More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0512 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_0512  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  100 
 
 
227 aa  463  9.999999999999999e-131  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0390  cyclic nucleotide-binding protein  41.8 
 
 
218 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000226333  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1315  hypothetical protein  27.85 
 
 
254 aa  95.5  5e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.79 
 
 
228 aa  86.7  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.6 
 
 
227 aa  83.6  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.28 
 
 
231 aa  79  0.00000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.19 
 
 
223 aa  77.8  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0327  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.06 
 
 
233 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.539351  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1972  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.06 
 
 
233 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2246  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.48 
 
 
233 aa  75.9  0.0000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.93 
 
 
228 aa  72.8  0.000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  21.56 
 
 
225 aa  72.8  0.000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4277  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.5 
 
 
234 aa  72  0.000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.4 
 
 
226 aa  72  0.000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.9 
 
 
227 aa  71.6  0.000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0968  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.58 
 
 
233 aa  70.5  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2884  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.12 
 
 
218 aa  70.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.161359  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.87 
 
 
226 aa  68.9  0.00000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.11 
 
 
224 aa  68.2  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.53 
 
 
243 aa  67.4  0.0000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.64 
 
 
226 aa  67  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.42 
 
 
220 aa  66.6  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.93 
 
 
224 aa  66.2  0.0000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  21.62 
 
 
226 aa  64.7  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.9 
 
 
231 aa  64.7  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3114  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.27 
 
 
232 aa  63.9  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.52 
 
 
251 aa  63.5  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4447  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.87 
 
 
227 aa  62.8  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.89 
 
 
224 aa  62.4  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1523  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.82 
 
 
231 aa  62.8  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2444  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.62 
 
 
238 aa  62.4  0.000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000577484  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.03 
 
 
239 aa  62  0.000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5316  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.6 
 
 
354 aa  61.6  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3275  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.81 
 
 
195 aa  61.6  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0513046  hitchhiker  0.00943034 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.2 
 
 
236 aa  60.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5556  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.5 
 
 
352 aa  60.5  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.487576  normal  0.0420739 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3232  cyclic nucleotide-binding protein  21.13 
 
 
212 aa  60.1  0.00000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  18.35 
 
 
225 aa  59.7  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1297  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.72 
 
 
222 aa  60.1  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1361  transcriptional regulator FixK  23.83 
 
 
229 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0646149  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1340  transcriptional regulator FixK  23.83 
 
 
229 aa  60.1  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.324269  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.83 
 
 
225 aa  59.3  0.00000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  26.59 
 
 
231 aa  59.3  0.00000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.3 
 
 
248 aa  58.9  0.00000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.41 
 
 
227 aa  58.5  0.00000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.22 
 
 
254 aa  58.5  0.00000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4729  transcriptional regulator FixK  23.83 
 
 
230 aa  58.5  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.35 
 
 
229 aa  58.2  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4055  transcriptional regulator FixK  25.13 
 
 
229 aa  58.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.64 
 
 
224 aa  57.4  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.86 
 
 
227 aa  57.4  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0292  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.64 
 
 
224 aa  57  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.210312  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1853  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.49 
 
 
240 aa  56.6  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  19.07 
 
 
228 aa  57  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.53 
 
 
229 aa  56.6  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  19.72 
 
 
249 aa  57  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  17.89 
 
 
225 aa  56.6  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2786  transcriptional regulator FixK  23.32 
 
 
229 aa  56.2  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0460697  normal  0.11454 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0917  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.89 
 
 
254 aa  55.8  0.0000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.69 
 
 
230 aa  55.8  0.0000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2796  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.35 
 
 
250 aa  55.8  0.0000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.74 
 
 
219 aa  55.8  0.0000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2323  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.81 
 
 
233 aa  55.8  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00053006  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1482  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.65 
 
 
235 aa  55.5  0.0000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000238682  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0783  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.5 
 
 
217 aa  55.5  0.0000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4762  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.48 
 
 
225 aa  55.5  0.0000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  hitchhiker  0.0000929699 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  17.97 
 
 
224 aa  55.5  0.0000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  18.81 
 
 
242 aa  55.5  0.0000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.9 
 
 
241 aa  55.1  0.0000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1827  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.72 
 
 
229 aa  55.1  0.0000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4621  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.34 
 
 
236 aa  55.1  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.22 
 
 
229 aa  55.1  0.0000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4632  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.04 
 
 
234 aa  55.1  0.0000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.26 
 
 
230 aa  55.1  0.0000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.4 
 
 
240 aa  55.1  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0755  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.34 
 
 
223 aa  55.1  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.125698 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0252  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.81 
 
 
218 aa  55.1  0.0000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0257  transcriptional regulator NnrR  20.59 
 
 
232 aa  54.7  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2928  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.48 
 
 
232 aa  54.7  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.39759 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2076  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.14 
 
 
234 aa  54.7  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.398696  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0689  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator  25 
 
 
200 aa  54.3  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4322  cyclic nucleotide-binding  22.02 
 
 
225 aa  54.7  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0230513 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.5 
 
 
234 aa  53.9  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3165  transcriptional regulator  24.52 
 
 
230 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.603206  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.21 
 
 
224 aa  53.5  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3466  regulator of Biofilm formation Fnr Family  24.31 
 
 
235 aa  53.9  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1773  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.42 
 
 
263 aa  53.5  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  23.3 
 
 
222 aa  53.5  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3470  cyclic nucleotide-binding domain protein  24.52 
 
 
230 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1465  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.28 
 
 
236 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.342125  normal  0.439299 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3071  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.83 
 
 
224 aa  53.1  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00222127  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3228  transcriptional regulator  25.84 
 
 
230 aa  53.5  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000617944  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4381  CRP/FNR family transcriptional regulator  19.91 
 
 
231 aa  53.1  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  23.04 
 
 
352 aa  53.1  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.51 
 
 
236 aa  53.1  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0236133  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1444  Crp/Fnr family transcriptional regulator  21 
 
 
236 aa  53.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.920255  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1262  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.22 
 
 
222 aa  53.5  0.000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.247212  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  21.54 
 
 
230 aa  53.1  0.000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02063  transcriptional regulator of aerobic, anaerobic respiration, osmotic balance (CAMP-binding family) protein  22.87 
 
 
222 aa  52.8  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00714534  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  20.81 
 
 
243 aa  53.1  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>