More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4029 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4029  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 502 aa  1036    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5080  extracellular solute-binding protein  57 
 
 		 502 aa  602  1.0000000000000001e-171  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0526207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5344  extracellular solute-binding protein family 5  46.89 
 
 		 506 aa  458  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.297716  normal  0.516905 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5411  extracellular solute-binding protein family 5  46.46 
 
 		 506 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.253312  decreased coverage  0.00154474 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3985  extracellular solute-binding protein  46.48 
 
 		 499 aa  437  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5398  extracellular solute-binding protein family 5  44.6 
 
 		 506 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0028  extracellular solute-binding protein family 5  36.6 
 
 		 520 aa  338  9.999999999999999e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0183012 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1024  extracellular solute-binding protein  35.45 
 
 		 524 aa  326  7e-88  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.216522 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4444  extracellular solute-binding protein  34.93 
 
 		 517 aa  305  2.0000000000000002e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.300506  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1950  extracellular solute-binding protein  32.29 
 
 		 506 aa  263  8e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.412794  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1949  extracellular solute-binding protein  34.38 
 
 		 506 aa  261  2e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.806443  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  29.78 
 
 		 495 aa  211  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  30.28 
 
 		 495 aa  210  6e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  28.65 
 
 		 505 aa  174  3.9999999999999995e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 		 528 aa  137  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  27.64 
 
 		 509 aa  137  5e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2648  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 		 524 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.67 
 
 		 520 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  24.4 
 
 		 521 aa  134  6e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1731  extracellular solute-binding protein family 5  26.38 
 
 		 539 aa  133  6.999999999999999e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.308556  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  26.45 
 
 		 509 aa  133  7.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  25.42 
 
 		 514 aa  133  9e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  24.4 
 
 		 521 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.4 
 
 		 521 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  24.4 
 
 		 521 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  28.5 
 
 		 535 aa  132  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  24.4 
 
 		 521 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  27.7 
 
 		 559 aa  131  3e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1803  extracellular solute-binding protein family 5  26.44 
 
 		 499 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0045678  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  27.87 
 
 		 533 aa  130  6e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2658  extracellular solute-binding protein family 5  27.37 
 
 		 529 aa  130  7.000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293814 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  25.54 
 
 		 535 aa  129  9.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  26.28 
 
 		 527 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  26 
 
 		 520 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0183  extracellular solute-binding protein  27.46 
 
 		 532 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3619  extracellular solute-binding protein  31.44 
 
 		 495 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.43082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  26.07 
 
 		 512 aa  127  3e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0184  extracellular solute-binding protein family 5  27.43 
 
 		 518 aa  128  3e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  28.75 
 
 		 537 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  27.29 
 
 		 533 aa  127  5e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4354  extracellular solute-binding protein family 5  30.05 
 
 		 497 aa  126  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148655  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2700  ABC transporter substrate binding protein (agrocinopine)  29.07 
 
 		 521 aa  126  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4455  extracellular solute-binding protein  26.65 
 
 		 509 aa  126  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.661138  hitchhiker  0.000234808 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  26.67 
 
 		 516 aa  125  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0244  extracellular solute-binding protein family 5  26.06 
 
 		 575 aa  125  2e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.794885  normal  0.536815 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3174  dipeptide ABC transporter substrate-binding protein  28.54 
 
 		 523 aa  125  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 		 526 aa  125  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  27.69 
 
 		 516 aa  125  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0722  radical SAM domain-containing protein  26.24 
 
 		 522 aa  124  3e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.597639 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0044  extracellular solute-binding protein family 5  26.57 
 
 		 535 aa  124  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1483  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 		 542 aa  123  6e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.81 
 
 		 525 aa  123  6e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2372  extracellular solute-binding protein family 5  26.62 
 
 		 543 aa  123  8e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.220552  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0049  extracellular solute-binding protein family 5  26.35 
 
 		 535 aa  123  8e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.46848  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  24.38 
 
 		 525 aa  123  9e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  27.82 
 
 		 489 aa  123  9e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 		 534 aa  122  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  25.4 
 
 		 526 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  25.81 
 
 		 534 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  28.12 
 
 		 535 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13240  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.15 
 
 		 504 aa  121  3e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0803154  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.9 
 
 		 530 aa  121  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.98 
 
 		 526 aa  121  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.98 
 
 		 526 aa  121  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.98 
 
 		 526 aa  121  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2654  extracellular solute-binding protein family 5  26.45 
 
 		 544 aa  121  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.411058  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 		 521 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4010  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.98 
 
 		 526 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  26.29 
 
 		 512 aa  121  3.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  27.8 
 
 		 534 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4250  peptide ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.65 
 
 		 528 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.146199 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  27.66 
 
 		 526 aa  120  7e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  25.67 
 
 		 522 aa  120  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  28.2 
 
 		 510 aa  119  9e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3828  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.77 
 
 		 526 aa  119  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.808847  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1250  extracellular solute-binding protein family 5  27.21 
 
 		 550 aa  118  1.9999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.405882  normal  0.0838621 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4098  extracellular solute-binding protein family 5  25.91 
 
 		 535 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1658  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 		 516 aa  119  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.710594  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  25.93 
 
 		 535 aa  118  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  25.93 
 
 		 535 aa  118  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  25.93 
 
 		 535 aa  118  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  25.93 
 
 		 535 aa  118  3e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  25.93 
 
 		 535 aa  118  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  25.93 
 
 		 535 aa  118  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.39 
 
 		 516 aa  118  3e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  27.93 
 
 		 523 aa  118  3e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  25.93 
 
 		 535 aa  118  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3049  extracellular solute-binding protein family 5  31.14 
 
 		 503 aa  118  3e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  25.93 
 
 		 535 aa  118  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1698  extracellular solute-binding protein family 5  26.73 
 
 		 537 aa  118  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4816  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  25.83 
 
 		 524 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3760  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  25.48 
 
 		 524 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4355  extracellular solute-binding protein family 5  29.49 
 
 		 495 aa  117  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0355555  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.95 
 
 		 510 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2938  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 		 531 aa  117  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3675  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  25.64 
 
 		 524 aa  117  6e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  26.26 
 
 		 517 aa  117  6e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0468  extracellular solute-binding protein family 5  25.15 
 
 		 528 aa  117  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3958  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  25.64 
 
 		 524 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0240  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  25.64 
 
 		 524 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>