293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4209 on replicon NC_007959
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007959  Nham_4209  signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 631 aa  1283    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3802  signal transduction histidine kinase  86.78 
 
 		 574 aa  936    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.560077  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2518  diguanylate cyclase  30.29 
 
 		 500 aa  125  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.784165 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4618  signal transduction histidine kinase  39.44 
 
 		 454 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.723174  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1213  signal transduction histidine kinase  34.76 
 
 		 603 aa  120  7e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4430  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  38.24 
 
 		 1158 aa  118  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5742  signal transduction histidine kinase  31.03 
 
 		 398 aa  118  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0310  MCP methyltransferase, CheR-type  33.66 
 
 		 1149 aa  117  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.512157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3974  signal transduction histidine kinase  32.73 
 
 		 635 aa  107  8e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0272817 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1483  signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 391 aa  107  8e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9007  two component sensor kinase  32.37 
 
 		 359 aa  107  9e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5012  putative sensory transduction histidine kinase  35.64 
 
 		 333 aa  104  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.235153  normal  0.174809 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4781  signal transduction histidine kinase  33.18 
 
 		 356 aa  103  8e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  32.41 
 
 		 469 aa  103  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  27.39 
 
 		 460 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  30.93 
 
 		 469 aa  100  8e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 482 aa  99.4  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0371  putative signal transduction histidine kinase  33.18 
 
 		 325 aa  97.8  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2768  signal transduction histidine kinase  34.67 
 
 		 333 aa  96.3  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000214374 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0574  signal transduction histidine kinase  32.83 
 
 		 435 aa  93.2  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6181  signal transduction histidine kinase  35.44 
 
 		 1191 aa  92.8  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.299797 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  33.49 
 
 		 852 aa  92.4  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  35 
 
 		 846 aa  92  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6552  signal transduction histidine kinase  31.72 
 
 		 489 aa  92  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6901  signal transduction histidine kinase  28.37 
 
 		 465 aa  90.9  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  30.23 
 
 		 929 aa  90.5  8e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  28.51 
 
 		 849 aa  90.1  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5922  signal transduction histidine kinase  28.91 
 
 		 346 aa  89.4  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0487  signal transduction histidine kinase  29.05 
 
 		 555 aa  88.2  4e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4109  signal transduction histidine kinase  29.91 
 
 		 384 aa  87.8  6e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0421223  normal  0.437508 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6531  signal transduction histidine kinase  28.44 
 
 		 344 aa  87  9e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.14349  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3478  diguanylate cyclase  29.32 
 
 		 496 aa  86.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.289854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5515  hypothetical protein  33.17 
 
 		 703 aa  86.7  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  32.47 
 
 		 402 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5729  signal transduction histidine kinase  31.91 
 
 		 352 aa  85.5  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7680  hypothetical protein  27.91 
 
 		 320 aa  84.7  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3978  signal transduction histidine kinase  33.01 
 
 		 577 aa  84.7  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1301  signal transduction histidine kinase  30.28 
 
 		 588 aa  84.3  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3818  signal transduction histidine kinase  34.63 
 
 		 333 aa  84.3  0.000000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.883776  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3982  hypothetical protein  30.62 
 
 		 478 aa  84  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0180  signal transduction histidine kinase  28.15 
 
 		 380 aa  84  0.000000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012775  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  30.84 
 
 		 844 aa  84  0.000000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01099  bacteriophytochrome protein  29.11 
 
 		 822 aa  84  0.000000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.506628  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2563  signal transduction histidine kinase  27.31 
 
 		 409 aa  84  0.000000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0471  signal transduction histidine kinase  30.23 
 
 		 349 aa  83.6  0.000000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2344  signal transduction histidine kinase  30.69 
 
 		 500 aa  83.6  0.000000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00211814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2090  signal transduction histidine kinase  30.21 
 
 		 372 aa  83.2  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4826  signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 553 aa  83.2  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.788722  normal  0.27838 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1628  sensor histidine protein kinase  28.44 
 
 		 332 aa  82.8  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.560713  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2070  signal transduction histidine kinase  29.11 
 
 		 358 aa  82.4  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.315094  normal  0.359428 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5756  signal transduction histidine kinase  32.18 
 
 		 347 aa  82  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.170851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1753  sensor histidine kinase  28.32 
 
