More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4485 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4485  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 520 aa  1060    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0188012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3304  transcriptional regulatory protein-like protein  56.49 
 
 		 580 aa  609  1e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  34.47 
 
 		 632 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  34.89 
 
 		 810 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  33.63 
 
 		 878 aa  94.4  5e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  29.68 
 
 		 3145 aa  89.7  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2680  peptidase S41  25.49 
 
 		 745 aa  85.5  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.20871  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2604  TPR repeat-containing protein  29.17 
 
 		 927 aa  83.2  0.00000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.010408  normal  0.426767 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2853  TPR repeat-containing protein  28.24 
 
 		 3172 aa  82.4  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2480  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  26.76 
 
 		 1022 aa  82.4  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2418  TPR repeat-containing protein  27.31 
 
 		 827 aa  80.5  0.00000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  31.37 
 
 		 1276 aa  77.8  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2349  TPR repeat-containing protein  27.6 
 
 		 649 aa  77.8  0.0000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0186841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02811  hypothetical protein  34.01 
 
 		 837 aa  77.4  0.0000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.370164 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1092  TPR repeat-containing protein  31.25 
 
 		 612 aa  77.4  0.0000000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1052  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  23.92 
 
 		 798 aa  77.4  0.0000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.687735 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0540  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  26.18 
 
 		 1056 aa  75.9  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0423513  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  24.49 
 
 		 412 aa  74.7  0.000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  45 
 
 		 1067 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3340  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  25.51 
 
 		 622 aa  73.6  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.309134 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2431  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  26.36 
 
 		 818 aa  73.6  0.000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  27.27 
 
 		 4079 aa  73.6  0.000000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  45 
 
 		 1089 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  45 
 
 		 1089 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2951  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  26.36 
 
 		 784 aa  73.2  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18211  hypothetical protein  31.72 
 
 		 603 aa  72.4  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.905605 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  45 
 
 		 1075 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1653  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.1 
 
 		 758 aa  72  0.00000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0738  TPR repeat-containing protein  26.69 
 
 		 323 aa  71.6  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  hitchhiker  0.00630781  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3748  TPR repeat-containing protein  30.62 
 
 		 1450 aa  71.2  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2318  tetratricopeptide protein  25.45 
 
 		 573 aa  70.9  0.00000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2491  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.49 
 
 		 689 aa  71.2  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6182  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  24.9 
 
 		 1056 aa  70.5  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02941  hypothetical protein  27.27 
 
 		 1676 aa  70.9  0.00000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.673691 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  27.8 
 
 		 739 aa  70.1  0.00000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2992  TPR repeat-containing protein  27.31 
 
 		 824 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000746825 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2656  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  25.77 
 
 		 634 aa  69.3  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1991  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.39 
 
 		 367 aa  69.7  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.310287  normal  0.0147414 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0453  TPR domain-containing protein  27.68 
 
 		 626 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.311085  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0955  TPR repeat-containing protein  29.89 
 
 		 637 aa  69.3  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  38.64 
 
 		 1092 aa  68.9  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  27.04 
 
 		 816 aa  68.6  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8213  TPR repeat-containing protein  26.2 
 
 		 392 aa  68.9  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0720948  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7349  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  25.7 
 
 		 988 aa  68.9  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0738846  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2906  TPR repeat-containing protein  27.68 
 
 		 614 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0475913  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1232  TPR repeat-containing protein  28.81 
 
 		 750 aa  68.6  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.967237  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0970  TPR domain-containing protein  27.68 
 
 		 614 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3015  TPR domain-containing protein  27.68 
 
 		 626 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2599  TPR domain-containing protein  27.68 
 
 		 614 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0734298  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2967  TPR repeat-containing protein  27.68 
 
 		 614 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3642  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  25.51 
 
 		 622 aa  68.6  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0177  TPR repeat-containing protein  27.68 
 
