More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3270 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
267 aa  533  1e-150  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.97401 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.68 
 
 
260 aa  264  1e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1897  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.19 
 
 
256 aa  238  8e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0333934 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.44 
 
 
292 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.79 
 
 
292 aa  232  6e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.07 
 
 
292 aa  231  9e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2069  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.92 
 
 
256 aa  230  2e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.343315  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2854  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  48.33 
 
 
264 aa  229  3e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.110395  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  49.63 
 
 
257 aa  229  4e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2539  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.96 
 
 
260 aa  229  5e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.643723 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3166  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.32 
 
 
266 aa  228  8e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1981  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  49.44 
 
 
259 aa  228  9e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  49.44 
 
 
259 aa  228  9e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.787332  normal  0.0473698 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1156  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  48.3 
 
 
258 aa  228  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1586  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.92 
 
 
261 aa  227  1e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0571917  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2705  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.58 
 
 
260 aa  226  4e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0392543  normal  0.0560385 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0517  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.42 
 
 
266 aa  225  6e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.36477 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2585  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.17 
 
 
256 aa  225  7e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0102816  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1576  putative D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase (BDH) oxidoreductase protein  48.68 
 
 
260 aa  224  1e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1271  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  48.12 
 
 
258 aa  223  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1386  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  48.13 
 
 
258 aa  223  2e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2498  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.17 
 
 
260 aa  223  3e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3151  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.17 
 
 
260 aa  223  3e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1572  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  48.15 
 
 
259 aa  222  4e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4364  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.17 
 
 
256 aa  221  7e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.125066 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1665  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.99 
 
 
256 aa  220  9.999999999999999e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0575  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.64 
 
 
258 aa  219  3.9999999999999997e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.57 
 
 
256 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1057  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  44.91 
 
 
259 aa  217  1e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.660829  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2793  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.92 
 
 
256 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.313223  normal  0.208363 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1682  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.04 
 
 
260 aa  216  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2718  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.57 
 
 
256 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.650562  normal  0.158048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3073  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.79 
 
 
256 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.171259  normal  0.789258 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  48.13 
 
 
258 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3079  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.52 
 
 
257 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3286  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.19 
 
 
256 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  47.55 
 
 
256 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0932  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.25 
 
 
260 aa  211  7.999999999999999e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.733087  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1436  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.94 
 
 
257 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798692 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0943  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.32 
 
 
270 aa  210  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.801002  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0546  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.52 
 
 
258 aa  209  4e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346829 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.66 
 
 
288 aa  209  5e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3132  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.3 
 
 
258 aa  209  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0908587  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2857  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.86 
 
 
265 aa  207  1e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4687  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.32 
 
 
262 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3482  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.02 
 
 
261 aa  206  3e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.059744  normal  0.189597 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.44 
 
 
256 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0379215  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1507  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.4 
 
 
257 aa  205  7e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0183743 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8088  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.51 
 
 
277 aa  205  8e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3554  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.7 
 
 
262 aa  204  2e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2755  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.32 
 
 
262 aa  203  3e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137616  normal  0.463862 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2860  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.97 
 
 
258 aa  202  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0187623  normal  0.981149 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1342  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.21 
 
 
257 aa  201  8e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0595  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  46.62 
 
 
256 aa  201  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4500  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.22 
 
 
258 aa  199  3e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0782266 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4002  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.95 
 
 
262 aa  199  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.36944 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3009  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.75 
 
 
261 aa  199  3.9999999999999996e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0803108 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2311  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.75 
 
 
261 aa  199  3.9999999999999996e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.146201  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1544  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  41.83 
 
 
257 aa  198  7e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0575047  normal  0.138596 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5269  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.98 
 
 
261 aa  198  7.999999999999999e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1408  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.57 
 
 
281 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4730  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.75 
 
 
261 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5197  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.75 
 
 
261 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.426896 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.84 
 
 
260 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.175664  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4591  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.51 
 
 
261 aa  195  7e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1388  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.82 
 
 
262 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1750  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.13 
 
 
261 aa  194  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.594296  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0938  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.8 
 
 
261 aa  193  3e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.60557  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3432  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.64 
 
 
261 aa  192  7e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.296547 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3319  d-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.08 
 
 
256 aa  191  9e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0697406  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4798  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.15 
 
 
261 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000904747 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6971  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.23 
 
 
263 aa  189  4e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1779  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase, putative  40.52 
 
 
263 aa  189  5e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.695225  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0969  putative short-chain alcohol dehydrogenase  37.12 
 
 
259 aa  186  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00190431  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0811  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.13 
 
 
261 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110445 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2696  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.58 
 
 
260 aa  181  1e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  0.672061 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1122  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.69 
 
 
263 aa  180  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4481  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.36 
 
 
265 aa  174  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.643643  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10030  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.75 
 
 
250 aa  173  1.9999999999999998e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.74 
 
 
261 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.524873  normal  0.240055 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
272 aa  173  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.560148 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1887  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.02 
 
 
260 aa  173  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0166984  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0826  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.83 
 
 
266 aa  169  4e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.162966  hitchhiker  0.000570032 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1997  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.47 
 
 
259 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2000  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.47 
 
 
259 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0047  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.25 
 
 
277 aa  166  5e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.903324  normal  0.0108745 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7916  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.47 
 
 
260 aa  163  3e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2343  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.74 
 
 
262 aa  161  1e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3917  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.74 
 
 
260 aa  161  1e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.283072  normal  0.0412818 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1680  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.98 
 
 
252 aa  159  4e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.509013  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8513  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.58 
 
 
254 aa  159  4e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.82683 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.23 
 
 
261 aa  158  1e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
248 aa  155  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.448544  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
248 aa  155  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.887934  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4787  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
248 aa  155  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2816  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.47 
 
 
257 aa  155  6e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02266  putative 3-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.83 
 
 
255 aa  155  8e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0081  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.58 
 
 
271 aa  155  9e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.243269  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10310  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.25 
 
 
263 aa  154  1e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.998138  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.39 
 
 
253 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>