More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_1525 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009616  Tmel_1525  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
214 aa  431  1e-120  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0985  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.55 
 
 
212 aa  246  2e-64  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1116  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.07 
 
 
220 aa  232  3e-60  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1014  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.07 
 
 
220 aa  232  3e-60  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1319  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.34 
 
 
229 aa  201  7e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1281  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.48 
 
 
214 aa  201  9e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.176938  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1306  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.48 
 
 
214 aa  201  9e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0153242  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1908  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.67 
 
 
219 aa  193  2e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000189819  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  43.66 
 
 
220 aa  191  6e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1707  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.05 
 
 
217 aa  191  6e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1309  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.06 
 
 
215 aa  189  2e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.763619  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1989  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.58 
 
 
217 aa  189  2e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.4 
 
 
216 aa  188  5e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.99 
 
 
218 aa  187  7e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1776  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.71 
 
 
220 aa  187  8e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1047  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.39 
 
 
221 aa  186  2e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000178019  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0788  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.99 
 
 
214 aa  186  3e-46  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2195  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.92 
 
 
216 aa  184  9e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.6 
 
 
214 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1434  Ribulose-phosphate 3-epimerase  43.14 
 
 
220 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.33 
 
 
218 aa  182  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.13 
 
 
214 aa  182  3e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  47 
 
 
214 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.5 
 
 
214 aa  181  6e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.5 
 
 
214 aa  181  6e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.5 
 
 
214 aa  181  6e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.5 
 
 
214 aa  181  6e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.5 
 
 
214 aa  181  6e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.5 
 
 
214 aa  181  6e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.5 
 
 
214 aa  181  6e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0049  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  43.66 
 
 
222 aa  181  7e-45  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.5 
 
 
214 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  38.97 
 
 
219 aa  181  9.000000000000001e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1167  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44 
 
 
217 aa  180  1e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000257786  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2057  ribulose-phosphate 3-epimerase  40.19 
 
 
231 aa  179  2e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.575902  normal  0.725106 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0731  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.46 
 
 
224 aa  179  2e-44  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0365158  normal  0.685056 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1342  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  45.05 
 
 
224 aa  179  2.9999999999999997e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.361236 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0536  Ribulose-phosphate 3-epimerase  45.05 
 
 
221 aa  179  2.9999999999999997e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.78 
 
 
221 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  42.52 
 
 
224 aa  178  4e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1649  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.11 
 
 
221 aa  178  4.999999999999999e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1777  ribulose-phosphate 3-epimerase  40.38 
 
 
230 aa  178  5.999999999999999e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00151739  normal  0.039196 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2540  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.28 
 
 
223 aa  178  7e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0480192 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1858  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.13 
 
 
230 aa  177  9e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2043  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.5 
 
 
211 aa  177  1e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3251  ketose-bisphosphate aldolase class-II  42.11 
 
 
224 aa  176  2e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  40.57 
 
 
224 aa  176  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1951  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.44 
 
 
229 aa  176  2e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0491  Ribulose-phosphate 3-epimerase  42.18 
 
 
221 aa  176  3e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5109  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.67 
 
 
215 aa  175  4e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0277689  normal  0.123014 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  40.89 
 
 
230 aa  175  6e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  42.52 
 
 
224 aa  174  7e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1507  Ribulose-phosphate 3-epimerase  42.45 
 
 
220 aa  174  8e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.86 
 
 
221 aa  173  9.999999999999999e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.86 
 
 
221 aa  173  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0532  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  41.04 
 
 
221 aa  174  9.999999999999999e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.266071  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2597  ribulose-phosphate 3-epimerase  43 
 
 
209 aa  172  1.9999999999999998e-42  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.943131  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0082  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.25 
 
 
228 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0067  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  43.26 
 
 
221 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2590  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.86 
 
 
234 aa  172  5e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0691249  normal  0.0209735 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0469  Ribulose-phosphate 3-epimerase  44.44 
 
 
221 aa  172  5e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1769  ribulose-phosphate 3-epimerase  39.81 
 
 
219 aa  171  5e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09961  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.71 
 
 
221 aa  171  5.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.469289  normal  0.317171 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1537  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.31 
 
 
222 aa  171  5.999999999999999e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1252  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.9 
 
 
227 aa  171  5.999999999999999e-42  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  41.12 
 
 
217 aa  171  6.999999999999999e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0287  ribulose-phosphate 3-epimerase  38.32 
 
 
232 aa  171  1e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1509  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  42.13 
 
 
218 aa  170  1e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00871161  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.99 
 
 
231 aa  170  2e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32100  predicted protein  43.35 
 
 
265 aa  169  3e-41  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0416889  normal  0.0231462 
 
 
-
 
NC_002950  PG1595  ribulose-phosphate 3-epimerase  38.32 
 
 
218 aa  168  4e-41  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.04 
 
 
235 aa  169  4e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2484  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.79 
 
 
220 aa  169  4e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0712  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.19 
 
 
225 aa  168  6e-41  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1605  ribulose-phosphate 3-epimerase (D-ribulose-5-phosphate 3-epimerase)  41.18 
 
 
217 aa  167  7e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00660357  normal  0.751371 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1957  ribulose-phosphate 3-epimerase  40.28 
 
 
225 aa  167  8e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.163102 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.72 
 
 
219 aa  167  9e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1504  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.06 
 
 
219 aa  167  1e-40  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0207643  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  40.65 
 
 
238 aa  167  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3128  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.79 
 
 
223 aa  167  1e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1223  ribulose-phosphate 3-epimerase  40.85 
 
 
218 aa  167  1e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.797627  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2395  ribulose-phosphate 3-epimerase  39.35 
 
 
221 aa  167  2e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1230  ribulose-phosphate 3-epimerase  40.48 
 
 
221 aa  166  2e-40  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.942402  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.5 
 
 
236 aa  166  2e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16821  ribulose-phosphate 3-epimerase  39.52 
 
 
264 aa  166  2e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3254  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.86 
 
 
214 aa  166  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0664105  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0651  Ribulose-phosphate 3-epimerase  40.95 
 
 
221 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1855  ribulose-phosphate 3-epimerase  37.91 
 
 
224 aa  165  4e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.593821 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  40.5 
 
 
221 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0175  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.43 
 
 
218 aa  165  5.9999999999999996e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3374  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.33 
 
 
221 aa  164  6.9999999999999995e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.71 
 
 
235 aa  164  6.9999999999999995e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0336  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.26 
 
 
220 aa  164  6.9999999999999995e-40  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  40.38 
 
 
226 aa  164  9e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1205  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.64 
 
 
211 aa  164  1.0000000000000001e-39  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.08 
 
 
234 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.08 
 
 
234 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4115  Ribulose-phosphate 3-epimerase  39.62 
 
 
224 aa  162  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0155127  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4082  Ribulose-phosphate 3-epimerase  39.62 
 
 
224 aa  162  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349999  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3613  Ribulose-phosphate 3-epimerase  43.07 
 
 
221 aa  162  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>