More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_1054 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  100 
 
 		 235 aa  473  1e-133  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  58.12 
 
 		 270 aa  256  2e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  56.78 
 
 		 250 aa  249  3e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  55.9 
 
 		 246 aa  244  6.999999999999999e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  52.79 
 
 		 241 aa  239  2e-62  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  52.52 
 
 		 242 aa  238  8e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  51.49 
 
 		 260 aa  236  3e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  51.49 
 
 		 260 aa  235  4e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  51.49 
 
 		 260 aa  235  4e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  51.49 
 
 		 260 aa  235  4e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  51.49 
 
 		 260 aa  235  4e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  51.49 
 
 		 260 aa  235  4e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  51.49 
 
 		 260 aa  235  4e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  51.49 
 
 		 260 aa  235  4e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  51.49 
 
 		 260 aa  235  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  53.57 
 
 		 245 aa  231  9e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  51.37 
 
 		 648 aa  228  6e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  49.14 
 
 		 234 aa  228  8e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  49.37 
 
 		 257 aa  228  9e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  49.36 
 
 		 261 aa  228  9e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  49.37 
 
 		 257 aa  228  9e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  49.37 
 
 		 257 aa  228  9e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  50.85 
 
 		 256 aa  226  2e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  49.36 
 
 		 244 aa  226  3e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  48.74 
 
 		 261 aa  225  4e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  49.15 
 
 		 266 aa  224  6e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  49.79 
 
 		 260 aa  224  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  49.79 
 
 		 260 aa  223  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  49.79 
 
 		 260 aa  224  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  49.79 
 
 		 260 aa  223  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  49.79 
 
 		 260 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  49.78 
 
 		 244 aa  223  3e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  45.8 
 
 		 263 aa  221  8e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  49.79 
 
 		 260 aa  217  1e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  50.21 
 
 		 261 aa  217  2e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  48.51 
 
 		 261 aa  215  5e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  44.96 
 
 		 255 aa  214  8e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  54.09 
 
 		 245 aa  214  9.999999999999999e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  44.96 
 
 		 256 aa  213  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  45.92 
 
 		 278 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  46.64 
 
 		 225 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  44.68 
 
 		 252 aa  212  3.9999999999999995e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  46.46 
 
 		 228 aa  209  3e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  44.86 
 
 		 298 aa  208  5e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 285 aa  206  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  50.66 
 
 		 249 aa  206  3e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  45 
 
 		 287 aa  204  8e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  45.06 
 
 		 287 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  43.83 
 
 		 252 aa  204  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  44.21 
 
 		 275 aa  204  1e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  45.06 
 
 		 287 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  45.06 
 
 		 287 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  43.78 
 
 		 284 aa  203  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  43.57 
 
 		 273 aa  201  9e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 256 aa  201  9.999999999999999e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  43.7 
 
 		 256 aa  199  3e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  43.93 
 
 		 284 aa  199  5e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  43.51 
 
 		 284 aa  198  7e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  42.86 
 
 		 293 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  43.78 
 
 		 284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  43.51 
 
 		 258 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  50.71 
 
 		 277 aa  195  6e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  43.72 
 
 		 238 aa  190  2e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  50.68 
 
 		 258 aa  189  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  44.98 
 
 		 253 aa  190  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  40.59 
 
 		 265 aa  185  5e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  44.02 
 
 		 242 aa  184  9e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  47.69 
 
 		 319 aa  177  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  48.39 
 
 		 268 aa  175  7e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  48.39 
 
 		 268 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  37.63 
 
 		 304 aa  169  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  36.25 
 
 		 339 aa  125  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  34.19 
 
 		 306 aa  124  9e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  35.83 
 
 		 339 aa  124  9e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.83 
 
 		 339 aa  124  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  34.58 
 
 		 305 aa  122  4e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.51 
 
 		 391 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  36.16 
 
 		 541 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  33.48 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  33.61 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  33.91 
 
 		 311 aa  119  3e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  34.98 
 
 		 400 aa  119  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.4 
 
 		 318 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  35.08 
 
 		 339 aa  119  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  34.3 
 
 		 319 aa  119  4.9999999999999996e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  33.19 
 
 		 306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  34.98 
 
 		 360 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  34.98 
 
 		 402 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  34.98 
 
 		 402 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.98 
 
 		 402 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  33.61 
 
 		 389 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.61 
 
 		 395 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.61 
 
 		 395 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  33.61 
 
 		 389 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.4 
 
 		 214 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  33.61 
 
 		 389 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.02 
 
 		 328 aa  117  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  33.61 
 
 		 389 aa  116  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  34.16 
 
 		 405 aa  116  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  34.16 
 
 		 407 aa  116  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>