More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0007 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0007  signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 482 aa  966    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.489749  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0743  HWE histidine kinase  82.74 
 
 		 483 aa  783    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3982  hypothetical protein  46.75 
 
 		 478 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2544  Signal transduction histidine kinase  46.78 
 
 		 489 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3313  hypothetical protein  45.7 
 
 		 480 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.29262 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6552  signal transduction histidine kinase  34.26 
 
 		 489 aa  259  9e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0620  signal transduction histidine kinase  33.03 
 
 		 725 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2344  signal transduction histidine kinase  35.1 
 
 		 500 aa  164  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00211814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5776  putative PAS/PAC sensor protein  32.84 
 
 		 1160 aa  164  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.491611  normal  0.0137055 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6901  signal transduction histidine kinase  41.58 
 
 		 465 aa  162  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0707  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  33.14 
 
 		 1190 aa  160  4e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1881  PAS sensor protein  43.2 
 
 		 872 aa  155  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5922  signal transduction histidine kinase  41.58 
 
 		 346 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2090  signal transduction histidine kinase  32.3 
 
 		 372 aa  155  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4932  signal transduction histidine kinase  33.61 
 
 		 907 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.752686 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  41.46 
 
 		 759 aa  154  4e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0965  signal transduction histidine kinase  29.88 
 
 		 850 aa  153  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0358  signal transduction histidine kinase  27.99 
 
 		 602 aa  153  7e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0471  signal transduction histidine kinase  42.31 
 
 		 349 aa  152  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4495  signal transduction histidine kinase  42.63 
 
 		 571 aa  152  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3623  signal transduction histidine kinase  43.72 
 
 		 583 aa  151  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.173185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3300  PAS sensor protein  43.72 
 
 		 583 aa  151  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.928069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3090  signal transduction histidine kinase  39.55 
 
 		 575 aa  150  6e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0895303  normal  0.0359946 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3500  signal transduction histidine kinase  44.02 
 
 		 583 aa  150  6e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.319784  normal  0.0807687 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4278  putative PAS/PAC sensor protein  35.14 
 
 		 1027 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5905  signal transduction histidine kinase  39.27 
 
 		 601 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.584764  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5290  signal transduction histidine kinase  43.01 
 
 		 662 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.249657 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  37.56 
 
 		 842 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6531  signal transduction histidine kinase  40.1 
 
 		 344 aa  147  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.14349  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3662  alcohol dehydrogenase  31.05 
 
 		 733 aa  147  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.899908  normal  0.588935 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6933  signal transduction histidine kinase  33.65 
 
 		 488 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1333  signal transduction histidine kinase  41.09 
 
 		 346 aa  144  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0112868 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3344  signal transduction histidine kinase  36.64 
 
 		 336 aa  144  4e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5584  signal transduction histidine kinase  35.06 
 
 		 586 aa  144  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4605  MCP methyltransferase, CheR-type  35.68 
 
 		 1092 aa  143  6e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.315944  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3835  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  30.09 
 
 		 1167 aa  143  8e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2563  signal transduction histidine kinase  32.58 
 
 		 409 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0507  signal transduction histidine kinase  35.78 
 
 		 336 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0167  signal transduction histidine kinase  31.94 
 
 		 336 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4317  sensor histidine kinase  40.3 
 
 		 499 aa  141  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  39.39 
 
 		 846 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1944  signal transduction histidine kinase  29.49 
 
 		 507 aa  140  7e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0183597  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3834  signal transduction histidine kinase  35.47 
 
 		 728 aa  140  7e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.284621 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0079  signal transduction histidine kinase  37.06 
 
 		 639 aa  139  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464916 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1677  signal transduction histidine kinase  39.81 
 
 		 840 aa  139  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3105  PAS sensor protein  34.98 
 
 		 728 aa  139  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1390  signal transduction histidine kinase  36.16 
 
 		 484 aa  139  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38029 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  36.25 
 
 		 929 aa  139  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0678  two-component sensor histidine kinase  30.24 
 
 		 460 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.320332 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1888  PAS sensor protein  32.72 
 
