More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_4290 on replicon NC_014159
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014159  Tpau_4290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 		 459 aa  929    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.61093  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2537  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.95 
 
 		 1072 aa  337  1.9999999999999998e-91  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11423  probable diaminopimelate decarboxylase  33.04 
 
 		 470 aa  264  2e-69  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0632  putative ornithine/diaminopimelate PLP dependent decarboxylase  33.57 
 
 		 456 aa  196  6e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3904  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.41 
 
 		 467 aa  195  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3685  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.17 
 
 		 482 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.429983  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3753  diaminopimelate decarboxylase  33.26 
 
 		 432 aa  164  4.0000000000000004e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0331776  normal  0.212108 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0777  diaminopimelate decarboxylase  25.66 
 
 		 427 aa  95.1  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  24.23 
 
 		 445 aa  85.9  0.000000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2505  diaminopimelate decarboxylase  24.26 
 
 		 402 aa  84.7  0.000000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.296438  normal  0.747447 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3410  diaminopimelate decarboxylase  25.93 
 
 		 422 aa  82  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000272348 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  24.58 
 
 		 414 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3377  diaminopimelate decarboxylase  25.06 
 
 		 452 aa  79  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.411773  normal  0.115373 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1136  diaminopimelate decarboxylase  26.09 
 
 		 427 aa  78.6  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.451004  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3860  diaminopimelate decarboxylase  26.05 
 
 		 422 aa  77  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0818449 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  26.12 
 
 		 422 aa  77  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  26.35 
 
 		 430 aa  75.9  0.000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  25.23 
 
 		 451 aa  75.9  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  25.18 
 
 		 422 aa  75.1  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  23.28 
 
 		 445 aa  75.9  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2538  diaminopimelate decarboxylase  25.37 
 
 		 422 aa  74.7  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0787755  normal  0.617657 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  25.36 
 
 		 427 aa  74.7  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  26.59 
 
 		 410 aa  74.3  0.000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  26.67 
 
 		 430 aa  74.3  0.000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1682  diaminopimelate decarboxylase  27.56 
 
 		 430 aa  73.9  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0396  diaminopimelate decarboxylase  25.17 
 
 		 425 aa  73.6  0.000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0943424  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  23.95 
 
 		 414 aa  73.6  0.000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  20.55 
 
 		 443 aa  73.2  0.000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0050  diaminopimelate decarboxylase  25.61 
 
 		 423 aa  72.8  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3816  diaminopimelate decarboxylase  25.19 
 
 		 422 aa  72.8  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  24.21 
 
 		 414 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  24.26 
 
 		 420 aa  72.4  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09931  diaminopimelate decarboxylase  27.95 
 
 		 455 aa  72  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  23.4 
 
 		 417 aa  72.4  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0609  diaminopimelate decarboxylase  23.94 
 
 		 437 aa  71.6  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.357283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02010  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  26.58 
 
 		 850 aa  71.2  0.00000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0790  diaminopimelate decarboxylase  27.04 
 
 		 433 aa  71.2  0.00000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000940034  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  21.08 
 
 		 416 aa  70.9  0.00000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0992  diaminopimelate decarboxylase  24.64 
 
 		 427 aa  70.9  0.00000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  24.88 
 
 		 427 aa  70.9  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1629  diaminopimelate decarboxylase  24.69 
 
 		 459 aa  70.9  0.00000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.46186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  24.75 
 
 		 427 aa  70.9  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0684  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  22.29 
 
 		 393 aa  70.5  0.00000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10961  diaminopimelate decarboxylase  25.3 
 
 		 455 aa  70.1  0.00000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.297348  normal  0.231621 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  24.8 
 
 		 415 aa  70.1  0.00000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0199  diaminopimelate decarboxylase  21.3 
 
 		 443 aa  69.7  0.0000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00258223 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  23.8 
 
 		 414 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1964  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  23.67 
 
 		 391 aa  69.7  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  23.85 
 
 		 431 aa  68.9  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  25.34 
 
 		 419 aa  68.9  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4020  diaminopimelate decarboxylase  24.87 
 
 		 423 aa  68.9  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  23.42 
 
 		 434 aa  69.3  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  24.54 
 
 		 423 aa  68.2  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  21.86 
 
 		 429 aa  67.8  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  25.55 
 
 		 430 aa  67.8  0.0000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  23.98 
 
 		 429 aa  67.4  0.0000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  23.26 
 
 		 418 aa  67.4  0.0000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2916  diaminopimelate decarboxylase  23.22 
 
 		 433 aa  67.4  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0948953  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0351  diaminopimelate decarboxylase  23.93 
 
 		 420 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1787  diaminopimelate decarboxylase  26.42 
 
 		 422 aa  67  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.16455 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  22.72 
 
 		 376 aa  67.4  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  24.15 
 
 		 431 aa  67  0.0000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.33 
 
 		 414 aa  67  0.0000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  24.16 
 
 		 421 aa  67  0.0000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2020  diaminopimelate decarboxylase  23.22 
 
 		 421 aa  67  0.0000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  23.42 
 
 		 434 aa  66.6  0.0000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  24.69 
 
 		 421 aa  66.6  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2675  diaminopimelate decarboxylase  24.65 
 
 		 419 aa  66.6  0.0000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0481  diaminopimelate decarboxylase  24 
 
 		 421 aa  66.6  0.0000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0461  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  24.4 
 
 		 868 aa  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0716  diaminopimelate decarboxylase  24.15 
 
 		 431 aa  66.2  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.670894 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.48 
 
 		 412 aa  66.2  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  24.08 
 
 		 414 aa  66.2  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  23.67 
 
 		 414 aa  66.2  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  23.67 
 
 		 414 aa  66.2  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  22.03 
 
 		 435 aa  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0669  diaminopimelate decarboxylase  24.87 
 
 		 428 aa  65.1  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.478543  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  24.07 
 
 		 423 aa  65.9  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2875  Orn/DAP/Arg decarboxylase family protein  23.99 
 
 		 461 aa  65.9  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.467454  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1983  diaminopimelate decarboxylase  25.4 
 
 		 421 aa  65.9  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2425  diaminopimelate decarboxylase  25.46 
 
 		 461 aa  65.9  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.131973  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0114  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  25.7 
 
 		 400 aa  65.9  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1908  diaminopimelate decarboxylase  25.4 
 
 		 421 aa  65.9  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  22.22 
 
 		 416 aa  65.5  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  25.7 
 
 		 400 aa  65.9  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  23.67 
 
 		 414 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  20.75 
 
 		 420 aa  64.7  0.000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0409  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  24.67 
 
 		 409 aa  64.7  0.000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.574525  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11971  diaminopimelate decarboxylase  20.37 
 
 		 457 aa  64.7  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2123  diaminopimelate decarboxylase  25.94 
 
 		 422 aa  65.1  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.520792  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  24 
 
 		 421 aa  64.7  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4702  diaminopimelate decarboxylase  25 
 
 		 458 aa  64.7  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.399114 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  24.71 
 
 		 433 aa  63.9  0.000000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0086  diaminopimelate decarboxylase  22.82 
 
 		 432 aa  64.3  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  24.33 
 
 		 421 aa  64.3  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  23.23 
 
 		 415 aa  64.3  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4848  diaminopimelate decarboxylase  25.18 
 
 		 423 aa  63.9  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0946328 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0083  diaminopimelate decarboxylase  23.11 
 
 		 432 aa  63.9  0.000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822301 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0531  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  20.06 
 
 		 390 aa  63.9  0.000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.077204  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2435  diaminopimelate decarboxylase  25.42 
 
 		 475 aa  63.5  0.000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.588454 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>