More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1888 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_1888  PAS sensor protein  100 
 
 		 326 aa  650    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3344  signal transduction histidine kinase  86.69 
 
 		 336 aa  567  1e-161  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0507  signal transduction histidine kinase  83.59 
 
 		 336 aa  548  1e-155  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0167  signal transduction histidine kinase  84.38 
 
 		 336 aa  550  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1390  signal transduction histidine kinase  42.33 
 
 		 484 aa  235  6e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38029 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4495  signal transduction histidine kinase  45.93 
 
 		 571 aa  223  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5290  signal transduction histidine kinase  53.55 
 
 		 662 aa  217  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.249657 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5905  signal transduction histidine kinase  52.61 
 
 		 601 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.584764  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3090  signal transduction histidine kinase  40.97 
 
 		 575 aa  216  4e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0895303  normal  0.0359946 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6531  signal transduction histidine kinase  52.43 
 
 		 344 aa  216  4e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.14349  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5922  signal transduction histidine kinase  51.94 
 
 		 346 aa  209  4e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1333  signal transduction histidine kinase  51.46 
 
 		 346 aa  207  3e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0112868 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3500  signal transduction histidine kinase  50.71 
 
 		 583 aa  206  5e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.319784  normal  0.0807687 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3300  PAS sensor protein  50.48 
 
 		 583 aa  204  1e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.928069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3623  signal transduction histidine kinase  50.48 
 
 		 583 aa  204  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.173185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3297  hypothetical protein  35.62 
 
 		 360 aa  182  9.000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.747205  normal  0.456251 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5776  putative PAS/PAC sensor protein  37.06 
 
 		 1160 aa  177  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.491611  normal  0.0137055 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0471  signal transduction histidine kinase  34.27 
 
 		 349 aa  169  5e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3126  signal transduction histidine kinase  31.13 
 
 		 352 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7959  signal transduction histidine kinase  42.22 
 
 		 416 aa  163  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0801  signal transduction histidine kinase  36.4 
 
 		 488 aa  162  9e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.185769  normal  0.110715 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2346  hypothetical protein  35.26 
 
 		 364 aa  162  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5599  signal transduction histidine kinase  42.67 
 
 		 389 aa  161  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6901  signal transduction histidine kinase  37.19 
 
 		 465 aa  161  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0707  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 1190 aa  160  3e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5263  hypothetical protein  32.48 
 
 		 345 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2563  signal transduction histidine kinase  31.68 
 
 		 409 aa  158  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0875  PAS sensor protein  36.02 
 
 		 488 aa  157  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.111744 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3105  PAS sensor protein  35.76 
 
 		 728 aa  157  3e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3834  signal transduction histidine kinase  35.76 
 
 		 728 aa  157  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.284621 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0835  signal transduction histidine kinase  35.63 
 
 		 488 aa  155  8e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2090  signal transduction histidine kinase  33.44 
 
 		 372 aa  155  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0620  signal transduction histidine kinase  35 
 
 		 725 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3835  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  31.03 
 
 		 1167 aa  154  2.9999999999999998e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5586  signal transduction histidine kinase  41.38 
 
 		 390 aa  153  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1753  sensor histidine kinase  40.4 
 
 		 364 aa  152  8e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.405521 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  58.65 
 
 		 424 aa  150  2e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3662  alcohol dehydrogenase  35.2 
 
 		 733 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.899908  normal  0.588935 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4278  putative PAS/PAC sensor protein  36.21 
 
 		 1027 aa  150  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0965  signal transduction histidine kinase  35.21 
 
 		 850 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6552  signal transduction histidine kinase  35.25 
 
 		 489 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1337  signal transduction histidine kinase  37.63 
 
 		 356 aa  146  4.0000000000000006e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.552854 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0358  signal transduction histidine kinase  29.83 
 
 		 602 aa  146  5e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0678  two-component sensor histidine kinase  30.84 
 
 		 460 aa  146  6e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.320332 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1700  signal transduction histidine kinase  32.7 
 
 		 339 aa  145  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.193151  normal  0.0718068 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2544  Signal transduction histidine kinase  35.78 
 