 		 326 aa  138  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3978  signal transduction histidine kinase  38.35 
 
 		 577 aa  136  6.0000000000000005e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1700  signal transduction histidine kinase  33.94 
 
 		 339 aa  136  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.193151  normal  0.0718068 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  33.08 
 
 		 582 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0487  signal transduction histidine kinase  40.96 
 
 		 555 aa  135  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5560  signal transduction histidine kinase  32.71 
 
 		 341 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256684  normal  0.0162393 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  36.04 
 
 		 849 aa  134  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  29.29 
 
 		 503 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1984  signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 		 713 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3338  hypothetical protein  34.16 
 
 		 333 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.815822  normal  0.18159 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3739  MCP methyltransferase, CheR-type  34.43 
 
 		 1045 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1074  signal transduction histidine kinase  34.84 
 
 		 481 aa  132  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255381  normal  0.984755 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  36.04 
 
 		 856 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1241  signal transduction histidine kinase  38.97 
 
 		 631 aa  132  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0246477 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2666  signal transduction histidine kinase  26.76 
 
 		 446 aa  131  3e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653198  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3126  signal transduction histidine kinase  37.14 
 
 		 352 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1301  signal transduction histidine kinase  37.56 
 
 		 588 aa  130  7.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1628  sensor histidine protein kinase  30.74 
 
 		 332 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.560713  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  35.53 
 
 		 844 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1395  signal transduction histidine kinase  38.05 
 
 		 304 aa  129  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.695001  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5235  signal transduction histidine kinase  37.56 
 
 		 571 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.878632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0741  Signal transduction histidine kinase  35.11 
 
 		 498 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4109  signal transduction histidine kinase  39.22 
 
 		 384 aa  126  7e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0421223  normal  0.437508 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0218  signal transduction histidine kinase  27.83 
 
 		 867 aa  126  7e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.269004 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1337  signal transduction histidine kinase  37.69 
 
 		 356 aa  126  8.000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.552854 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2264  putative PAS/PAC sensor protein  38.42 
 
 		 1165 aa  126  9e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.620072  normal  0.0600346 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5262  signal transduction histidine kinase  31.1 
 
 		 338 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2229  methylesterase CheB/methylase CheR  37.89 
 
 		 1170 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.840236  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0905  putative PAS/PAC sensor protein  38.74 
 
 		 1170 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.968727 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0801  signal transduction histidine kinase  32.51 
 
 		 488 aa  124  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.185769  normal  0.110715 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1069  signal transduction histidine kinase  36.08 
 
 		 387 aa  124  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.591232 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0827  signal transduction histidine kinase  35.05 
 
 		 512 aa  124  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  36.87 
 
 		 847 aa  124  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  36.87 
 
 		 847 aa  123  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  36.36 
 
 		 847 aa  123  7e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3264  HWE histidine kinase  34.15 
 
 		 261 aa  123  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00440778 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2022  PAS sensor protein  37.04 
 
 		 717 aa  123  8e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5539  signal transduction histidine kinase  41.24 
 
 		 677 aa  123  8e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01099  bacteriophytochrome protein  37 
 
 		 822 aa  123  9e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.506628  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2299  signal transduction histidine kinase  37.04 
 
 		 713 aa  123  9e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.924903  normal  0.101705 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  35.89 
 
 		 930 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0875  PAS sensor protein  33 
 
 		 488 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.111744 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5515  hypothetical protein  29.6 
 
 		 703 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5219  signal transduction histidine kinase  36.89 
 
 		 512 aa  122  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.673975 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  38.07 
 
 		 844 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6181  signal transduction histidine kinase  39.9 
 
 		 1191 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.299797 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0835  signal transduction histidine kinase  33 
 
 		 488 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5593  two component sensor kinase  34.32 
 
 		 352 aa  121  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  40.29 
 
 		 1016 aa  121  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1753  sensor histidine kinase  36.36 
 
 		 364 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.405521 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4271  histidine kinase  27.31 
 
 		 692 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.0625064 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>