More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_2903 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_2903  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
400 aa  818    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.097748  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.85 
 
 
1965 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0167  signal transduction histidine kinase  47.48 
 
 
336 aa  145  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1888  PAS sensor protein  48.55 
 
 
326 aa  144  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0288  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.81 
 
 
884 aa  138  2e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3344  signal transduction histidine kinase  45.14 
 
 
336 aa  138  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0507  signal transduction histidine kinase  44.44 
 
 
336 aa  134  3e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.59 
 
 
424 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.5 
 
 
1562 aa  129  7.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  45.8 
 
 
418 aa  126  7e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  43.88 
 
 
425 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4276  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.76 
 
 
779 aa  123  7e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1348  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  43.51 
 
 
763 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.78 
 
 
448 aa  120  3e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0384  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.65 
 
 
1692 aa  120  3e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1159  PAS:GGDEF  42.86 
 
 
748 aa  119  7e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5571  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.14 
 
 
540 aa  119  7e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.982003  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.38 
 
 
1059 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.192885 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.13 
 
 
1568 aa  117  5e-25  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1833  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.36 
 
 
687 aa  115  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.73 
 
 
1238 aa  110  3e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.87 
 
 
778 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.260825 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.62 
 
 
905 aa  108  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.42 
 
 
416 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0462  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.16 
 
 
1138 aa  108  2e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.84915  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3503  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.57 
 
 
1101 aa  108  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.42 
 
 
416 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.77 
 
 
419 aa  108  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1217  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
1877 aa  107  4e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  38.73 
 
 
792 aa  107  5e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0973  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.66 
 
 
1064 aa  107  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.5 
 
 
1183 aa  106  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.543508  normal  0.654737 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 
1820 aa  106  6e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.5 
 
 
1183 aa  106  6e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1353  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.13 
 
 
1029 aa  106  9e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.283316  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.91 
 
 
569 aa  106  9e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1683  sensory box protein  38.03 
 
 
853 aa  105  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.85 
 
 
1021 aa  104  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.33 
 
 
1741 aa  103  5e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_003296  RS03712  hypothetical protein  33.5 
 
 
1178 aa  103  7e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.433519  normal  0.713314 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2351  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.71 
 
 
991 aa  102  9e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.248597  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1335  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.31 
 
 
920 aa  102  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0269119  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1326  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.42 
 
 
1002 aa  101  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.121951  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0317  bacterio-opsin activator  35.71 
 
 
680 aa  102  2e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.331726  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0896  signal transduction histidine kinase  29.71 
 
 
839 aa  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.335338  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01426  histidine kinase  42.5 
 
 
507 aa  101  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.643455  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2700  histidine kinase  39.2 
 
 
534 aa  100  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0483155  normal  0.0451896 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4262  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.75 
 
 
861 aa  100  6e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.1 
 
 
773 aa  99.8  8e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.76 
 
 
989 aa  99.8  9e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.52 
 
 
654 aa  99  1e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.03 
 
 
929 aa  99  1e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0662  putative PAS/PAC sensor protein  40.31 
 
 
644 aa  98.2  2e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3071  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.04 
 
 
1222 aa  98.6  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0997499 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  39.2 
 
 
541 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  39.2 
 
 
541 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.44 
 
 
1108 aa  98.2  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0221086  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2896  sensory box histidine kinase/response regulator  38.4 
 
 
534 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.287234  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0281  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.76 
 
 
836 aa  97.8  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0813035  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.71 
 
 
766 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3160  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.08 
 
 
389 aa  97.4  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.350023  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03166  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.87 
 
 
959 aa  97.1  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.58 
 
 
461 aa  97.1  5e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1859  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.52 
 
 
917 aa  97.1  5e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1772  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.84 
 
 
1169 aa  96.7  6e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.914739  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.76 
 
 
773 aa  97.1  6e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.021882 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2357  histidine kinase  33.11 
 
 
533 aa  96.7  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0826278 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  38.41 
 
 
581 aa  96.3  8e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.88 
 
 
971 aa  96.3  9e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00060546  normal  0.0976665 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  38.4 
 
 
539 aa  96.3  9e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1716  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.73 
 
 
1238 aa  96.3  9e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2754  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.1 
 
 
1275 aa  95.9  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.727357 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  39.51 
 
 
723 aa  95.9  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.14 
 
 
764 aa  95.9  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.210593  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3336  histidine kinase  41.27 
 
 
531 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0836  putative PAS/PAC sensor protein  30.17 
 
 
487 aa  95.9  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1949  sensory box protein  29 
 
 
654 aa  95.1  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.1 
 
 
481 aa  95.1  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2979  PAS sensor, serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit  27.31 
 
 
754 aa  95.1  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2195  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.71 
 
 
655 aa  95.1  2e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  37.6 
 
 
541 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2831  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.95 
 
 
1407 aa  94.7  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.160519  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3564  histidine kinase  37.6 
 
 
544 aa  93.6  6e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6719  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  30.1 
 
 
1037 aa  93.6  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.556524  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1426  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1079 aa  93.6  6e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.688315  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.11 
 
 
769 aa  93.6  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 
927 aa  92.8  9e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2369  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.7 
 
 
1146 aa  92.8  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.53 
 
 
481 aa  92.4  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.61 
 
 
1313 aa  92.4  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.33 
 
 
1061 aa  92  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.24 
 
 
853 aa  92.8  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.01 
 
 
1017 aa  92  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1825  putative PAS/PAC sensor protein  32.93 
 
 
642 aa  91.7  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000986123 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01583  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  36.49 
 
 
477 aa  92  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2394  putative PAS/PAC sensor protein  31.1 
 
 
642 aa  91.3  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0339768  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0876  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.42 
 
 
709 aa  92  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0730078  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3753  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.06 
 
 
913 aa  91.7  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0468324  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3006  PAS  33.75 
 
 
1560 aa  91.3  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.755684 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.9 
 
 
859 aa  90.9  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>