More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8303 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8303  D-nopaline dehydrogenase  100 
 
 		 356 aa  732    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.039629  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0204  FAD dependent oxidoreductase  52.94 
 
 		 385 aa  349  4e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.338423  normal  0.590226 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6003  FAD dependent oxidoreductase  49.86 
 
 		 385 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.108074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2706  putative FAD dependent oxidoreductase  49 
 
 		 378 aa  339  5e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.384664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7053  FAD dependent oxidoreductase  48.86 
 
 		 378 aa  334  1e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.480008 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1893  FAD dependent oxidoreductase  48.71 
 
 		 378 aa  334  1e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0219464  normal  0.437636 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4423  FAD dependent oxidoreductase  48.42 
 
 		 372 aa  323  3e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1839  FAD dependent oxidoreductase  49.14 
 
 		 376 aa  318  7.999999999999999e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.672748  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4400  FAD dependent oxidoreductase  46.42 
 
 		 371 aa  317  1e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1933  FAD dependent oxidoreductase  48.28 
 
 		 369 aa  317  2e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4376  FAD dependent oxidoreductase  45.56 
 
 		 383 aa  317  3e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1833  opine oxidase subunit B  46.86 
 
 		 378 aa  314  1.9999999999999998e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.510651 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4416  FAD dependent oxidoreductase  48.24 
 
 		 378 aa  311  9e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.426575  normal  0.912547 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0573  FAD dependent oxidoreductase  47.03 
 
 		 390 aa  308  6.999999999999999e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6548  FAD dependent oxidoreductase  45.27 
 
 		 374 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490591  normal  0.300453 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5700  FAD dependent oxidoreductase  44.99 
 
 		 374 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6064  FAD dependent oxidoreductase  44.99 
 
 		 374 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1170  putative FAD dependent oxidoreductase  46.13 
 
 		 367 aa  297  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000037  nopaline dehydrogenase putative  43.27 
 
 		 365 aa  293  3e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2709  D-nopaline dehydrogenase  43.91 
 
 		 364 aa  291  1e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.933901  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4457  nopaline dehydrogenase, putative  42.45 
 
 		 375 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000050216 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5994  FAD dependent oxidoreductase  44.73 
 
 		 374 aa  278  1e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57246  normal  0.360329 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4343  FAD dependent oxidoreductase  39.89 
 
 		 375 aa  268  1e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.290425  normal  0.660783 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4936  FAD dependent oxidoreductase  43.7 
 
 		 371 aa  256  4e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0618076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8321  D-nopaline dehydrogenase  37.01 
 
 		 380 aa  240  2.9999999999999997e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.869573  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0082  FAD dependent oxidoreductase  30.12 
 
 		 393 aa  113  5e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2847  putative glycine oxidase  24.46 
 
 		 330 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0255303  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0271  FAD dependent oxidoreductase  28.86 
 
 		 373 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2446  putative glycine oxidase  23.3 
 
 		 391 aa  109  6e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.602268  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2560  sarcosine oxidase, beta subunit  23.1 
 
 		 391 aa  108  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2886  putative glycine oxidase  23.1 
 
 		 391 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.8732  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2638  FAD dependent oxidoreductase  23.36 
 
 		 391 aa  108  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.071101  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2595  sarcosine oxidase, beta subunit  23.1 
 
 		 391 aa  107  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0595  FAD dependent oxidoreductase  28.75 
 
 		 390 aa  106  5e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.140462  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2644  glycine oxidase  22.37 
 
 		 391 aa  106  6e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.746701  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2835  glycine oxidase  22.37 
 
 		 391 aa  106  6e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0387982  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2841  putative glycine oxidase  22.83 
 
 		 391 aa  105  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000111292 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3514  FAD dependent oxidoreductase  28.35 
 
 		 419 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.137187  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31600  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  29.01 
 
 		 389 aa  103  6e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0139  glycine oxidase ThiO  29.48 
 
 		 376 aa  100  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3101  hydrogen cyanide synthase HcnC  27.99 
 
 		 417 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.124285  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36310  hydrogen cyanide synthase HcnC  26.79 
 
 		 417 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.134451 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0274  FAD dependent oxidoreductase  26.62 
 
 		 381 aa  98.6  1e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5605  FAD dependent oxidoreductase  26.01 
 
 		 984 aa  99  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0721  FAD dependent oxidoreductase  24.93 
 
 		 983 aa  97.8  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7518  glycine oxidase ThiO  27.88 
 
 		 402 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.316675  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5919  FAD dependent oxidoreductase  26.79 
 
 		 398 aa  95.1  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000776638  normal  0.0692698 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6771  glycine oxidase ThiO  27.16 
 
 		 410 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1501  FAD dependent oxidoreductase  25.79 
 
