More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2709 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2709  D-nopaline dehydrogenase  100 
 
 		 364 aa  734    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.933901  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000037  nopaline dehydrogenase putative  51.57 
 
 		 365 aa  353  2e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6003  FAD dependent oxidoreductase  48.06 
 
 		 385 aa  333  3e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.108074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2706  putative FAD dependent oxidoreductase  45.85 
 
 		 378 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.384664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4376  FAD dependent oxidoreductase  46.81 
 
 		 383 aa  311  1e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1893  FAD dependent oxidoreductase  45.27 
 
 		 378 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0219464  normal  0.437636 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4423  FAD dependent oxidoreductase  46.02 
 
 		 372 aa  303  3.0000000000000004e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7053  FAD dependent oxidoreductase  44.41 
 
 		 378 aa  300  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.480008 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0573  FAD dependent oxidoreductase  42.42 
 
 		 390 aa  300  4e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4400  FAD dependent oxidoreductase  43.06 
 
 		 371 aa  296  5e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4416  FAD dependent oxidoreductase  44.63 
 
 		 378 aa  295  1e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.426575  normal  0.912547 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8303  D-nopaline dehydrogenase  43.91 
 
 		 356 aa  291  2e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.039629  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6548  FAD dependent oxidoreductase  41.14 
 
 		 374 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490591  normal  0.300453 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5700  FAD dependent oxidoreductase  41.36 
 
 		 374 aa  285  7e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6064  FAD dependent oxidoreductase  41.36 
 
 		 374 aa  285  7e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5994  FAD dependent oxidoreductase  41.71 
 
 		 374 aa  279  5e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57246  normal  0.360329 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0204  FAD dependent oxidoreductase  41.62 
 
 		 385 aa  264  2e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.338423  normal  0.590226 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1933  FAD dependent oxidoreductase  42.06 
 
 		 369 aa  264  2e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1170  putative FAD dependent oxidoreductase  40.77 
 
 		 367 aa  263  4e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4457  nopaline dehydrogenase, putative  37.13 
 
 		 375 aa  246  4e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000050216 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1839  FAD dependent oxidoreductase  39.39 
 
 		 376 aa  243  3e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.672748  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4343  FAD dependent oxidoreductase  37.26 
 
 		 375 aa  242  7.999999999999999e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.290425  normal  0.660783 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1833  opine oxidase subunit B  39.84 
 
 		 378 aa  238  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.510651 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8321  D-nopaline dehydrogenase  36.44 
 
 		 380 aa  232  8.000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.869573  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4936  FAD dependent oxidoreductase  38.87 
 
 		 371 aa  224  2e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0618076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2099  glycine oxidase ThiO  29.84 
 
 		 374 aa  125  2e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.119028  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3942  FAD dependent oxidoreductase  27.78 
 
 		 385 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.741631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1751  FAD dependent oxidoreductase  26.19 
 
 		 382 aa  108  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.18751 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0303  FAD dependent oxidoreductase  27.78 
 
 		 376 aa  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1686  FAD dependent oxidoreductase  26.08 
 
 		 401 aa  106  6e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.470832  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3210  FAD dependent oxidoreductase  27.3 
 
 		 378 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.2962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0884  FAD dependent oxidoreductase  28.84 
 
 		 377 aa  105  9e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3101  hydrogen cyanide synthase HcnC  25.8 
 
 		 417 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.124285  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36310  hydrogen cyanide synthase HcnC  25.98 
 
 		 417 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.134451 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4894  FAD dependent oxidoreductase  28.27 
 
 		 397 aa  102  7e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0928  FAD dependent oxidoreductase  28.5 
 
 		 383 aa  102  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.559929 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3400  FAD dependent oxidoreductase  26.77 
 
 		 394 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0126015  normal  0.687523 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4107  FAD dependent oxidoreductase  26.8 
 
 		 393 aa  99.4  9e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0968917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0918  FAD dependent oxidoreductase  28.42 
 
 		 960 aa  98.2  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6006  FAD dependent oxidoreductase  28.34 
 
 		 386 aa  98.2  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0462  glycine oxidase  27.69 
 
 		 378 aa  98.2  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3636  FAD dependent oxidoreductase  27.7 
 
 		 394 aa  98.2  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.295113  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1890  FAD dependent oxidoreductase  26.61 
 
 		 390 aa  97.8  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.125592  normal  0.229246 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5605  FAD dependent oxidoreductase  26.61 
 
 		 984 aa  97.1  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1866  putative D-amino acid oxidase  29.13 
 
 		 368 aa  97.1  5e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0082  FAD dependent oxidoreductase  25.71 
 
 		 393 aa  96.3  8e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3514  FAD dependent oxidoreductase  25.25 
 
 		 419 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.137187  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2330  FAD dependent oxidoreductase  27.61 
 
 		 394 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00484515  normal  0.869499 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4733  FAD dependent oxidoreductase  26.49 
 
