More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3904 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3904  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 
467 aa  963    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3685  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  54.34 
 
 
482 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.429983  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0632  putative ornithine/diaminopimelate PLP dependent decarboxylase  51.01 
 
 
456 aa  411  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3753  diaminopimelate decarboxylase  35.94 
 
 
432 aa  218  2e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0331776  normal  0.212108 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11423  probable diaminopimelate decarboxylase  30.42 
 
 
470 aa  193  4e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.41 
 
 
459 aa  184  3e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.61093  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2537  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.72 
 
 
1072 aa  176  9.999999999999999e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0912  diaminopimelate decarboxylase  25.46 
 
 
464 aa  96.3  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  25.52 
 
 
433 aa  96.3  1e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10961  diaminopimelate decarboxylase  25.17 
 
 
455 aa  94.7  3e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.297348  normal  0.231621 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0612  diaminopimelate decarboxylase  25.45 
 
 
436 aa  90.5  5e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.239326  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2875  Orn/DAP/Arg decarboxylase family protein  23.35 
 
 
461 aa  90.5  6e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.467454  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1629  diaminopimelate decarboxylase  25.62 
 
 
459 aa  88.6  2e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.46186  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2242  diaminopimelate decarboxylase  25.4 
 
 
439 aa  87.4  4e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0241935  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0382  diaminopimelate decarboxylase  26.08 
 
 
439 aa  86.7  9e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3046  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  25.43 
 
 
547 aa  83.6  0.000000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.552764  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1914  diaminopimelate decarboxylase  23.79 
 
 
438 aa  83.2  0.000000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0790  diaminopimelate decarboxylase  23.74 
 
 
433 aa  82.4  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000940034  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4736  diaminopimelate decarboxylase  22.85 
 
 
463 aa  82  0.00000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.775184  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11811  diaminopimelate decarboxylase  21.27 
 
 
457 aa  82  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3803  Ornithine decarboxylase  30.43 
 
 
392 aa  81.3  0.00000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.390604  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  22.11 
 
 
415 aa  80.9  0.00000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1101  diaminopimelate decarboxylase  21.92 
 
 
457 aa  80.9  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0262  diaminopimelate decarboxylase  26.27 
 
 
464 aa  80.5  0.00000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11971  diaminopimelate decarboxylase  21.48 
 
 
457 aa  80.1  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2435  diaminopimelate decarboxylase  23.57 
 
 
475 aa  78.2  0.0000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.588454 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  23.19 
 
 
416 aa  77.8  0.0000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26 
 
 
404 aa  77.8  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11961  diaminopimelate decarboxylase  22.32 
 
 
457 aa  77.4  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  22.27 
 
 
445 aa  77  0.0000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0970  diaminopimelate decarboxylase  23.74 
 
 
421 aa  77  0.0000000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4702  diaminopimelate decarboxylase  24.2 
 
 
458 aa  77  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.399114 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0477  diaminopimelate decarboxylase  22.15 
 
 
430 aa  76.6  0.0000000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0732  diaminopimelate decarboxylase  26.29 
 
 
443 aa  75.9  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0658  diaminopimelate decarboxylase  22.65 
 
 
454 aa  75.1  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1791  diaminopimelate decarboxylase  26.95 
 
 
423 aa  75.5  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14901  diaminopimelate decarboxylase  22.29 
 
 
454 aa  74.7  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.813083  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0609  diaminopimelate decarboxylase  23.28 
 
 
437 aa  75.1  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.357283  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1645  diaminopimelate decarboxylase  26.49 
 
 
416 aa  74.3  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.902771 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1391  diaminopimelate decarboxylase  24.83 
 
 
459 aa  74.3  0.000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  23.53 
 
 
400 aa  73.6  0.000000000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000015857  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3415  diaminopimelate decarboxylase  25.32 
 
 
444 aa  73.2  0.000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.656066  normal  0.0355245 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0510  diaminopimelate decarboxylase  25.3 
 
 
434 aa  73.2  0.000000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  24 
 
 
429 aa  73.2  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  26.79 
 
 
416 aa  72.8  0.00000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0667  diaminopimelate decarboxylase  23.25 
 
 
430 aa  72.8  0.00000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00422384  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7089  diaminopimelate decarboxylase  23.87 
 
 
413 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09931  diaminopimelate decarboxylase  24.04 
 