 		 389 aa  94  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.190283  normal  0.0251893 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4107  FAD dependent oxidoreductase  27.2 
 
 		 393 aa  94  4e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0968917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6532  FAD dependent oxidoreductase  26.36 
 
 		 374 aa  93.2  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.330707  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2864  glycine oxidase, putative  22.63 
 
 		 375 aa  92.4  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.137573  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0918  FAD dependent oxidoreductase  27.52 
 
 		 960 aa  92.4  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3033  glycine oxidase ThiO  26.73 
 
 		 382 aa  91.3  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000572882  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4109  glycine oxidase ThiO  26.67 
 
 		 666 aa  91.3  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4833  FAD dependent oxidoreductase  25.97 
 
 		 385 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.866256 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0143  glycine oxidase ThiO  28.69 
 
 		 375 aa  90.5  5e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.23525 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0964  glycine oxidase ThiO  27.13 
 
 		 361 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0437682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6084  FAD dependent oxidoreductase  24.47 
 
 		 389 aa  89.4  8e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.793169 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6585  FAD dependent oxidoreductase  25.8 
 
 		 389 aa  89.4  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.19426 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7056  FAD dependent oxidoreductase  25.99 
 
 		 393 aa  89  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.370606 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0928  FAD dependent oxidoreductase  29.34 
 
 		 383 aa  89  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.559929 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4149  glycine oxidase ThiO  26.67 
 
 		 666 aa  89  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.572473 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1686  FAD dependent oxidoreductase  27.24 
 
 		 401 aa  88.6  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.470832  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0284  glycine oxidase ThiO  23.19 
 
 		 367 aa  88.6  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00610276 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5037  FAD dependent oxidoreductase  26.97 
 
 		 360 aa  87.8  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.484973 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3636  FAD dependent oxidoreductase  23.48 
 
 		 394 aa  87.4  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.295113  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4726  FAD dependent oxidoreductase  28.25 
 
 		 389 aa  86.7  6e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1730  FAD dependent oxidoreductase  27.78 
 
 		 382 aa  86.3  7e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11880  FAD-dependent glycine oxidase  26.44 
 
 		 363 aa  85.9  9e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274663  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1568  glycine oxidase ThiO  23.98 
 
 		 652 aa  84.7  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.272773 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0652  FAD dependent oxidoreductase  25.68 
 
 		 365 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.139028  normal  0.321624 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2256  D-amino acid dehydrogenase small subunit  25.35 
 
 		 428 aa  85.1  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000681381  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6006  FAD dependent oxidoreductase  24.52 
 
 		 386 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0787  glycine oxidase ThiO  22.82 
 
 		 369 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.564699  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2072  FAD dependent oxidoreductase  25.77 
 
 		 392 aa  84.3  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1751  FAD dependent oxidoreductase  24.86 
 
 		 382 aa  84  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.18751 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1866  putative D-amino acid oxidase  33.64 
 
 		 368 aa  84  0.000000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4373  FAD dependent oxidoreductase  25.48 
 
 		 385 aa  83.6  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0207  FAD dependent oxidoreductase  26.7 
 
 		 388 aa  83.6  0.000000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.654488  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0612  FAD dependent oxidoreductase  25.68 
 
 		 365 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4123  hypothetical protein  26.24 
 
 		 371 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00603105  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3400  FAD dependent oxidoreductase  24.93 
 
 		 394 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0126015  normal  0.687523 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4345  FAD dependent oxidoreductase  28.46 
 
 		 376 aa  82.8  0.000000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.957412 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0151  FAD dependent oxidoreductase  24.86 
 
 		 389 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0157  glycine oxidase ThiO  29.33 
 
 		 376 aa  82.4  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2172  FAD dependent oxidoreductase  26.8 
 
 		 380 aa  82  0.00000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4544  glycine oxidase ThiO  22.95 
 
 		 369 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.569361 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0696  glycine oxidase  21.53 
 
 		 369 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0730  glycine oxidase  21.53 
 
 		 369 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6008  SoxB2  31.44 
 
 		 379 aa  81.3  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00127478  normal  0.130354 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3234  glycine oxidase ThiO  25.92 
 
 		 372 aa  81.6  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0146  glycine oxidase ThiO  29.33 
 
 		 376 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.473112  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0781  putative FAD dependent oxidoreductase  24.73 
 
 		 391 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.740851 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0462  glycine oxidase  25.9 
 
 		 378 aa  81.3  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2939  FAD dependent oxidoreductase  27.03 
 
 		 378 aa  80.9  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0721  FAD dependent oxidoreductase  24.29 
 
 		 367 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60270  putative glycine/D-amino acid oxidases  30.81 
 
 		 364 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000302001 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4550  glycine oxidase ThiO  25.61 
 
 		 365 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.387961  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0817  oxidoreductase, FAD-binding protein  29.81 
 
 		 367 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>