253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2320 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_2320  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 		 463 aa  963    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.389053 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00525  putative arginine decarboxylase  52.28 
 
 		 486 aa  535  1e-151  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1868  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.06 
 
 		 463 aa  519  1e-146  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.11106  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6223  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  51.4 
 
 		 465 aa  519  1e-146  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2811  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.28 
 
 		 467 aa  519  1e-146  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0595118  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1576  arginine decarboxylase, biosynthetic  54.76 
 
 		 430 aa  521  1e-146  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.584037  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5527  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50.11 
 
 		 494 aa  513  1e-144  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.27948  normal  0.0601213 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3427  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.35 
 
 		 501 aa  508  1e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0150373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1778  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.5 
 
 		 505 aa  240  5e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.513471  normal  0.693923 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2474  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.7 
 
 		 528 aa  234  4.0000000000000004e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4514  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.11 
 
 		 576 aa  231  2e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0113275  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2839  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.58 
 
 		 522 aa  228  1e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.224922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2606  arginine decarboxylase  28.39 
 
 		 635 aa  97.1  6e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.455337  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0983  arginine decarboxylase  27.06 
 
 		 635 aa  95.1  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28311  arginine decarboxylase  21.27 
 
 		 648 aa  94.7  3e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.205321 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1142  arginine decarboxylase  24.76 
 
 		 693 aa  94.4  4e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.344888  hitchhiker  0.00702994 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0072  arginine decarboxylase  22.85 
 
 		 628 aa  93.6  6e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1675  arginine decarboxylase  26.73 
 
 		 635 aa  93.6  6e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00247787  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2537  arginine decarboxylase  26.73 
 
 		 635 aa  92.8  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3934  arginine decarboxylase  25 
 
 		 655 aa  92.4  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.532155  normal  0.948508 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1037  arginine decarboxylase  23.91 
 
 		 647 aa  91.7  2e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.919876 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2916  arginine decarboxylase  25.86 
 
 		 635 aa  91.7  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1309  arginine decarboxylase  25.83 
 
 		 635 aa  91.3  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000212107 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1846  arginine decarboxylase  24.37 
 
 		 669 aa  90.9  5e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2047  arginine decarboxylase  24.67 
 
 		 625 aa  89.7  9e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3423  arginine decarboxylase  24.05 
 
 		 671 aa  89  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0904  arginine decarboxylase  26.07 
 
 		 635 aa  88.6  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000284288 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3466  arginine decarboxylase  23.51 
 
 		 645 aa  89  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.348577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0727  arginine decarboxylase  20.33 
 
 		 637 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.594395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00521  arginine decarboxylase  23.67 
 
 		 648 aa  87.4  5e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.234716  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4842  biosynthetic arginine decarboxylase  21.38 
 
 		 637 aa  86.7  8e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.540433  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1650  arginine decarboxylase  23.42 
 
 		 681 aa  86.7  8e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1677  arginine decarboxylase  23.42 
 
 		 681 aa  86.7  9e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.814883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4381  arginine decarboxylase  21.38 
 
 		 637 aa  86.7  9e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2412  arginine decarboxylase  23.23 
 
 		 626 aa  86.3  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2172  arginine decarboxylase  20.44 
 
 		 642 aa  85.1  0.000000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4598  arginine decarboxylase  21.38 
 
 		 637 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0659709 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0612  arginine decarboxylase  21.05 
 
 		 637 aa  84  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0473517 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4038  arginine decarboxylase  23.51 
 
 		 679 aa  84  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.781244 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0567  arginine decarboxylase  21.05 
 
 		 637 aa  84  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.390352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0606  arginine decarboxylase  21.05 
 
 		 637 aa  84  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2097  arginine decarboxylase  25.66 
 
 		 636 aa  83.6  0.000000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1619  arginine decarboxylase  22.19 
 
 		 637 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000092888  normal  0.0751508 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2480  arginine decarboxylase  23.18 
 
 		 637 aa  83.2  0.000000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.46516  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3349  arginine decarboxylase  20.39 
 
 		 659 aa  82.4  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0843  arginine decarboxylase  20.39 
 
 		 659 aa  82.4  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2513  arginine decarboxylase  20.74 
 
 		 642 aa  83.2  0.00000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.494839 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1964  arginine decarboxylase  21.74 
 
 		 660 aa  82.4  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.015476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1413  arginine decarboxylase  23.1 
 
 		 653 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.909421  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0845  arginine decarboxylase  20.39 
 
 		 659 aa  82.4  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1536  arginine decarboxylase  24.14 
 