 
455 aa  71.6  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  25.29 
 
 
420 aa  71.6  0.00000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  24.47 
 
 
430 aa  71.6  0.00000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2991  diaminopimelate decarboxylase  23.37 
 
 
435 aa  71.6  0.00000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000347646  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0777  diaminopimelate decarboxylase  26.16 
 
 
427 aa  70.9  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  23.53 
 
 
417 aa  71.2  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0534  diaminopimelate decarboxylase  29 
 
 
434 aa  70.9  0.00000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_475  diaminopimelate decarboxylase  29.44 
 
 
434 aa  70.9  0.00000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0409  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  22.47 
 
 
409 aa  70.9  0.00000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.574525  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1490  diaminopimelate decarboxylase  21.74 
 
 
421 aa  70.9  0.00000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00291349  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1461  diaminopimelate decarboxylase  21.74 
 
 
421 aa  70.9  0.00000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  22.74 
 
 
419 aa  70.5  0.00000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  25.93 
 
 
411 aa  70.5  0.00000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0669  diaminopimelate decarboxylase  25.61 
 
 
428 aa  70.1  0.00000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.478543  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  24.29 
 
 
422 aa  70.1  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  24.55 
 
 
416 aa  70.1  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  22.66 
 
 
447 aa  70.1  0.00000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  23.71 
 
 
417 aa  69.7  0.00000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5579  diaminopimelate decarboxylase  25.78 
 
 
451 aa  69.3  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.485519 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2916  diaminopimelate decarboxylase  25 
 
 
433 aa  69.7  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0948953  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4867  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  24.81 
 
 
373 aa  69.7  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00155396  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.2 
 
 
417 aa  69.3  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1042  diaminopimelate decarboxylase  21.4 
 
 
445 aa  68.6  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000128402  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  24.7 
 
 
432 aa  68.6  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0771  diaminopimelate decarboxylase  20.92 
 
 
427 aa  68.9  0.0000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.129495  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2447  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  25 
 
 
404 aa  69.3  0.0000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0693  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.09 
 
 
379 aa  68.2  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2505  diaminopimelate decarboxylase  22.51 
 
 
402 aa  68.2  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.296438  normal  0.747447 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0664  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  24.65 
 
 
474 aa  68.2  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  25 
 
 
403 aa  68.6  0.0000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  24.78 
 
 
415 aa  68.2  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0684  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  20.25 
 
 
393 aa  67.8  0.0000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  23.43 
 
 
417 aa  67.8  0.0000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1136  diaminopimelate decarboxylase  25.24 
 
 
427 aa  67.8  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.451004  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2188  diaminopimelate decarboxylase  29.11 
 
 
382 aa  67.4  0.0000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4492  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  27.45 
 
 
415 aa  67.4  0.0000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.799972  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1090  pyridoxal-dependent decarboxylase  23.39 
 
 
377 aa  67.4  0.0000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.41465  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0406  diaminopimelate decarboxylase  25.32 
 
 
445 aa  67  0.0000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.809401  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3816  diaminopimelate decarboxylase  23.24 
 
 
422 aa  67  0.0000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2590  diaminopimelate decarboxylase  22.29 
 
 
465 aa  67  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.851696  normal  0.439356 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1792  diaminopimelate decarboxylase  25.56 
 
 
459 aa  66.6  0.0000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0425  diaminopimelate decarboxylase  24.66 
 
 
393 aa  66.6  0.0000000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  29.06 
 
 
430 aa  65.9  0.000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2711  diaminopimelate decarboxylase  22.29 
 
 
465 aa  66.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.757522  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.39 
 
 
419 aa  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2602  diaminopimelate decarboxylase  22.29 
 
 
465 aa  66.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1365  diaminopimelate decarboxylase  22.6 
 
 
423 aa  66.2  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00386973  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2502  diaminopimelate decarboxylase  22.29 
 
 
465 aa  66.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.512966  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2548  diaminopimelate decarboxylase  22.29 
 
 
465 aa  66.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  22.99 
 
 
417 aa  66.2  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1198  diaminopimelate decarboxylase  25 
 
 
465 aa  65.5  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0602  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  25.88 
 
 
588 aa  65.5  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1333  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  22.28 
 
 
386 aa  65.1  0.000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000335599  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>