More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B3685 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B3685  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 		 482 aa  986    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.429983  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3904  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  54.34 
 
 		 467 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0632  putative ornithine/diaminopimelate PLP dependent decarboxylase  53.93 
 
 		 456 aa  421  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3753  diaminopimelate decarboxylase  37.44 
 
 		 432 aa  212  1e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0331776  normal  0.212108 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11423  probable diaminopimelate decarboxylase  28.54 
 
 		 470 aa  192  9e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.17 
 
 		 459 aa  183  5.0000000000000004e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.61093  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2537  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.98 
 
 		 1072 aa  149  8e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2875  Orn/DAP/Arg decarboxylase family protein  26.07 
 
 		 461 aa  92  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.467454  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  27.67 
 
 		 423 aa  90.5  7e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  26.86 
 
 		 419 aa  89.4  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  25.86 
 
 		 445 aa  88.2  3e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  24.69 
 
 		 433 aa  87.8  4e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1198  diaminopimelate decarboxylase  27.74 
 
 		 465 aa  87  7e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  27.21 
 
 		 423 aa  87  7e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2242  diaminopimelate decarboxylase  24.25 
 
 		 439 aa  86.7  9e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0241935  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0317  diaminopimelate decarboxylase  25.21 
 
 		 461 aa  86.3  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.241285 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  27.29 
 
 		 451 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0912  diaminopimelate decarboxylase  25.06 
 
 		 464 aa  85.5  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10961  diaminopimelate decarboxylase  25.34 
 
 		 455 aa  85.5  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.297348  normal  0.231621 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0790  diaminopimelate decarboxylase  23.41 
 
 		 433 aa  85.1  0.000000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000940034  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2991  diaminopimelate decarboxylase  23.1 
 
 		 435 aa  84.3  0.000000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000347646  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0732  diaminopimelate decarboxylase  26.1 
 
 		 443 aa  83.6  0.000000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  26.5 
 
 		 430 aa  83.2  0.00000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11971  diaminopimelate decarboxylase  23.11 
 
 		 457 aa  82.8  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  25.9 
 
 		 416 aa  82.4  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4034  diaminopimelate decarboxylase  25.71 
 
 		 470 aa  82  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.84121  hitchhiker  0.00505776 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0612  diaminopimelate decarboxylase  23.85 
 
 		 436 aa  82  0.00000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.239326  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  27.82 
 
 		 414 aa  82  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  26.16 
 
 		 422 aa  81.3  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0199  diaminopimelate decarboxylase  24.71 
 
 		 443 aa  80.9  0.00000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00258223 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0477  diaminopimelate decarboxylase  22.33 
 
 		 430 aa  81.3  0.00000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1914  diaminopimelate decarboxylase  22.95 
 
 		 438 aa  81.3  0.00000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0406  diaminopimelate decarboxylase  28.05 
 
 		 445 aa  80.9  0.00000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.809401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3046  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.76 
 
 		 547 aa  80.5  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.552764  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  27.25 
 
 		 414 aa  80.1  0.00000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0609  diaminopimelate decarboxylase  26.04 
 
 		 437 aa  80.1  0.00000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.357283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  24.03 
 
 		 443 aa  79.3  0.0000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  27.58 
 
 		 414 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  27.58 
 
 		 414 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1629  diaminopimelate decarboxylase  26.35 
 
 		 459 aa  78.6  0.0000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.46186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  29.96 
 
 		 430 aa  78.6  0.0000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  26.92 
 
 		 414 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  26.56 
 
 		 414 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1136  diaminopimelate decarboxylase  27.6 
 
 		 427 aa  77.8  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.451004  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11811  diaminopimelate decarboxylase  23.09 
 
 		 457 aa  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.43 
 
 		 442 aa  77.8  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3377  diaminopimelate decarboxylase  26.68 
 
 		 452 aa  76.6  0.0000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.411773  normal  0.115373 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  25.06 
 
 		 416 aa  76.6  0.0000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3410  diaminopimelate decarboxylase  26.23 
 
 		 422 aa  76.3  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000272348 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4702  diaminopimelate decarboxylase  25.23 
 
 		 458 aa  76.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.399114 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4736  diaminopimelate decarboxylase  23.91 
 
