More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0224 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0224  transcriptional regulator, TetR-family  100 
 
 		 192 aa  398  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2903  transcriptional regulator of TetR family protein  56.02 
 
 		 196 aa  233  1.0000000000000001e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453644  normal  0.873941 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3670  TetR family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 197 aa  159  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411004  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0969  TetR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 202 aa  153  1e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021423 
 
 
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NC_007204  Psyc_1395  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 202 aa  145  5e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0418723  normal  0.76235 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0143  TetR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 202 aa  143  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1841  transcriptional regulator, TetR family protein  34.9 
 
 		 195 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02226  transcriptional regulator, TetR family protein  35.42 
 
 		 196 aa  119  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.972925  n/a   
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 205 aa  94  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013037  Dfer_3410  transcriptional regulator, TetR family  30.94 
 
 		 192 aa  92  5e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208492  normal  1 
 
 
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NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 193 aa  91.3  9e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 193 aa  90.1  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  28.11 
 
 		 193 aa  89.7  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0238  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 191 aa  87.8  8e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5500  transcriptional regulator, TetR family  29.08 
 
 		 190 aa  87.8  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.161362  decreased coverage  0.000153945 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3643  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 193 aa  85.1  6e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256948 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4056  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 193 aa  85.1  6e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3099  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 192 aa  84.7  7e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.806996 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3704  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 		 190 aa  84  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.21281 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5750  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 193 aa  84.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0412881  normal  1 
 
 
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NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  29.9 
 
 		 193 aa  83.2  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
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NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  29.1 
 
 		 198 aa  82.4  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  26.34 
 
 		 192 aa  81.6  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1396  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 193 aa  80.5  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3573  transcriptional regulator, TetR family  31.48 
 
 		 195 aa  80.5  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0355911  normal  0.084172 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 196 aa  80.5  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_2762  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 203 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 195 aa  79.7  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2332  transcriptional regulator, TetR family  25.39 
 
 		 193 aa  80.1  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.950158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 218 aa  79.3  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 193 aa  79  0.00000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
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NC_009438  Sputcn32_2721  TetR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 193 aa  79  0.00000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.236108  n/a   
 
 
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NC_013947  Snas_0160  transcriptional regulator, TetR family  28.34 
 
 		 193 aa  78.6  0.00000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2694  TetR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 203 aa  78.2  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357406 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 211 aa  78.2  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4679  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 193 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.136213 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  28.99 
 
 		 193 aa  77  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  27.78 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556415 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12083  transcriptional regulator, TetR family protein  26.56 
 
 		 187 aa  76.6  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  26.87 
 
 		 219 aa  77  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2964  transcriptional regulator, TetR family  27.04 
 
 		 195 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0240167  normal  0.157932 
 
 
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NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 193 aa  75.9  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
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NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 196 aa  76.3  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 196 aa  76.3  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
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NC_010581  Bind_2892  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 194 aa  76.3  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
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NC_009052  Sbal_1395  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 196 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1157  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 193 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.02 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
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NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 		 193 aa  75.5  0.0000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010581  Bind_2355  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 201 aa  75.5  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.552854 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  28.02 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 215 aa  75.1  0.0000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
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NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
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NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  28.02 
 
 		 236 aa  75.1  0.0000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 236 aa  75.1  0.0000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1088  transcriptional regulator, TetR family protein  25.29 
 
 		 198 aa  75.1  0.0000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1233  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 236 aa  74.7  0.0000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0636137  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 211 aa  74.7  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 210 aa  74.7  0.0000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1228  TetR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 193 aa  74.7  0.0000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1418  TetR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 196 aa  74.3  0.0000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  26.49 
 
 		 197 aa  74.3  0.0000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3393  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 193 aa  74.3  0.0000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 211 aa  74.7  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  27.44 
 
 		 211 aa  74.3  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 211 aa  74.7  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2189  transcriptional regulator, TetR family  26.46 
 
 		 202 aa  74.3  0.0000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009052  Sbal_1248  TetR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 193 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 222 aa  73.9  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5169  transcriptional regulator, TetR family  27.87 
 
 		 205 aa  73.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4357  regulatory protein TetR  26.26 
 
 		 201 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1379  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 196 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1158  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 193 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2864  TetR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 203 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.037684 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2408  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 192 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1087  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 222 aa  73.9  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00014413  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 204 aa  73.9  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3062  transcriptional regulator, TetR family  24.74 
 
 		 193 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000497782 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  27.44 
 
 		 211 aa  73.6  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1901  TetR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 201 aa  73.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.665453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 213 aa  73.2  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0419  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 217 aa  73.2  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00785696  n/a   
 
 
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NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 224 aa  73.6  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 213 aa  73.2  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0944  TetR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 193 aa  73.2  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 213 aa  72.8  0.000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05760  Transcriptional regulatory protein, TetR family  26.99 
 
 		 195 aa  72.8  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.466087  n/a   
 
 
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NC_010725  Mpop_4180  transcriptional regulator, TetR family  26.26 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0804485  normal  1 
 
 
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NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 208 aa  72  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
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NC_004347  SO_1578  TetR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 203 aa  72  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009665  Shew185_1292  TetR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 193 aa  72  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013132  Cpin_6698  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 193 aa  72  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 194 aa  71.6  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  30.21 
 
 		 193 aa  71.6  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
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NC_007954  Sden_1229  regulatory protein, TetR  25.88 
 
 		 235 aa  71.6  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_26140  putative transcriptional regulator  25.14 
 
 		 196 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287141  normal  0.149256 
 
 
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NC_009997  Sbal195_1326  TetR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 193 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115046 
 
 
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NC_008345  Sfri_2816  transcriptional regulator, TetR family protein  29.45 
 
 		 188 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_012850  Rleg_0120  transcriptional regulator, TetR family  30.3 
 
 		 227 aa  70.5  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.555065  normal  1 
 
 
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