More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0964 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0964  glycine oxidase ThiO  100 
 
 
361 aa  721    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0437682  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0612  FAD dependent oxidoreductase  73.65 
 
 
365 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0652  FAD dependent oxidoreductase  73.94 
 
 
365 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.139028  normal  0.321624 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0658  FAD dependent oxidoreductase  72.8 
 
 
365 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4841  FAD dependent oxidoreductase  72.86 
 
 
366 aa  525  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.388467  normal  0.730703 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4550  glycine oxidase ThiO  73.09 
 
 
365 aa  522  1e-147  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.387961  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0817  oxidoreductase, FAD-binding protein  70.57 
 
 
367 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0721  FAD dependent oxidoreductase  72.57 
 
 
367 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11880  FAD-dependent glycine oxidase  72.02 
 
 
363 aa  512  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274663  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60270  putative glycine/D-amino acid oxidases  67.14 
 
 
364 aa  480  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000302001 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5188  glycine oxidase ThiO  67.14 
 
 
404 aa  477  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0494  glycine oxidase ThiO  51.41 
 
 
375 aa  358  9.999999999999999e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3234  glycine oxidase ThiO  51.27 
 
 
372 aa  335  1e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2269  FAD dependent oxidoreductase  50.84 
 
 
376 aa  328  1.0000000000000001e-88  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2715  oxidoreductase, FAD-binding  48.87 
 
 
361 aa  296  3e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.725073  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1866  putative D-amino acid oxidase  42.58 
 
 
368 aa  262  8e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1956  oxidoreductase, FAD-binding  41.5 
 
 
363 aa  251  1e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.034563  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1624  FAD dependent oxidoreductase  41.5 
 
 
363 aa  251  1e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.909673  hitchhiker  0.0000164974 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2723  FAD dependent oxidoreductase  39.68 
 
 
378 aa  236  3e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0801  glycine oxidase ThiO  39.09 
 
 
367 aa  236  5.0000000000000005e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0136  FAD dependent oxidoreductase  36.57 
 
 
361 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0696  glycine oxidase  31.62 
 
 
369 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0730  glycine oxidase  31.62 
 
 
369 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4544  glycine oxidase ThiO  31.91 
 
 
369 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.569361 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0646  glycine oxidase ThiO  30.2 
 
 
369 aa  182  7e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0787  glycine oxidase ThiO  32.19 
 
 
369 aa  182  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.564699  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0462  glycine oxidase  35.71 
 
 
378 aa  181  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0640  glycine oxidase  31.53 
 
 
369 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0807  glycine oxidase ThiO  31.53 
 
 
369 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.35515e-47 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0800  glycine oxidase  30.48 
 
 
369 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0884  glycine oxidase ThiO  30.77 
 
 
369 aa  178  1e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00117191  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0617  glycine oxidase ThiO  29.63 
 
 
369 aa  178  1e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0640  glycine oxidase  30.97 
 
 
369 aa  176  4e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2099  glycine oxidase ThiO  34.85 
 
 
374 aa  165  9e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.119028  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2172  FAD dependent oxidoreductase  28.49 
 
 
380 aa  162  1e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2483  glycine oxidase ThiO  35.99 
 
 
385 aa  160  4e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.168852  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0139  glycine oxidase ThiO  35.25 
 
 
376 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0143  glycine oxidase ThiO  34.97 
 
 
375 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.23525 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1735  glycine oxidase ThiO  30.95 
 
 
368 aa  147  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0146  glycine oxidase ThiO  35.25 
 
 
376 aa  139  6e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.473112  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0157  glycine oxidase ThiO  34.97 
 
 
376 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0750  glycine oxidase ThiO  28.86 
 
 
365 aa  139  1e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6771  glycine oxidase ThiO  33.33 
 
 
410 aa  137  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7518  glycine oxidase ThiO  33.53 
 
 
402 aa  135  8e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.316675  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2742  DadA family oxidoreductase  29.23 
 
 
371 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00153462  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01910  D-amino acid dehydrogenase subunit  30.46 
 
 
416 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.492063  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3033  glycine oxidase ThiO  31.55 
 
 
382 aa  134  3e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000572882  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3514  FAD dependent oxidoreductase  29 
 
 
419 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.137187  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2223  glycine oxidase ThiO  32.19 
 
 
401 aa  133  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.210224 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0577  glycine oxidase ThiO  32.39 
 