 		 463 aa  75.9  0.000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.775184  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3652  diaminopimelate decarboxylase  25.11 
 
 		 470 aa  75.9  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0262  diaminopimelate decarboxylase  25.81 
 
 		 464 aa  75.9  0.000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3116  diaminopimelate decarboxylase  28.3 
 
 		 424 aa  75.9  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675356 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0777  diaminopimelate decarboxylase  27.29 
 
 		 427 aa  75.9  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  24.92 
 
 		 417 aa  75.9  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3974  diaminopimelate decarboxylase  27.32 
 
 		 414 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  24.18 
 
 		 420 aa  74.7  0.000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1101  diaminopimelate decarboxylase  22.89 
 
 		 457 aa  75.1  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  26.14 
 
 		 416 aa  75.1  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3897  diaminopimelate decarboxylase  27.32 
 
 		 414 aa  75.1  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.024639 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3276  diaminopimelate decarboxylase  26.29 
 
 		 419 aa  74.7  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  27.36 
 
 		 430 aa  75.1  0.000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.57 
 
 		 419 aa  73.9  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0842  diaminopimelate decarboxylase  25.11 
 
 		 477 aa  73.9  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0309438 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  25.59 
 
 		 431 aa  74.3  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  25.75 
 
 		 423 aa  74.3  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0669  diaminopimelate decarboxylase  25.99 
 
 		 428 aa  74.3  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.478543  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3996  diaminopimelate decarboxylase  27.32 
 
 		 414 aa  73.9  0.000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.950752  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  23.93 
 
 		 417 aa  73.6  0.000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3112  diaminopimelate decarboxylase  24.88 
 
 		 418 aa  73.6  0.000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.507719  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4090  diaminopimelate decarboxylase  27.32 
 
 		 414 aa  73.9  0.000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0466551 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0056  diaminopimelate decarboxylase  27.39 
 
 		 424 aa  73.2  0.000000000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  23.66 
 
 		 417 aa  73.2  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3656  diaminopimelate decarboxylase  27.08 
 
 		 457 aa  72.8  0.00000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  24.23 
 
 		 417 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0878  diaminopimelate decarboxylase  24.25 
 
 		 465 aa  72.4  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.109774  normal  0.537155 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1034  diaminopimelate decarboxylase  26.73 
 
 		 448 aa  72.4  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2472  diaminopimelate decarboxylase  22.49 
 
 		 412 aa  72.4  0.00000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.255967  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11961  diaminopimelate decarboxylase  22.15 
 
 		 457 aa  72  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2505  diaminopimelate decarboxylase  21.84 
 
 		 402 aa  72  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.296438  normal  0.747447 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1053  diaminopimelate decarboxylase  25.17 
 
 		 458 aa  72.4  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.861814  normal  0.885214 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  23.6 
 
 		 412 aa  72  0.00000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0576  diaminopimelate decarboxylase  22.48 
 
 		 431 aa  72  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.757685  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2435  diaminopimelate decarboxylase  24.05 
 
 		 475 aa  72  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.588454 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.45 
 
 		 411 aa  72  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1251  diaminopimelate decarboxylase  25.9 
 
 		 463 aa  71.2  0.00000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.254019  normal  0.196655 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.41 
 
 		 412 aa  71.6  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  26.12 
 
 		 414 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0970  diaminopimelate decarboxylase  22.83 
 
 		 421 aa  71.2  0.00000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  25.3 
 
 		 407 aa  71.2  0.00000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  23.56 
 
 		 419 aa  71.2  0.00000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0562  diaminopimelate decarboxylase  22.56 
 
 		 431 aa  71.2  0.00000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09931  diaminopimelate decarboxylase  26.82 
 
 		 455 aa  71.2  0.00000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0992  diaminopimelate decarboxylase  27.46 
 
 		 427 aa  71.2  0.00000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0382  diaminopimelate decarboxylase  24.48 
 
 		 439 aa  71.2  0.00000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1365  diaminopimelate decarboxylase  23.65 
 
 		 423 aa  70.9  0.00000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00386973  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  22.74 
 
 		 403 aa  70.9  0.00000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1199  diaminopimelate decarboxylase  26.4 
 
 		 418 aa  70.9  0.00000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0292186  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  25.93 
 
 		 422 aa  70.1  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>