More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3803 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3803  Ornithine decarboxylase  100 
 
 		 392 aa  802    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.390604  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0693  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.94 
 
 		 379 aa  251  1e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0274  ornithine decarboxylase  37.67 
 
 		 398 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000805907  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1046  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.77 
 
 		 397 aa  219  5e-56  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.627883  normal  0.114267 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2447  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.06 
 
 		 404 aa  218  1e-55  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.98 
 
 		 379 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2715  ornithine decarboxylase  34.92 
 
 		 377 aa  216  4e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0092  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  34.36 
 
 		 377 aa  211  2e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0100  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  34.36 
 
 		 377 aa  211  2e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.938006  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0684  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.56 
 
 		 393 aa  210  3e-53  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4245  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.36 
 
 		 377 aa  210  4e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3234  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.36 
 
 		 433 aa  207  2e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.17502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0938  Ornithine decarboxylase  35.71 
 
 		 380 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3689  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.8 
 
 		 377 aa  206  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192406  normal  0.735507 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3419  ornithine decarboxylase  35.47 
 
 		 380 aa  206  7e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268803  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4837  ornithine decarboxylase  33.24 
 
 		 380 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0856  ornithine decarboxylase  35.13 
 
 		 380 aa  204  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.310254 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.36 
 
 		 376 aa  203  4e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0801  ornithine decarboxylase  34.3 
 
 		 387 aa  203  4e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4247  ornithine decarboxylase  33.95 
 
 		 387 aa  202  6e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3390  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.24 
 
 		 377 aa  202  7e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.151925 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.56 
 
 		 380 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.215223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2045  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.96 
 
 		 388 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.151029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4547  ornithine decarboxylase  33.51 
 
 		 380 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.727864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2006  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.52 
 
 		 388 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.447532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2320  Ornithine decarboxylase  33.24 
 
 		 388 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.724632  normal  0.55371 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12320  Ornithine decarboxylase  33.51 
 
 		 387 aa  199  6e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0077  ornithine decarboxylase  34.13 
 
 		 391 aa  199  6e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0908  ornithine decarboxylase  33.78 
 
 		 387 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226551 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0894  ornithine decarboxylase  33.78 
 
 		 387 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.199626 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1080  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.08 
 
 		 376 aa  199  1.0000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.143277 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3075  diaminopimelate decarboxylase  33.96 
 
 		 391 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000605202  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1109  pyridoxal-dependent family decarboxylase  33.52 
 
 		 389 aa  197  2.0000000000000003e-49  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5135  ornithine decarboxylase  34.22 
 
 		 387 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157248  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0801  ornithine decarboxylase  33.51 
 
 		 387 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.430321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1964  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.02 
 
 		 391 aa  197  3e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3806  ornithine decarboxylase  33.52 
 
 		 377 aa  197  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.16357  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58630  ornithine decarboxylase  33.69 
 
 		 387 aa  195  9e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4314  ornithine decarboxylase  33.24 
 
 		 387 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0146694 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0864  ornithine decarboxylase  33.96 
 
 		 371 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390948  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4572  pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain protein  34.35 
 
 		 359 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2175  ornithine decarboxylase  35.04 
 
 		 388 aa  193  4e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.174065 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3392  ornithine decarboxylase  32.89 
 
 		 391 aa  192  6e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000026968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1333  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.27 
 
 		 386 aa  192  8e-48  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000335599  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1090  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.43 
 
 		 377 aa  192  9e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.41465  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2177  ornithine decarboxylase  31.18 
 
 		 390 aa  192  1e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.024937  normal  0.209204 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03846  ornithine decarboxylase (Eurofung)  33.81 
 
 		 434 aa  191  2e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000212473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2772  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.24 
 
 		 377 aa  191  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1649  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.52 
 
 		 388 aa  191  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.648031  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3405  diaminopimelate decarboxylase  32.89 
 
 		 391 aa  191  2e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3507  ornithine decarboxylase  32.36 
 
 		 391 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00021864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0531  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.34 
 
 		 390 aa  190  4e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.077204  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3682  ornithine decarboxylase  32.36 
 
 		 391 aa  189  7e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00110632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0445  ornithine decarboxylase  32.1 
 
 		 391 aa  189  8e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00713541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0410  ornithine decarboxylase  32.44 
 
 		 391 aa  187  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1349  ornithine decarboxylase  34.17 
 
 		 380 aa  187  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.758302  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5654  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.11 
 
 		 397 aa  187  2e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4136  decarboxylase, pyridoxal-dependent  31.98 
 
 		 391 aa  187  4e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC04890  ornithine decarboxylase, putative  33.24 
 
 		 527 aa  187  4e-46  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.447794  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0541  diaminopimelate decarboxylase  32.17 
 
 		 391 aa  186  5e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0699456  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0486  diaminopimelate decarboxylase  32.26 
 
 		 391 aa  186  9e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000602971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0465  diaminopimelate decarboxylase  32.16 
 
 		 391 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000104832  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3854  diaminopimelate decarboxylase  32.16 
 
 		 391 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000739123  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0489  Diaminopimelate decarboxylase  32.16 
 
 		 391 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000118387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1157  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.4 
 
 		 376 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0214354 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0446  ornithine decarboxylase  32.96 
 
 		 390 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1416  ornithine decarboxylase  31.32 
 
 		 392 aa  183  5.0000000000000004e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_90612  ornithine decarboxylase  31.84 
 
 		 458 aa  183  5.0000000000000004e-45  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.253647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12642  ornithine decarboxylase 2  33.33 
 
 		 390 aa  181  2e-44  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4655  ornithine decarboxylase  31.06 
 
 		 388 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.203932 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0946  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.36 
 
 		 388 aa  177  2e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000933718  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.08 
 
 		 388 aa  177  4e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5043  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.96 
 
 		 403 aa  176  5e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0037  ornithine decarboxylase  30.98 
 
 		 391 aa  176  6e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31322  Ornithine decarboxylase  33.42 
 
 		 547 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.0025491  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1693  ornithine decarboxylase  33.16 
 
 		 421 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  28.41 
 
 		 400 aa  172  5.999999999999999e-42  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000015857  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0029  ornithine decarboxylase  30.64 
 
 		 391 aa  172  1e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2057  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.11 
 
 		 376 aa  171  2e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0801  ornithine decarboxylase  31.65 
 
 		 389 aa  170  3e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3110  ornithine decarboxylase  32.42 
 
 		 390 aa  169  1e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0576  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.44 
 
 		 392 aa  168  2e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1375  ornithine decarboxylase  33.06 
 
 		 398 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24620  ornithine decarboxylase  28.69 
 
 		 389 aa  162  1e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  28.5 
 
 		 417 aa  153  5e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0377  ornithine decarboxylase  30.73 
 
 		 417 aa  152  7e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.412388  normal  0.928081 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2180  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.64 
 
 		 376 aa  151  2e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0693915  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  28.38 
 
 		 418 aa  150  4e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2538  diaminopimelate decarboxylase  28.24 
 
 		 422 aa  150  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0787755  normal  0.617657 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  30.37 
 
 		 421 aa  150  4e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  27.57 
 
 		 420 aa  149  1.0000000000000001e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  30.24 
 
 		 425 aa  148  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  28.87 
 
 		 422 aa  146  6e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  29 
 
 		 416 aa  145  9e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  29.73 
 
 		 427 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  29.57 
 
 		 417 aa  144  3e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3816  diaminopimelate decarboxylase  27.35 
 
 		 422 aa  143  5e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  29.46 
 
 		 427 aa  142  8e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  28.88 
 
 		 427 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2027  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.42 
 
 		 406 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>