 		 364 aa  82  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.405521 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5290  signal transduction histidine kinase  28.24 
 
 		 662 aa  81.3  0.00000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.249657 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3264  HWE histidine kinase  30.09 
 
 		 261 aa  81.3  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00440778 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0743  HWE histidine kinase  29.49 
 
 		 483 aa  80.9  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0950  Signal transduction histidine kinase protein  29.6 
 
 		 334 aa  80.9  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29493  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0007  signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 		 482 aa  80.9  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.489749  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5263  hypothetical protein  28.77 
 
 		 345 aa  80.9  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5005  signal transduction histidine kinase  29.67 
 
 		 334 aa  80.5  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.6624  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2176  putative signal transduction histidine kinase  28.96 
 
 		 411 aa  80.5  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0559  HWE histidine kinase  32.51 
 
 		 337 aa  80.1  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.690554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3300  PAS sensor protein  29.13 
 
 		 583 aa  80.1  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.928069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3623  signal transduction histidine kinase  29.13 
 
 		 583 aa  80.1  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.173185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0905  putative PAS/PAC sensor protein  28.57 
 
 		 1170 aa  79.7  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.968727 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5593  two component sensor kinase  32.26 
 
 		 352 aa  80.1  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1700  signal transduction histidine kinase  27.1 
 
 		 339 aa  79.3  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.193151  normal  0.0718068 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1338  diguanylate cyclase  27.04 
 
 		 469 aa  79.3  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0898942  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  33.8 
 
 		 844 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3500  signal transduction histidine kinase  28.29 
 
 		 583 aa  78.6  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.319784  normal  0.0807687 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2229  methylesterase CheB/methylase CheR  28.1 
 
 		 1170 aa  79  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.840236  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0615  signal transduction histidine kinase  29.06 
 
 		 258 aa  78.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0707  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  25.3 
 
 		 1190 aa  78.6  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5235  signal transduction histidine kinase  29.67 
 
 		 571 aa  79  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.878632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3662  alcohol dehydrogenase  28.23 
 
 		 733 aa  78.6  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.899908  normal  0.588935 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  35.19 
 
 		 847 aa  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1333  signal transduction histidine kinase  27.49 
 
 		 346 aa  78.2  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0112868 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0741  signal transduction histidine kinase  27.56 
 
 		 356 aa  77.8  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3126  signal transduction histidine kinase  29.33 
 
 		 352 aa  78.2  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3000  signal transduction histidine kinase  30.73 
 
 		 495 aa  78.2  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.262442 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  35.19 
 
 		 847 aa  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5905  signal transduction histidine kinase  27.31 
 
 		 601 aa  77.8  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.584764  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3819  signal transduction histidine kinase  28.81 
 
 		 318 aa  77.4  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2030  putative sensor histidine kinase  28.89 
 
 		 313 aa  77.4  0.0000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3297  hypothetical protein  28.96 
 
 		 360 aa  77  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.747205  normal  0.456251 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2160  signal transduction histidine kinase  28.72 
 
 		 263 aa  76.6  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.31354  normal  0.0264622 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6450  signal transduction histidine kinase  28.18 
 
 		 635 aa  76.6  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1677  signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 840 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2607  signal transduction histidine kinase  28.64 
 
 		 489 aa  75.9  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2264  putative PAS/PAC sensor protein  27.96 
 
 		 1165 aa  76.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.620072  normal  0.0600346 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2135  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  27.08 
 
 		 472 aa  75.1  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.329432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4495  signal transduction histidine kinase  27.4 
 
 		 571 aa  75.5  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4317  sensor histidine kinase  32.38 
 
 		 499 aa  75.5  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5589  sensor histidine kinase  26.92 
 
 		 632 aa  75.1  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  32.24 
 
 		 847 aa  74.7  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1650  diguanylate cyclase  26.91 
 
 		 472 aa  75.1  0.000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1881  PAS sensor protein  25.28 
 
 		 872 aa  74.7  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1984  signal transduction histidine kinase  28.05 
 
 		 713 aa  74.7  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  27.8 
 
 		 930 aa  74.7  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0554  sensory box protein  24.64 
 
 		 463 aa  74.7  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1635  signal transduction histidine kinase  29.15 
 
 		 362 aa  74.3  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.466466  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>