More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1866 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1866  putative D-amino acid oxidase  100 
 
 		 368 aa  734    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2723  FAD dependent oxidoreductase  43.49 
 
 		 378 aa  279  7e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3234  glycine oxidase ThiO  45.1 
 
 		 372 aa  276  5e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2269  FAD dependent oxidoreductase  45.79 
 
 		 376 aa  272  7e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0964  glycine oxidase ThiO  42.58 
 
 		 361 aa  262  8e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0437682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0801  glycine oxidase ThiO  44.48 
 
 		 367 aa  262  8e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0494  glycine oxidase ThiO  42.94 
 
 		 375 aa  261  1e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0721  FAD dependent oxidoreductase  41.53 
 
 		 367 aa  253  3e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1624  FAD dependent oxidoreductase  41.64 
 
 		 363 aa  253  4.0000000000000004e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.909673  hitchhiker  0.0000164974 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1956  oxidoreductase, FAD-binding  41.64 
 
 		 363 aa  253  4.0000000000000004e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.034563  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0817  oxidoreductase, FAD-binding protein  41.79 
 
 		 367 aa  251  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4550  glycine oxidase ThiO  42.82 
 
 		 365 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.387961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4841  FAD dependent oxidoreductase  42.73 
 
 		 366 aa  250  3e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.388467  normal  0.730703 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0612  FAD dependent oxidoreductase  42.07 
 
 		 365 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0652  FAD dependent oxidoreductase  42.07 
 
 		 365 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.139028  normal  0.321624 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60270  putative glycine/D-amino acid oxidases  42.9 
 
 		 364 aa  249  6e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000302001 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5188  glycine oxidase ThiO  42.29 
 
 		 404 aa  248  9e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11880  FAD-dependent glycine oxidase  43.42 
 
 		 363 aa  248  1e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274663  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2715  oxidoreductase, FAD-binding  43.5 
 
 		 361 aa  245  9e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.725073  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0658  FAD dependent oxidoreductase  41.79 
 
 		 365 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0136  FAD dependent oxidoreductase  38.84 
 
 		 361 aa  233  5e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2172  FAD dependent oxidoreductase  33.25 
 
 		 380 aa  177  3e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2406  FAD dependent oxidoreductase  35.63 
 
 		 379 aa  166  6.9999999999999995e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.000101651  normal  0.0131925 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0139  glycine oxidase ThiO  33.79 
 
 		 376 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2099  glycine oxidase ThiO  33.43 
 
 		 374 aa  156  7e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.119028  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1735  glycine oxidase ThiO  32.13 
 
 		 368 aa  155  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1568  glycine oxidase ThiO  33.33 
 
 		 652 aa  152  7e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.272773 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0750  glycine oxidase ThiO  29.78 
 
 		 365 aa  152  1e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0284  glycine oxidase ThiO  30.54 
 
 		 367 aa  152  1e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00610276 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2933  glycine oxidase ThiO  31.1 
 
 		 371 aa  146  6e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.789116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0616  glycine oxidase ThiO  33.97 
 
 		 411 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.121955 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3033  glycine oxidase ThiO  33.78 
 
 		 382 aa  144  3e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000572882  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0146  glycine oxidase ThiO  34.34 
 
 		 376 aa  144  4e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.473112  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0143  glycine oxidase ThiO  32.8 
 
 		 375 aa  142  7e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.23525 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0577  glycine oxidase ThiO  35.91 
 
 		 405 aa  142  9e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0605  glycine oxidase ThiO  34.07 
 
 		 440 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.14254  normal  0.0463062 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5036  glycine oxidase ThiO  33.61 
 
 		 360 aa  139  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0157  glycine oxidase ThiO  33.79 
 
 		 376 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4109  glycine oxidase ThiO  32.84 
 
 		 666 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0646  glycine oxidase ThiO  26.86 
 
 		 369 aa  139  1e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2483  glycine oxidase ThiO  35.23 
 
 		 385 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.168852  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2223  glycine oxidase ThiO  33.61 
 
 		 401 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.210224 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0696  glycine oxidase  26.29 
 
 		 369 aa  137  4e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0730  glycine oxidase  26.29 
 
 		 369 aa  137  4e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4149  glycine oxidase ThiO  32.84 
 
 		 666 aa  136  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.572473 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0884  glycine oxidase ThiO  26.29 
 
 		 369 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00117191  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0800  glycine oxidase  25.86 
 