 		 614 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2893  O-linked N-acetylglucosamine transferase  28.27 
 
 		 397 aa  67.8  0.0000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.272299 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  27.23 
 
 		 543 aa  67.8  0.0000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2395  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  30.86 
 
 		 736 aa  68.2  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02961  hypothetical protein  35.11 
 
 		 594 aa  67.8  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  27.52 
 
 		 909 aa  67.8  0.0000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2075  TPR repeat-containing protein  32.62 
 
 		 292 aa  67  0.0000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2417  TPR repeat-containing protein  29.82 
 
 		 762 aa  67  0.0000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2490  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  29.36 
 
 		 738 aa  67  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1093  TPR repeat-containing protein  28.64 
 
 		 681 aa  67  0.0000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.353622  n/a   
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4605  TPR repeat-containing protein  32.62 
 
 		 279 aa  66.6  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0911  tetratricopeptide TPR_4  29.94 
 
 		 875 aa  66.2  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.379762  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1619  TPR domain-containing protein  27.68 
 
 		 626 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0978258  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0959  hypothetical protein  25.42 
 
 		 620 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_002950  PG0982  TPR domain-containing protein  25.82 
 
 		 750 aa  65.9  0.000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.682285 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0698  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.84 
 
 		 784 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1834  TPR repeat-containing protein  28 
 
 		 593 aa  65.9  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28481  hypothetical protein  28.7 
 
 		 462 aa  65.5  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19711  hypothetical protein  27.67 
 
 		 865 aa  65.5  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.372007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3028  TPR repeat-containing protein  25.2 
 
 		 620 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.985806  normal  0.0142271 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  41.43 
 
 		 1080 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  42.65 
 
 		 1075 aa  64.7  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  28.64 
 
 		 685 aa  65.1  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1719  TPR repeat-containing protein  31.79 
 
 		 583 aa  65.1  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1840  TPR repeat-containing protein  27.19 
 
 		 3560 aa  65.1  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24081  hypothetical protein  24.47 
 
 		 764 aa  65.1  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  41.43 
 
 		 1063 aa  64.7  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  42.65 
 
 		 1075 aa  65.1  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24171  hypothetical protein  28.62 
 
 		 733 aa  64.7  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4563  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  27.31 
 
 		 624 aa  64.7  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.724776 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  40 
 
 		 1131 aa  64.7  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1518  TPR repeat-containing protein  27.8 
 
 		 597 aa  64.7  0.000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00971618 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  26.84 
 
 		 725 aa  64.3  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  42.5 
 
 		 1092 aa  64.3  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.32 
 
 		 2240 aa  63.9  0.000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4492  TPR repeat-containing protein  26.72 
 
 		 605 aa  63.9  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2526  tetratricopeptide TPR_2  27.22 
 
 		 1154 aa  64.3  0.000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.240995 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  32.65 
 
 		 425 aa  63.9  0.000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2213  sulfotransferase  27.27 
 
 		 656 aa  63.5  0.000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0087  TPR repeat-containing protein  25.45 
 
 		 366 aa  63.5  0.000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4803  tetratricopeptide TPR_3  26.71 
 
 		 340 aa  63.5  0.000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  40 
 
 		 1102 aa  63.5  0.000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14411  Flp pilus assembly protein TadD  35.48 
 
 		 594 aa  63.2  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00033533 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4282  TPR repeat-containing protein  25.35 
 
 		 715 aa  63.2  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0301  TPR repeat-containing protein  28.97 
 
 		 1827 aa  63.2  0.00000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28721  hypothetical protein  28.08 
 
 		 706 aa  63.2  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1518  TPR repeat-containing protein  22.41 
 
 		 375 aa  62.8  0.00000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.946116  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3996  tetratricopeptide TPR_2  26.6 
 
 		 1694 aa  63.2  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.271204  normal  0.601264 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1455  serine/threonine protein kinase  27.93 
 
 		 821 aa  62  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>