 
405 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0605  glycine oxidase ThiO  31.74 
 
 
440 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.14254  normal  0.0463062 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2933  glycine oxidase ThiO  29.36 
 
 
371 aa  132  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.789116  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2529  DadA family oxidoreductase  28.69 
 
 
371 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0933493  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1848  FAD dependent oxidoreductase  30.29 
 
 
373 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.344381  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2715  DadA family oxidoreductase  28.69 
 
 
371 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1415  glycine oxidase ThiO  32.35 
 
 
377 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2728  oxidoreductase, DadA family  28.69 
 
 
371 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000981681 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36310  hydrogen cyanide synthase HcnC  29.5 
 
 
417 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.134451 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2071  glycine oxidase, putative  23.42 
 
 
372 aa  130  3e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00506599  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2569  oxidoreductase, DadA family  28.18 
 
 
371 aa  130  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0599885 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2732  oxidoreductase, DadA family  27.91 
 
 
371 aa  130  3e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.909372  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2430  FAD dependent oxidoreductase  28.14 
 
 
371 aa  130  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0834847  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2454  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.42 
 
 
371 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.295637  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2777  oxidoreductase, DadA family  28.42 
 
 
371 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.848486  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0284  glycine oxidase ThiO  33.89 
 
 
367 aa  129  6e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00610276 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3101  hydrogen cyanide synthase HcnC  28.07 
 
 
417 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.124285  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2406  FAD dependent oxidoreductase  31.61 
 
 
379 aa  128  1.0000000000000001e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.000101651  normal  0.0131925 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0813  FAD dependent oxidoreductase  30.69 
 
 
441 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0616  glycine oxidase ThiO  32.4 
 
 
411 aa  127  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121955 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2489  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  28.42 
 
 
371 aa  127  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000926626  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  29.48 
 
 
415 aa  127  3e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5036  glycine oxidase ThiO  29.65 
 
 
360 aa  125  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2498  putative thiamine biosynthesis oxidoreductase  29.61 
 
 
355 aa  125  1e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.373577  normal  0.49294 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1649  FAD dependent oxidoreductase  27.98 
 
 
441 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.756737  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6361  FAD dependent oxidoreductase  28.12 
 
 
441 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6064  FAD dependent oxidoreductase  27.63 
 
 
441 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3032  FAD dependent oxidoreductase  32.53 
 
 
437 aa  124  3e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.451614  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3378  FAD dependent oxidoreductase  30.26 
 
 
375 aa  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.344294  normal  0.353692 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4885  glycine oxidase ThiO  34.22 
 
 
384 aa  122  9.999999999999999e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1568  glycine oxidase ThiO  28.53 
 
 
652 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.272773 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1686  FAD dependent oxidoreductase  28.83 
 
 
401 aa  120  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.470832  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4109  glycine oxidase ThiO  28.88 
 
 
666 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6270  FAD dependent oxidoreductase  27.14 
 
 
441 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.119616 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6672  FAD dependent oxidoreductase  27.14 
 
 
441 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160579  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4225  FAD dependent oxidoreductase  29.74 
 
 
375 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0211166  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6437  FAD dependent oxidoreductase  27.14 
 
 
441 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4141  FAD dependent oxidoreductase  29.74 
 
 
375 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.659228  normal  0.0539213 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2192  FAD dependent oxidoreductase  29.03 
 
 
375 aa  119  9e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4107  FAD dependent oxidoreductase  30.42 
 
 
393 aa  119  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0968917  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2170  aromatic-ring hydroxylase  30.17 
 
 
371 aa  119  9.999999999999999e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1410  D-amino-acid dehydrogenase  27.07 
 
 
415 aa  119  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.320893  normal  0.0817919 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1044  thiamine biosynthesis oxidoreductase ThiO  31.77 
 
 
391 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3219  thiazole synthase  36.13 
 
 
652 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.98 
 
 
432 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1893  FAD dependent oxidoreductase  29.29 
 
 
375 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.534087 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4149  glycine oxidase ThiO  28.57 
 
 
666 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.572473 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5199  FAD dependent oxidoreductase  34 
 
 
440 aa  117  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.494361 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3551  FAD dependent oxidoreductase  29.82 
 
 
375 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4032  FAD dependent oxidoreductase  29.74 
 
 
375 aa  116  6e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.120783 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  27.25 
 
 
439 aa  116  6.9999999999999995e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>