More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2700 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2700  ABC transporter substrate binding protein (agrocinopine)  100 
 
 		 521 aa  1078    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1837  extracellular solute-binding protein  33.64 
 
 		 544 aa  284  3.0000000000000004e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2857  extracellular solute-binding protein  32.78 
 
 		 542 aa  269  7e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.791512  normal  0.700488 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1001  twin-arginine translocation pathway signal  32.37 
 
 		 542 aa  269  8e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.483502  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2237  extracellular solute-binding protein  31.58 
 
 		 550 aa  258  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6464  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  30.04 
 
 		 545 aa  254  3e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.69774 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1077  extracellular solute-binding protein  31.77 
 
 		 522 aa  253  7e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.108497 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 		 505 aa  177  5e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  28.32 
 
 		 509 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 		 521 aa  163  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.35 
 
 		 521 aa  160  6e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  26.77 
 
 		 522 aa  159  9e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  26.98 
 
 		 526 aa  159  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  25.53 
 
 		 528 aa  157  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  26.71 
 
 		 535 aa  156  8e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  29.22 
 
 		 509 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4455  extracellular solute-binding protein  30.91 
 
 		 509 aa  150  8e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.661138  hitchhiker  0.000234808 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  24.77 
 
 		 535 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  29.04 
 
 		 497 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  26.81 
 
 		 495 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  25.76 
 
 		 525 aa  147  6e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 534 aa  145  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  27.54 
 
 		 528 aa  145  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.98 
 
 		 530 aa  144  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 534 aa  144  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  27.05 
 
 		 514 aa  144  3e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 		 549 aa  142  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  30.03 
 
 		 516 aa  141  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  30.79 
 
 		 519 aa  139  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.61 
 
 		 510 aa  139  1e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 		 495 aa  138  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  29.49 
 
 		 516 aa  139  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2497  extracellular solute-binding protein family 5  31.69 
 
 		 528 aa  135  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0778602 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  28.05 
 
 		 533 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  25.21 
 
 		 541 aa  133  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0184  extracellular solute-binding protein family 5  24.3 
 
 		 518 aa  132  1.0000000000000001e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.84 
 
 		 542 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1091  extracellular solute-binding protein family 5  25.19 
 
 		 528 aa  132  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.264739  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  27.31 
 
 		 533 aa  131  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0094  extracellular solute-binding protein  28.83 
 
 		 498 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  27.25 
 
 		 516 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0449  extracellular solute-binding protein  27 
 
 		 520 aa  130  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  24.12 
 
 		 534 aa  130  7.000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 		 510 aa  130  8.000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 		 532 aa  130  8.000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  26.59 
 
 		 520 aa  129  9.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  25.15 
 
 		 512 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2658  extracellular solute-binding protein family 5  31.53 
 
 		 529 aa  129  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293814 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  30.28 
 
 		 517 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  27.86 
 
 		 531 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 538 aa  127  5e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 		 517 aa  127  5e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  24.9 
 
 		 495 aa  126  7e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2471  putative ABC transporter periplasmic binding protein  26.47 
 
 		 530 aa  126  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.10018 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2113  extracellular solute-binding protein  24.08 
 
 		 527 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142361  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.44 
 
 		 505 aa  125  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1829  extracellular solute-binding protein family 5  25.59 
 
 		 520 aa  126  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.06 
 
 		 525 aa  125  2e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1792  extracellular solute-binding protein family 5  26.77 
 
 		 514 aa  125  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0136295  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3842  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 		 568 aa  125  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0450891  normal  0.108057 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.18 
 
 		 508 aa  125  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.31 
 
 		 538 aa  125  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4690  extracellular solute-binding protein family 5  25.15 
 
 		 524 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  27.55 
 
 		 510 aa  125  3e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  26.02 
 
 		 509 aa  124  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  26.24 
 
 		 520 aa  124  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  29.44 
 
 		 509 aa  123  7e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  27.25 
 
 		 526 aa  123  7e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  25.44 
 
 		 521 aa  123  8e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  26.18 
 
 		 540 aa  123  9e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  25.44 
 
 		 521 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.44 
 
 		 521 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 		 521 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  25.44 
 
 		 521 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  23.83 
 
 		 537 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3985  extracellular solute-binding protein  28.25 
 
 		 499 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  27.01 
 
 		 526 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4029  extracellular solute-binding protein  28.76 
 
 		 502 aa  121  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  25.64 
 
 		 526 aa  121  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  25.31 
 
 		 546 aa  121  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 		 535 aa  121  3.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 540 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  25.92 
 
 		 534 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0562  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  25.7 
 
 		 518 aa  121  3.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 		 544 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  24.07 
 
 		 535 aa  120  6e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1605  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 		 595 aa  120  6e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4103  extracellular solute-binding protein family 5  27.68 
 
 		 502 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1189  extracellular solute-binding protein  29.3 
 
 		 525 aa  119  9.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0440454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5344  extracellular solute-binding protein family 5  26.8 
 
 		 506 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.297716  normal  0.516905 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  26.09 
 
 		 524 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1803  extracellular solute-binding protein family 5  24.12 
 
 		 499 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0045678  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1902  extracellular solute-binding protein family 5  23.89 
 
 		 501 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0398  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.11 
 
 		 527 aa  118  3e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 		 526 aa  118  3e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  24.63 
 
 		 545 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3102  extracellular solute-binding protein  24.51 
 
 		 549 aa  117  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.522775  hitchhiker  0.0000411022 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0939  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 517 aa  117  6e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0275  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide/dipeptide-binding protein  26.15 
 
 		 595 aa  117  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  29.35 
 
 		 521 aa  116  7.999999999999999e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>