 		 369 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0640  glycine oxidase  26.15 
 
 		 369 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0787  glycine oxidase ThiO  25.71 
 
 		 369 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.564699  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0640  glycine oxidase  26.27 
 
 		 369 aa  134  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0807  glycine oxidase ThiO  26.14 
 
 		 369 aa  134  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.35515e-47 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4544  glycine oxidase ThiO  26 
 
 		 369 aa  134  3e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.569361 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2498  putative thiamine biosynthesis oxidoreductase  31.25 
 
 		 355 aa  131  2.0000000000000002e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.373577  normal  0.49294 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0462  glycine oxidase  30.87 
 
 		 378 aa  130  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0617  glycine oxidase ThiO  25 
 
 		 369 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6771  glycine oxidase ThiO  33.53 
 
 		 410 aa  126  6e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0989  glycine oxidase ThiO  33.05 
 
 		 404 aa  125  9e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.136129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3219  thiazole synthase  31.09 
 
 		 652 aa  122  9.999999999999999e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28291  putative thiamine biosynthesis oxidoreductase  31.74 
 
 		 371 aa  122  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2783  glycine oxidase ThiO  32.76 
 
 		 372 aa  120  3.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.256999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4885  glycine oxidase ThiO  34.31 
 
 		 384 aa  119  9.999999999999999e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7518  glycine oxidase ThiO  31.43 
 
 		 402 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.316675  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4797  glycine oxidase ThiO  30.46 
 
 		 684 aa  119  9.999999999999999e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.937607  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1415  glycine oxidase ThiO  28.53 
 
 		 377 aa  117  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00541  putative thiamine biosynthesis oxidoreductase  28.42 
 
 		 367 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0773  glycine oxidase ThiO  30.6 
 
 		 392 aa  114  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.194429 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2170  aromatic-ring hydroxylase  31.01 
 
 		 371 aa  113  4.0000000000000004e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1380  glycine/D-amino acid oxidase family protein  27.16 
 
 		 367 aa  113  5e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_31544  predicted protein  29.7 
 
 		 1033 aa  112  8.000000000000001e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0964  glycine oxidase ThiO  30.75 
 
 		 373 aa  112  9e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00611  putative thiamine biosynthesis oxidoreductase  27.16 
 
 		 367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.741936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36310  hydrogen cyanide synthase HcnC  34.72 
 
 		 417 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.134451 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1324  FAD dependent oxidoreductase  30.13 
 
 		 375 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0048  putative thiamine biosynthesis oxidoreductase  27.62 
 
 		 369 aa  109  9.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00501  putative thiamine biosynthesis oxidoreductase  27.87 
 
 		 369 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3101  hydrogen cyanide synthase HcnC  32.42 
 
 		 417 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.124285  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2363  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.05 
 
 		 432 aa  107  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.28713  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0912  glycine oxidase ThiO  30.92 
 
 		 349 aa  107  4e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.970325  normal  0.149805 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.91 
 
 		 429 aa  106  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.835424 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0765  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.93 
 
 		 428 aa  106  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.555163 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  34.51 
 
 		 415 aa  105  8e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3514  FAD dependent oxidoreductase  33.02 
 
 		 419 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.137187  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2982  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.49 
 
 		 428 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00652065 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00481  putative thiamine biosynthesis oxidoreductase  26.32 
 
 		 369 aa  105  1e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.254103  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5997  glycine oxidase ThiO  29.78 
 
 		 388 aa  104  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.217156 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3888  glycine oxidase ThiO  31.13 
 
 		 385 aa  104  2e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.18 
 
 		 416 aa  105  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.68 
 
 		 434 aa  103  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01910  D-amino acid dehydrogenase subunit  29.22 
 
 		 416 aa  103  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.492063  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.68 
 
 		 434 aa  103  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1340  glycine oxidase ThiO  29.15 
 
 		 375 aa  103  4e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.55181  hitchhiker  0.0035061 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0944  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.42 
 
 		 428 aa  103  7e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0940  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.42 
 
 		 428 aa  103  7e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.42 
 
 		 428 aa  102  8e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.15 
 
 		 432 aa  102  8e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.15 
 
 		 432 aa  102  9e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  26.15 
 
 		 432 aa  102  9e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.15 
 
 		 432 aa  102  9e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  26.15 
 
 		 432 aa  102  9e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.15 
 
 		 432 aa  102  9e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>