 		 489 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  33.74 
 
 		 929 aa  144  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1944  signal transduction histidine kinase  32.57 
 
 		 507 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0183597  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6933  signal transduction histidine kinase  32.75 
 
 		 488 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4932  signal transduction histidine kinase  37.34 
 
 		 907 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.752686 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2903  putative PAS/PAC sensor protein  48.55 
 
 		 400 aa  144  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.097748  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3739  MCP methyltransferase, CheR-type  34.43 
 
 		 1045 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2607  signal transduction histidine kinase  36.05 
 
 		 489 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  37.98 
 
 		 759 aa  140  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3982  hypothetical protein  34.51 
 
 		 478 aa  139  6e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0007  signal transduction histidine kinase  32.72 
 
 		 482 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.489749  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5235  signal transduction histidine kinase  39.71 
 
 		 571 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.878632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7977  signal transduction histidine kinase  32.69 
 
 		 1039 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1074  signal transduction histidine kinase  35.1 
 
 		 481 aa  137  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255381  normal  0.984755 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0588  sensory box protein  30.36 
 
 		 463 aa  138  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0554  sensory box protein  30.36 
 
 		 463 aa  137  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0288  multi-sensor signal transduction histidine kinase  48.32 
 
 		 884 aa  137  3.0000000000000003e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  37.55 
 
 		 582 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3652  signal transduction histidine kinase  29.64 
 
 		 491 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1377  putative sensor histidine kinase  34.74 
 
 		 561 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.351027  normal  0.486528 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0827  signal transduction histidine kinase  32 
 
 		 512 aa  136  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1881  PAS sensor protein  31.94 
 
 		 872 aa  136  5e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4109  signal transduction histidine kinase  39.59 
 
 		 384 aa  135  8e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0421223  normal  0.437508 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4605  MCP methyltransferase, CheR-type  30.42 
 
 		 1092 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.315944  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1301  signal transduction histidine kinase  41.21 
 
 		 588 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  33.98 
 
 		 503 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2364  signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 633 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.932865  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5756  signal transduction histidine kinase  34.95 
 
 		 347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.170851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5262  signal transduction histidine kinase  30.24 
 
 		 338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1984  signal transduction histidine kinase  30.64 
 
 		 713 aa  133  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0743  HWE histidine kinase  35.9 
 
 		 483 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.62 
 
 		 419 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5559  hypothetical protein  31.55 
 
 		 342 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.472868  normal  0.0109335 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3313  hypothetical protein  32.37 
 
 		 480 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.29262 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0487  signal transduction histidine kinase  37.38 
 
 		 555 aa  130  4.0000000000000003e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0615  signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 258 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5560  signal transduction histidine kinase  28.17 
 
 		 341 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256684  normal  0.0162393 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3755  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  34.47 
 
 		 1063 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4271  histidine kinase  32.14 
 
 		 692 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.0625064 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5584  signal transduction histidine kinase  33.9 
 
 		 586 aa  129  6e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2344  signal transduction histidine kinase  32.27 
 
 		 500 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00211814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2022  PAS sensor protein  29.63 
 
 		 717 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2070  signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 		 358 aa  127  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.315094  normal  0.359428 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2299  signal transduction histidine kinase  29.63 
 
 		 713 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.924903  normal  0.101705 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5729  signal transduction histidine kinase  34.05 
 
 		 352 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3978  signal transduction histidine kinase  36.1 
 
 		 577 aa  128  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2666  signal transduction histidine kinase  35.95 
 
 		 446 aa  127  3e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653198  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6181  signal transduction histidine kinase  30.68 
 
 		 1191 aa  127  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.299797 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1677  signal transduction histidine kinase  34.53 
 
 		 840 aa  126  6e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0825  signal transduction histidine kinase  30.65 
 
 		 455 aa  126  6e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.111815  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1159  PAS:GGDEF  52.85 
 
 		 748 aa  125  7e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6211  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  35.27 
 
 		 1061 aa  125  7e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.820077  normal  0.703655 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  51.22 
 
 		 1562 aa  125  9e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  46.32 
 
 		 425 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  32.61 
 
 		 930 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240133 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>