More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3985 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3985  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 499 aa  1021    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5344  extracellular solute-binding protein family 5  51.08 
 
 		 506 aa  512  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.297716  normal  0.516905 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5411  extracellular solute-binding protein family 5  51.12 
 
 		 506 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.253312  decreased coverage  0.00154474 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4029  extracellular solute-binding protein  47.59 
 
 		 502 aa  443  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5080  extracellular solute-binding protein  43.78 
 
 		 502 aa  409  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0526207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0028  extracellular solute-binding protein family 5  37.87 
 
 		 520 aa  351  2e-95  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0183012 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5398  extracellular solute-binding protein family 5  39.17 
 
 		 506 aa  331  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1024  extracellular solute-binding protein  36 
 
 		 524 aa  316  7e-85  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.216522 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4444  extracellular solute-binding protein  32.46 
 
 		 517 aa  270  5.9999999999999995e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.300506  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1950  extracellular solute-binding protein  33.89 
 
 		 506 aa  234  4.0000000000000004e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.412794  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1949  extracellular solute-binding protein  33.54 
 
 		 506 aa  211  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.806443  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  30.72 
 
 		 495 aa  202  8e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  30.1 
 
 		 495 aa  190  5e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  26.91 
 
 		 521 aa  176  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  30.41 
 
 		 526 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  30.41 
 
 		 526 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  30.41 
 
 		 526 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4010  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  30.41 
 
 		 526 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  26.91 
 
 		 521 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.91 
 
 		 521 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  26.91 
 
 		 521 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 		 521 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3828  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  30.18 
 
 		 526 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.808847  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  30.22 
 
 		 535 aa  172  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  30.22 
 
 		 535 aa  172  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  30.22 
 
 		 535 aa  172  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  30.22 
 
 		 535 aa  172  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  30.22 
 
 		 535 aa  172  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  30.22 
 
 		 535 aa  172  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  30.22 
 
 		 535 aa  172  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  30.22 
 
 		 535 aa  172  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0044  extracellular solute-binding protein family 5  31.28 
 
 		 535 aa  171  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3619  extracellular solute-binding protein  36.52 
 
 		 495 aa  171  4e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.43082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0049  extracellular solute-binding protein family 5  30.82 
 
 		 535 aa  169  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.46848  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  30.59 
 
 		 532 aa  169  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4455  extracellular solute-binding protein  30.13 
 
 		 509 aa  168  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.661138  hitchhiker  0.000234808 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  29.38 
 
 		 509 aa  168  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 		 535 aa  166  6.9999999999999995e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0138  extracellular solute-binding protein  29.72 
 
 		 535 aa  166  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4056  periplasmic dipeptide transport protein  29.5 
 
 		 535 aa  164  3e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4075  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  29.5 
 
 		 535 aa  164  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0088  4-phytase  29.5 
 
 		 535 aa  164  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.534677  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  28.19 
 
 		 520 aa  164  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2197  extracellular solute-binding protein family 5  30.26 
 
 		 556 aa  163  7e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  30.63 
 
 		 532 aa  162  1e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1690  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 532 aa  162  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23662  normal  0.232631 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3152  extracellular solute-binding protein family 5  32.11 
 
 		 506 aa  161  3e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4392  extracellular solute-binding protein  30.78 
 
 		 521 aa  160  6e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  29.98 
 
 		 505 aa  158  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  29.58 
 
 		 535 aa  157  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0490  extracellular solute-binding protein family 5  29.57 
 
 		 531 aa  157  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 		 528 aa  157  4e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0816  extracellular solute-binding protein family 5  32.8 
 
 		 496 aa  155  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4098  extracellular solute-binding protein family 5  29.44 
 
 		 535 aa  155  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0887  extracellular solute-binding protein  32.8 
 
 		 496 aa  155  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.545524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0139  extracellular solute-binding protein  33.24 
 
 		 502 aa  154  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.184027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4405  extracellular solute-binding protein  28.61 
 
 		 532 aa  154  5e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  29.32 
 
 		 509 aa  153  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1977  extracellular solute-binding protein  29.61 
 
 		 506 aa  152  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.719795 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4355  extracellular solute-binding protein family 5  31.4 
 
 		 495 aa  152  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0355555  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  29.22 
 
 		 528 aa  152  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  28.91 
 
 		 524 aa  151  2e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  27.72 
 
 		 516 aa  151  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  26.85 
 
 		 528 aa  150  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4354  extracellular solute-binding protein family 5  32.33 
 
 		 497 aa  150  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148655  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.54 
 
 		 510 aa  150  4e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0399  extracellular solute-binding protein family 5  28.39 
 
 		 546 aa  150  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5441  extracellular solute-binding protein  32.4 
 
 		 497 aa  149  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.876365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  29.72 
 
 		 516 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1965  extracellular solute-binding protein family 5  29.43 
 
 		 556 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1671  extracellular solute-binding protein  28.97 
 
 		 538 aa  148  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.901467 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.05 
 
 		 520 aa  147  3e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  27.14 
 
 		 516 aa  148  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6472  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  31.16 
 
 		 495 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.149439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  27.25 
 
 		 549 aa  145  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2938  extracellular solute-binding protein  28.67 
 
 		 531 aa  146  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  27.8 
 
 		 502 aa  145  1e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 535 aa  145  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2309  extracellular solute-binding protein  28.67 
 
 		 534 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  27.21 
 
 		 493 aa  145  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0381  extracellular solute-binding protein  27.84 
 
 		 531 aa  145  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.265556 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2923  extracellular solute-binding protein  28.67 
 
 		 534 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  28.01 
 
 		 532 aa  144  3e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0402  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.22 
 
 		 528 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.882442  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  28.6 
 
 		 527 aa  144  3e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.33 
 
 		 505 aa  144  3e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2671  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 		 542 aa  144  4e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.699901  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  28.02 
 
 		 526 aa  144  5e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0091  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28 
 
 		 528 aa  143  6e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 		 512 aa  143  6e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0722  radical SAM domain-containing protein  28.29 
 
 		 522 aa  143  6e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.597639 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4250  peptide ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.47 
 
 		 528 aa  143  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.146199 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2005  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28 
 
 		 528 aa  143  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2283  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28 
 
 		 528 aa  143  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0708849  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3091  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28 
 
 		 528 aa  143  6e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0584  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.78 
 
 		 528 aa  143  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.542939  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  27.98 
 
 		 512 aa  143  7e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  27.98 
 
 		 512 aa  143  7e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  27.98 
 
 		 512 aa  143  7e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0114  extracellular solute-binding protein  27.55 
 
 		 530 aa  143  8e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>