More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sros_3753 on replicon NC_013595
Organism: Streptosporangium roseum DSM 43021



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013595  Sros_3753  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 432 aa  865    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0331776  normal  0.212108 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3904  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.64 
 
 		 467 aa  245  9e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3685  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.91 
 
 		 482 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.429983  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0632  putative ornithine/diaminopimelate PLP dependent decarboxylase  36.91 
 
 		 456 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.41 
 
 		 459 aa  179  9e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.61093  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11423  probable diaminopimelate decarboxylase  29.12 
 
 		 470 aa  161  3e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2537  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.72 
 
 		 1072 aa  141  3e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4702  diaminopimelate decarboxylase  29.31 
 
 		 458 aa  103  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.399114 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09931  diaminopimelate decarboxylase  28.43 
 
 		 455 aa  96.3  9e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4736  diaminopimelate decarboxylase  26.97 
 
 		 463 aa  96.3  9e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.775184  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  28.51 
 
 		 427 aa  95.5  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0912  diaminopimelate decarboxylase  26.52 
 
 		 464 aa  94.7  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  28.28 
 
 		 427 aa  94.4  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10961  diaminopimelate decarboxylase  26.33 
 
 		 455 aa  94  4e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.297348  normal  0.231621 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  28 
 
 		 430 aa  93.6  6e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  28.05 
 
 		 427 aa  91.7  3e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11811  diaminopimelate decarboxylase  23.56 
 
 		 457 aa  89  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11971  diaminopimelate decarboxylase  23.97 
 
 		 457 aa  89.4  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  27.34 
 
 		 451 aa  88.2  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1629  diaminopimelate decarboxylase  28.03 
 
 		 459 aa  87.8  3e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.46186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  28.72 
 
 		 435 aa  88.2  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0842  diaminopimelate decarboxylase  27.41 
 
 		 477 aa  87.4  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0309438 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  27.34 
 
 		 416 aa  86.7  7e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1101  diaminopimelate decarboxylase  23.64 
 
 		 457 aa  86.7  7e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5579  diaminopimelate decarboxylase  29.48 
 
 		 451 aa  86.7  8e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.485519 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0262  diaminopimelate decarboxylase  27.94 
 
 		 464 aa  86.3  9e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1147  diaminopimelate decarboxylase  27.3 
 
 		 421 aa  86.3  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  26.62 
 
 		 420 aa  85.9  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  26.32 
 
 		 417 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  27.14 
 
 		 421 aa  84.7  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  26.44 
 
 		 417 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2875  Orn/DAP/Arg decarboxylase family protein  24.19 
 
 		 461 aa  84.3  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.467454  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0317  diaminopimelate decarboxylase  27.48 
 
 		 461 aa  84  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.241285 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  25.28 
 
 		 433 aa  84.3  0.000000000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2435  diaminopimelate decarboxylase  25.97 
 
 		 475 aa  84  0.000000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.588454 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  26.24 
 
 		 430 aa  83.2  0.000000000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6013  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.94 
 
 		 486 aa  83.2  0.000000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  27.86 
 
 		 421 aa  82.8  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0123  diaminopimelate decarboxylase  24.4 
 
 		 474 aa  81.3  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.251884  normal  0.0757404 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0126  diaminopimelate decarboxylase  24.4 
 
 		 474 aa  81.3  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11961  diaminopimelate decarboxylase  22.82 
 
 		 457 aa  81.3  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0658  diaminopimelate decarboxylase  24.22 
 
 		 454 aa  80.5  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  25.53 
 
 		 423 aa  80.5  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  24.94 
 
 		 421 aa  80.5  0.00000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1053  diaminopimelate decarboxylase  30.12 
 
 		 458 aa  80.1  0.00000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.861814  normal  0.885214 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14901  diaminopimelate decarboxylase  23.77 
 
 		 454 aa  80.1  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.813083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1391  diaminopimelate decarboxylase  27.35 
 
 		 459 aa  79.7  0.00000000000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  27.02 
 
 		 414 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1303  diaminopimelate decarboxylase  27.06 
 
