.188561 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1309  arginine decarboxylase  36.19 
 
 		 635 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000212107 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0567  arginine decarboxylase  40.9 
 
 		 637 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.390352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4381  arginine decarboxylase  40.59 
 
 		 637 aa  465  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4598  arginine decarboxylase  40.59 
 
 		 637 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0659709 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0612  arginine decarboxylase  40.9 
 
 		 637 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0473517 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0606  arginine decarboxylase  40.75 
 
 		 637 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00521  arginine decarboxylase  38.37 
 
 		 648 aa  465  1e-129  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.234716  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07050  arginine decarboxylase  41.68 
 
 		 636 aa  459  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2097  arginine decarboxylase  36.59 
 
 		 636 aa  457  1e-127  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0904  arginine decarboxylase  36.49 
 
 		 635 aa  457  1e-127  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000284288 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0901  arginine decarboxylase  38.94 
 
 		 638 aa  457  1e-127  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000100122  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2606  arginine decarboxylase  35.81 
 
 		 635 aa  458  1e-127  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.455337  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2537  arginine decarboxylase  36.49 
 
 		 635 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28311  arginine decarboxylase  39.04 
 
 		 648 aa  455  1.0000000000000001e-126  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.205321 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1119  arginine decarboxylase  37.48 
 
 		 639 aa  453  1.0000000000000001e-126  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.139662  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1771  arginine decarboxylase  41.1 
 
 		 706 aa  453  1.0000000000000001e-126  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0727  arginine decarboxylase  39.94 
 
 		 637 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.594395  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2321  arginine decarboxylase  38.64 
 
 		 655 aa  449  1e-125  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1658  arginine decarboxylase  37.96 
 
 		 645 aa  452  1e-125  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.944199  normal  0.0506092 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0202  arginine decarboxylase  41.92 
 
 		 634 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.500667  normal  0.147392 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0627  arginine decarboxylase  39.88 
 
 		 637 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.424029 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5559  arginine decarboxylase  39.88 
 
 		 636 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1675  arginine decarboxylase  35.85 
 
 		 635 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00247787  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63990  arginine decarboxylase  39.72 
 
 		 636 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1536  arginine decarboxylase  37.79 
 
 		 645 aa  448  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.767792 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2517  arginine decarboxylase  38.26 
 
 		 639 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.332138  normal  0.039824 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1378  arginine decarboxylase  36.92 
 
 		 647 aa  437  1e-121  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00591  arginine decarboxylase  37.08 
 
 		 647 aa  439  1e-121  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0970534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0571  arginine decarboxylase  36.28 
 
 		 650 aa  429  1e-119  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0544  arginine decarboxylase  42.1 
 
 		 633 aa  430  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.073067  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000828  biosynthetic arginine decarboxylase  38.87 
 
 		 640 aa  431  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00030199  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1536  arginine decarboxylase  38.34 
 
 		 643 aa  431  1e-119  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.649083  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0508  arginine decarboxylase  38.01 
 
 		 658 aa  425  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.595355  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2047  arginine decarboxylase  40.1 
 
 		 625 aa  424  1e-117  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06737  arginine decarboxylase  39.02 
 
 		 640 aa  423  1e-117  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1598  arginine decarboxylase  36.84 
 
 		 639 aa  423  1e-117  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0503845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00521  arginine decarboxylase  33.9 
 
 		 648 aa  422  1e-117  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.325981  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0419  arginine decarboxylase  39.35 
 
 		 661 aa  421  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00340731  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2412  arginine decarboxylase  43.78 
 
 		 626 aa  421  1e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0557  arginine decarboxylase  38.35 
 
 		 629 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.321507  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0046  arginine decarboxylase  33.64 
 
 		 648 aa  417  9.999999999999999e-116  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0550  arginine decarboxylase  37.82 
 
 		 657 aa  418  9.999999999999999e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314322  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3706  arginine decarboxylase  37.58 
 
 		 660 aa  414  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0526106  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3903  arginine decarboxylase  37.42 
 
 		 659 aa  414  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0317541  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3349  arginine decarboxylase  37.15 
 
 		 659 aa  412  1e-114  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00481  arginine decarboxylase  33.13 
 
 		 648 aa  414  1e-114  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0845  arginine decarboxylase  37.15 
 
 		 659 aa  412  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0072  arginine decarboxylase  43.23 
 
 		 628 aa  414  1e-114  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0843  arginine decarboxylase  37.15 
 
 		 659 aa  412  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00461  arginine decarboxylase  33.28 
 
 		 648 aa  413  1e-114  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0520  arginine decarboxylase  40.73 
 
 		 637 aa  416  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.105448  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02768  arginine decarboxylase  36.22 
 
 		 658 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0756  arginine decarboxylase  36.22 
 
 		 658 aa  409  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0773  arginine decarboxylase  36.22 
 
 		 658 aa  410  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00439854 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3371  arginine decarboxylase  36.22 
 
 		 658 aa  410  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.575173  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4241  arginine decarboxylase  36.22 
 
 		 632 aa  410  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3260  arginine decarboxylase  36.85 
 
 		 632 aa  411  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3096  arginine decarboxylase  36.22 
 
 		 658 aa  410  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3249  arginine decarboxylase  36.85 
 
 		 632 aa  411  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225168  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3081  arginine decarboxylase  36.22 
 
 		 632 aa  410  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.602145  hitchhiker  0.00168239 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3430  arginine decarboxylase  36.85 
 
 		 632 aa  412  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000516135 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3281  arginine decarboxylase  36.22 
 
 		 658 aa  410  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0254  arginine decarboxylase  36.92 
 
 		 641 aa  412  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.164965  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3333  arginine decarboxylase  36.85 
 
 		 632 aa  411  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.104142 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3325  arginine decarboxylase  36.85 
 
 		 632 aa  411  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.591958  normal  0.70504 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02731  hypothetical protein  36.22 
 
 		 658 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3768  arginine decarboxylase  37.98 
 
 		 629 aa  406  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3344  arginine decarboxylase  36.69 
 
 		 658 aa  407  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0227178 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1557  arginine decarboxylase  38.02 
 
 		 637 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1632  arginine decarboxylase  38.02 
 
 		 637 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.386766  normal  0.0176215 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2609  arginine decarboxylase  37.4 
 
 		 637 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.901624  normal  0.151183 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1624  arginine decarboxylase  37.87 
 
 		 637 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0743651 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3973  arginine decarboxylase  36.85 
 
 		 658 aa  408  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1870  arginine decarboxylase  37.87 
 
 		 637 aa  405  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>