More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9007 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011984  Avi_9007  two component sensor kinase  100 
 
 		 359 aa  727    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0707  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  38.02 
 
 		 1190 aa  216  5e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0358  signal transduction histidine kinase  39.76 
 
 		 602 aa  216  5.9999999999999996e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6933  signal transduction histidine kinase  41.69 
 
 		 488 aa  209  7e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0678  two-component sensor histidine kinase  38.15 
 
 		 460 aa  206  7e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.320332 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4932  signal transduction histidine kinase  68.07 
 
 		 907 aa  176  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.752686 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3974  signal transduction histidine kinase  36.34 
 
 		 635 aa  168  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0272817 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4618  signal transduction histidine kinase  38.46 
 
 		 454 aa  160  2e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.723174  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3370  PAS sensor protein  47.09 
 
 		 713 aa  160  2e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.277761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1811  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.97 
 
 		 1085 aa  154  2e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.565529  normal  0.532209 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2563  signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 		 409 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  56.1 
 
 		 568 aa  152  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252669 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3529  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  62.07 
 
 		 1088 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.29 
 
 		 705 aa  150  4e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0692  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  54.68 
 
 		 620 aa  149  8e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5262  signal transduction histidine kinase  31.42 
 
 		 338 aa  146  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5560  signal transduction histidine kinase  31.6 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256684  normal  0.0162393 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  55.38 
 
 		 1676 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4781  signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 		 356 aa  145  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1221  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.86 
 
 		 637 aa  143  5e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1549  multi-sensor signal transduction histidine kinase  57.39 
 
 		 832 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2979  PAS sensor, serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit  55.74 
 
 		 754 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1213  signal transduction histidine kinase  31.06 
 
 		 603 aa  136  5e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3344  signal transduction histidine kinase  30.63 
 
 		 336 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0630  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.6 
 
 		 699 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3124  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.99 
 
 		 1374 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.957955  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0507  signal transduction histidine kinase  31.4 
 
 		 336 aa  132  6e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2876  sensory transduction histidine kinase  31.36 
 
 		 936 aa  132  6.999999999999999e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.558657 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0167  signal transduction histidine kinase  32.65 
 
 		 336 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3036  sensory transduction histidine kinase  32.96 
 
 		 1047 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00386665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2121  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50.74 
 
 		 1171 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.48946  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.6 
 
 		 705 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.263072  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2666  signal transduction histidine kinase  48 
 
 		 446 aa  127  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653198  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0877  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.77 
 
 		 1050 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.948624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1496  signal transduction histidine kinase  47.2 
 
 		 1253 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.172842 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3247  sensory transduction histidine kinase  43.71 
 
 		 746 aa  127  3e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0645212 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2090  signal transduction histidine kinase  29.7 
 
 		 372 aa  127  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3037  hypothetical protein  46.27 
 
 		 1289 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.203236  normal  0.672387 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2768  signal transduction histidine kinase  35.35 
 
 		 333 aa  127  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000214374 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1605  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48 
 
 		 688 aa  126  5e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0013251  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1888  PAS sensor protein  29.66 
 
 		 326 aa  126  5e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.32 
 
 		 630 aa  126  6e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.26 
 
 		 1171 aa  125  9e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000135263 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.15 
 
 		 936 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0531  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.95 
 
 		 1193 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2070  sensory box protein  43.56 
 
 		 771 aa  124  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.794479  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4430  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  36.4 
 
 		 1158 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  48 
 
 		 432 aa  124  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1483  signal transduction histidine kinase  30.07 
 
 		 391 aa  124  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5742  signal transduction histidine kinase  33.78 
 
 		 398 aa  123  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3500  signal transduction histidine kinase  32.5 
 
 		 583 aa  123  5e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.319784  normal  0.0807687 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4495  signal transduction histidine kinase  33.68 
 
 		 571 aa  123  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5012  putative sensory transduction histidine kinase  37.04 
 
 		 333 aa  122  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.235153  normal  0.174809 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0620  signal transduction histidine kinase  29.85 
 
 		 725 aa  121  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0981  putative sensor/response regulator hybrid  43.4 
 
 		 1418 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195382  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5290  signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 662 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.249657 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4317  sensor histidine kinase  31.05 
 
 		 499 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1731  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.15 
 
 		 637 aa  120  4.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000986575 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5776  putative PAS/PAC sensor protein  30.31 
 
 		 1160 aa  119  7.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.491611  normal  0.0137055 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3300  PAS sensor protein  32.14 
 
 		 583 aa  119  9e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.928069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5905  signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 601 aa  119  9e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.584764  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3623  signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 		 583 aa  119  9e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.173185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10770  putative sensor/response regulator hybrid  38.32 
 
 		 1417 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.903284 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0471  signal transduction histidine kinase  29.11 
 
 		 349 aa  118  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0310  MCP methyltransferase, CheR-type  37.33 
 
 		 1149 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.512157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1881  PAS sensor protein  31.56 
 
 		 872 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  34.22 
 
 		 929 aa  117  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1622  putative PAS/PAC sensor protein  46.61 
 
 		 775 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0914545  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3965  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.06 
 
 		 1158 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6552  signal transduction histidine kinase  32.07 
 
 		 489 aa  116  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3126  signal transduction histidine kinase  29.21 
 
 		 352 aa  116  6e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1666  sensory transduction histidine kinase  38.89 
 
 		 945 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.515191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5176  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  43.33 
 
 		 1404 aa  114  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.190634 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4209  signal transduction histidine kinase  32.37 
 
 		 631 aa  114  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6901  signal transduction histidine kinase  28.76 
 
 		 465 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.72 
 
 		 632 aa  113  5e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0825  signal transduction histidine kinase  46.28 
 
 		 455 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.111815  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3278  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  47.29 
 
 		 2468 aa  112  8.000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0267066 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3835  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  30.24 
 
 		 1167 aa  112  9e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0007  signal transduction histidine kinase  29.72 
 
 		 482 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.489749  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4378  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.58 
 
 		 773 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3802  signal transduction histidine kinase  32.64 
 
 		 574 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.560077  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3652  signal transduction histidine kinase  30.56 
 
 		 491 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  31.76 
 
 		 514 aa  108  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6531  signal transduction histidine kinase  32.23 
 
 		 344 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.14349  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6181  signal transduction histidine kinase  35.12 
 
 		 1191 aa  107  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.299797 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5922  signal transduction histidine kinase  32.86 
 
 		 346 aa  107  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151215  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3250  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  40 
 
 		 1348 aa  107  4e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.534329  normal  0.0270765 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2940  PAS  41.18 
 
 		 1353 aa  107  4e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1944  signal-transducing histidine kinase  33.67 
 
 		 1248 aa  106  6e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.318144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0827  signal transduction histidine kinase  29.69 
 
 		 512 aa  106  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2184  hypothetical protein  38.73 
 
 		 676 aa  105  9e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.677561  normal  0.87611 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1677  signal transduction histidine kinase  34.27 
 
 		 840 aa  105  9e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4278  putative PAS/PAC sensor protein  26.5 
 
 		 1027 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3090  signal transduction histidine kinase  30.08 
 
 		 575 aa  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0895303  normal  0.0359946 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2346  hypothetical protein  30.49 
 
 		 364 aa  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3297  hypothetical protein  33.22 
 
 		 360 aa  105  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.747205  normal  0.456251 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1700  signal transduction histidine kinase  27.38 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.193151  normal  0.0718068 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0801  signal transduction histidine kinase  30.38 
 
 		 488 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.185769  normal  0.110715 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0965  signal transduction histidine kinase  30.56 
 
 		 850 aa  105  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>