 		 643 aa  83.2  0.00000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.649083  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03648  arginine decarboxylase  20.95 
 
 		 628 aa  82  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1698  arginine decarboxylase  22.52 
 
 		 636 aa  82  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0520  arginine decarboxylase  23.38 
 
 		 637 aa  82  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.105448  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1658  arginine decarboxylase  25.8 
 
 		 645 aa  82  0.00000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.944199  normal  0.0506092 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07050  arginine decarboxylase  20.39 
 
 		 636 aa  81.6  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0627  arginine decarboxylase  20.39 
 
 		 637 aa  80.9  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.424029 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3249  arginine decarboxylase  20.34 
 
 		 632 aa  80.9  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225168  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3260  arginine decarboxylase  20.34 
 
 		 632 aa  80.9  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3325  arginine decarboxylase  20.34 
 
 		 632 aa  80.9  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.591958  normal  0.70504 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3333  arginine decarboxylase  20.34 
 
 		 632 aa  80.9  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.104142 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2068  arginine decarboxylase  22.64 
 
 		 654 aa  80.5  0.00000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1983  arginine decarboxylase  22.64 
 
 		 654 aa  80.5  0.00000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.119208  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2280  arginine decarboxylase  21.85 
 
 		 636 aa  80.5  0.00000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000837435  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02768  arginine decarboxylase  20.34 
 
 		 658 aa  79.7  0.00000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0756  arginine decarboxylase  20.34 
 
 		 658 aa  79.7  0.00000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02731  hypothetical protein  20.34 
 
 		 658 aa  79.7  0.00000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06737  arginine decarboxylase  21.47 
 
 		 640 aa  79.3  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3371  arginine decarboxylase  20.34 
 
 		 658 aa  79.7  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.575173  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2609  arginine decarboxylase  22.19 
 
 		 637 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.901624  normal  0.151183 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3081  arginine decarboxylase  20.34 
 
 		 632 aa  79.7  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.602145  hitchhiker  0.00168239 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3096  arginine decarboxylase  20.34 
 
 		 658 aa  79.7  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0544  arginine decarboxylase  19.3 
 
 		 633 aa  79.7  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.073067  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0773  arginine decarboxylase  20.34 
 
 		 658 aa  79.7  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00439854 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2057  arginine decarboxylase  21.93 
 
 		 637 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.126213  normal  0.137004 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3430  arginine decarboxylase  20.34 
 
 		 632 aa  79.7  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000516135 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3281  arginine decarboxylase  20.34 
 
 		 658 aa  79.7  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0550  arginine decarboxylase  20.68 
 
 		 657 aa  79.7  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314322  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4241  arginine decarboxylase  20.34 
 
 		 632 aa  79.7  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3973  arginine decarboxylase  20.34 
 
 		 658 aa  78.6  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0026  arginine decarboxylase  23.82 
 
 		 650 aa  79  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1896  arginine decarboxylase  22.01 
 
 		 654 aa  78.2  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.907046  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000828  biosynthetic arginine decarboxylase  21.47 
 
 		 640 aa  78.6  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00030199  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63990  arginine decarboxylase  20.39 
 
 		 636 aa  78.6  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3344  arginine decarboxylase  19.47 
 
 		 658 aa  78.2  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0227178 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0419  arginine decarboxylase  22.62 
 
 		 661 aa  77.8  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00340731  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00521  arginine decarboxylase  23.51 
 
 		 648 aa  78.2  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.325981  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3124  arginine decarboxylase  19.14 
 
 		 627 aa  77.4  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.791613  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1378  arginine decarboxylase  23.66 
 
 		 647 aa  76.3  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5559  arginine decarboxylase  20.27 
 
 		 636 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00461  arginine decarboxylase  22.33 
 
 		 648 aa  76.3  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0046  arginine decarboxylase  22.33 
 
 		 648 aa  75.5  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3789  arginine decarboxylase  22.93 
 
 		 636 aa  75.1  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00591  arginine decarboxylase  23.92 
 
 		 647 aa  75.5  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0970534  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0508  arginine decarboxylase  19.69 
 
 		 658 aa  75.1  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.595355  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0721  arginine decarboxylase  22.01 
 
 		 644 aa  74.7  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1963  arginine decarboxylase  20.2 
 
 		 636 aa  75.1  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.143441 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3706  arginine decarboxylase  20 
 
 		 660 aa  74.7  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0526106  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00481  arginine decarboxylase  22.33 
 
 		 648 aa  75.1  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1870  arginine decarboxylase  20.86 
 
 		 637 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>