 		 383 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.233714  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3630  FAD dependent oxidoreductase  26.49 
 
 		 383 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.508922 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7056  FAD dependent oxidoreductase  26.47 
 
 		 393 aa  95.1  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.370606 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0964  glycine oxidase ThiO  25.07 
 
 		 361 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0437682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4544  glycine oxidase ThiO  24.36 
 
 		 369 aa  94.4  3e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.569361 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0721  FAD dependent oxidoreductase  26.42 
 
 		 983 aa  94.4  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0884  glycine oxidase ThiO  24.16 
 
 		 369 aa  94  4e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00117191  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2933  glycine oxidase ThiO  24.03 
 
 		 371 aa  93.6  4e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.789116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3033  glycine oxidase ThiO  25.99 
 
 		 382 aa  93.6  5e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000572882  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0787  glycine oxidase ThiO  24.08 
 
 		 369 aa  93.6  5e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.564699  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0800  glycine oxidase  23.88 
 
 		 369 aa  93.2  6e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0696  glycine oxidase  23.23 
 
 		 369 aa  93.2  6e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0730  glycine oxidase  23.23 
 
 		 369 aa  93.2  6e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1475  FAD dependent oxidoreductase  27.98 
 
 		 500 aa  93.2  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0151  FAD dependent oxidoreductase  26.27 
 
 		 389 aa  92.8  9e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0255  oxidoreductase, FAD-binding protein  25.71 
 
 		 384 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0640  glycine oxidase  23.23 
 
 		 369 aa  91.3  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0116  D-amino-acid dehydrogenase  25.78 
 
 		 416 aa  92  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.658269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2939  FAD dependent oxidoreductase  27.3 
 
 		 378 aa  91.7  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1379  FAD dependent oxidoreductase  27.98 
 
 		 500 aa  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.258536  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2709  hypothetical protein  25.81 
 
 		 390 aa  92  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.9016 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0807  glycine oxidase ThiO  23.23 
 
 		 369 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.35515e-47 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2479  FAD dependent oxidoreductase  27.98 
 
 		 496 aa  90.9  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.113272  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4373  FAD dependent oxidoreductase  27.47 
 
 		 385 aa  90.9  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0646  glycine oxidase ThiO  23.94 
 
 		 369 aa  90.9  3e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5919  FAD dependent oxidoreductase  25.63 
 
 		 398 aa  90.9  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000776638  normal  0.0692698 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0746  putative oxidoreductase  28.3 
 
 		 375 aa  90.5  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47850  hypothetical protein  26.32 
 
 		 371 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000392863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1568  glycine oxidase ThiO  31.35 
 
 		 652 aa  90.1  6e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.272773 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0595  FAD dependent oxidoreductase  25.2 
 
 		 390 aa  89.7  7e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.140462  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0640  glycine oxidase  23.23 
 
 		 369 aa  89.4  8e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2072  FAD dependent oxidoreductase  27.34 
 
 		 392 aa  89.4  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2783  glycine oxidase ThiO  28.9 
 
 		 372 aa  87.8  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.256999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0753  FAD dependent oxidoreductase  27.7 
 
 		 384 aa  87  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0207  FAD dependent oxidoreductase  27.05 
 
 		 388 aa  87  5e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.654488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1388  FAD dependent oxidoreductase  26.32 
 
 		 492 aa  86.7  6e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.569106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0494  glycine oxidase ThiO  24.46 
 
 		 375 aa  86.3  7e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0900  FAD dependent oxidoreductase  24.23 
 
 		 417 aa  86.7  7e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0284  glycine oxidase ThiO  27.44 
 
 		 367 aa  86.3  7e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00610276 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2172  FAD dependent oxidoreductase  26.74 
 
 		 380 aa  85.9  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4123  hypothetical protein  26.25 
 
 		 371 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00603105  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4426  FAD dependent oxidoreductase  27.39 
 
 		 375 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.767277 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0271  FAD dependent oxidoreductase  23.97 
 
 		 373 aa  84  0.000000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4274  FAD dependent oxidoreductase  23.37 
 
 		 418 aa  84  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0139  glycine oxidase ThiO  28.23 
 
 		 376 aa  83.6  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0781  putative FAD dependent oxidoreductase  26.6 
 
 		 391 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.740851 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0817  oxidoreductase, FAD-binding protein  24.79 
 
 		 367 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1730  FAD dependent oxidoreductase  23.79 
 
 		 382 aa  83.2  0.000000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11880  FAD-dependent glycine oxidase  24.07 
 
 		 363 aa  82.8  0.000000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274663  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2223  glycine oxidase ThiO  27.32 
 
 		 401 aa  82  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.210224 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3888  glycine oxidase ThiO  26.97 
 
 		 385 aa  82  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0617  glycine oxidase ThiO  23.01 
 
 		 369 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>