 		 435 aa  79.7  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  28.01 
 
 		 417 aa  79  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  26.2 
 
 		 429 aa  79  0.0000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  27.46 
 
 		 414 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  27.46 
 
 		 414 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  25.42 
 
 		 422 aa  79.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2425  diaminopimelate decarboxylase  26.51 
 
 		 461 aa  78.6  0.0000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.131973  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1364  diaminopimelate decarboxylase  25.86 
 
 		 434 aa  78.2  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.844058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  25.41 
 
 		 423 aa  78.6  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3377  diaminopimelate decarboxylase  28.25 
 
 		 452 aa  78.2  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.411773  normal  0.115373 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0878  diaminopimelate decarboxylase  26.97 
 
 		 465 aa  77.8  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.109774  normal  0.537155 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  27.23 
 
 		 416 aa  78.2  0.0000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0382  diaminopimelate decarboxylase  24.77 
 
 		 439 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  27.46 
 
 		 414 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1199  diaminopimelate decarboxylase  25.32 
 
 		 418 aa  77.8  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0292186  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1130  diaminopimelate decarboxylase  26.26 
 
 		 447 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.153124  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.23 
 
 		 404 aa  77.8  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1461  diaminopimelate decarboxylase  23 
 
 		 421 aa  77.8  0.0000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0086  diaminopimelate decarboxylase  26.75 
 
 		 432 aa  77.8  0.0000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1490  diaminopimelate decarboxylase  23 
 
 		 421 aa  77.8  0.0000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00291349  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  28.71 
 
 		 425 aa  77  0.0000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2242  diaminopimelate decarboxylase  25.98 
 
 		 439 aa  76.6  0.0000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0241935  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  29.14 
 
 		 422 aa  76.6  0.0000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0683  diaminopimelate decarboxylase  23.56 
 
 		 437 aa  76.6  0.0000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000143238  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0970  diaminopimelate decarboxylase  23.34 
 
 		 421 aa  76.3  0.0000000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1637  diaminopimelate decarboxylase  27.56 
 
 		 460 aa  75.9  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00899819  normal  0.731678 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3583  diaminopimelate decarboxylase  26.87 
 
 		 414 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1791  diaminopimelate decarboxylase  26.37 
 
 		 423 aa  75.9  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3860  diaminopimelate decarboxylase  25.24 
 
 		 422 aa  76.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0818449 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3234  diaminopimelate decarboxylase  28.37 
 
 		 437 aa  75.9  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1422  diaminopimelate decarboxylase  24.59 
 
 		 441 aa  76.3  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000179827  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3974  diaminopimelate decarboxylase  27.46 
 
 		 414 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3897  diaminopimelate decarboxylase  27.46 
 
 		 414 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.024639 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1814  diaminopimelate decarboxylase  29.86 
 
 		 426 aa  75.9  0.000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.040954  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  26.4 
 
 		 415 aa  75.1  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  25.52 
 
 		 414 aa  75.1  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2466  diaminopimelate decarboxylase  29.63 
 
 		 463 aa  75.1  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.093066  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  24.63 
 
 		 417 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2086  diaminopimelate decarboxylase  26.17 
 
 		 447 aa  75.5  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000557843  normal  0.888186 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5547  diaminopimelate decarboxylase  25.22 
 
 		 468 aa  75.1  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.208469 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1042  diaminopimelate decarboxylase  23.7 
 
 		 445 aa  74.7  0.000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000128402  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1964  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  25.14 
 
 		 391 aa  75.1  0.000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  26.07 
 
 		 419 aa  74.7  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  25.17 
 
 		 445 aa  74.7  0.000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.61 
 
 		 411 aa  74.7  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0510  diaminopimelate decarboxylase  26.93 
 
 		 434 aa  74.7  0.000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  26.07 
 
 		 419 aa  74.7  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1897  diaminopimelate decarboxylase  26.4 
 
 		 423 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.705809  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  24.94 
 
 		 386 aa  74.3  0.000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  27.2 
 
 		 414 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3737  diaminopimelate decarboxylase  26.4 
 
 		 423 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3451  diaminopimelate decarboxylase  26.4 
 
 		 423 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>