More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3145 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3145  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 220 aa  444  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2210  GntR family transcriptional regulator  44.08 
 
 		 236 aa  162  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0360  GntR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 220 aa  137  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.200246  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5197  transcriptional regulator, GntR family  35.41 
 
 		 219 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.477284  normal  0.133192 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5467  transcriptional regulator, GntR family  35.41 
 
 		 225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.660908  normal  0.362752 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5699  transcriptional regulator, GntR family  31.63 
 
 		 231 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.417067  normal  0.240474 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 222 aa  85.1  7e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2569  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 227 aa  82.4  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5350  transcriptional regulator, GntR family  31.53 
 
 		 239 aa  81.6  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  29.44 
 
 		 222 aa  80.9  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  28.71 
 
 		 212 aa  79.3  0.00000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5406  transcriptional regulator, GntR family  30.54 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  hitchhiker  0.00193724 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 222 aa  79.3  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  28.24 
 
 		 223 aa  79  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2162  transcriptional regulator, GntR family  29.06 
 
 		 262 aa  77.8  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173243  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2501  transcriptional regulator, GntR family  29.06 
 
 		 262 aa  77  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365709  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 212 aa  76.6  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1522  transcriptional regulator, GntR family  27.64 
 
 		 218 aa  76.6  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0498481 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3193  transcriptional regulator, GntR family  26.47 
 
 		 225 aa  76.3  0.0000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.367816  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0481  GntR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 214 aa  75.9  0.0000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0496  GntR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 214 aa  75.9  0.0000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.118787  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  27.45 
 
 		 223 aa  75.5  0.0000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1352  transcriptional regulator, GntR family  26.37 
 
 		 228 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  27.72 
 
 		 227 aa  75.1  0.0000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3247  GntR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 230 aa  74.7  0.0000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0450  GntR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 224 aa  75.1  0.0000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.256428  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0383  GntR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 224 aa  75.1  0.0000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000295575  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  27.75 
 
 		 244 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 222 aa  74.7  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  27.83 
 
 		 226 aa  73.9  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 219 aa  73.6  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0702  GntR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 240 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0185  transcriptional regulator, GntR family  31.73 
 
 		 222 aa  72.8  0.000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.27943  normal  0.15963 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1420  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 236 aa  72.4  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0611  GntR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 222 aa  72.8  0.000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176506  normal  0.0227892 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 223 aa  72.4  0.000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  28.36 
 
 		 223 aa  72.4  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1161  transcriptional regulator GntR  25.37 
 
 		 228 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.480758  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2747  transcriptional regulator, GntR family  25.74 
 
 		 233 aa  72  0.000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.756614  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  28.23 
 
 		 241 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31590  transcriptional regulator, GntR family  33.89 
 
 		 244 aa  71.2  0.00000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  27.18 
 
 		 254 aa  71.2  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 211 aa  70.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  25.59 
 
 		 219 aa  70.1  0.00000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2118  GntR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 233 aa  69.7  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.654279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6216  transcriptional regulator, GntR family  26.89 
 
 		 249 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.468686  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3552  GntR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 236 aa  69.7  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.430063  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0216  transcriptional regulator, GntR family  24.15 
 
 		 290 aa  70.1  0.00000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.183078  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1214  GntR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 220 aa  69.3  0.00000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000309103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1713  transcriptional regulator, GntR family  26.96 
 
 		 219 aa  69.7  0.00000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.725183  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  27.88 
 
 		 233 aa  69.3  0.00000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 229 aa  68.9  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 227 aa  68.9  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3241  transcriptional regulator, GntR family  29.33 
 
 		 218 aa  68.6  0.00000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 265 aa  68.6  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  25.81 
 
 		 239 aa  68.6  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 254 aa  68.6  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5802  GntR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 227 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154475  normal  0.167902 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2107  GntR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 244 aa  67.8  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0604546  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0982  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 222 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84517 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 241 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 214 aa  68.2  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2382  GntR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 232 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.672304  normal  0.779059 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1104  transcriptional regulator, GntR family  25.25 
 
 		 266 aa  67.4  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  28.71 
 
 		 227 aa  67.4  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  27.23 
 
 		 238 aa  67  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 260 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2754  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 231 aa  66.6  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 233 aa  66.2  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  28.43 
 
 		 229 aa  66.6  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4032  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 234 aa  66.2  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 211 aa  66.2  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 		 211 aa  66.6  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4211  transcriptional regulator, GntR family  29.05 
 
 		 220 aa  65.9  0.0000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.349011  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 255 aa  66.2  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1126  GntR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 219 aa  66.2  0.0000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.373714  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  28.93 
 
 		 233 aa  65.9  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2531  GntR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 242 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  28.5 
 
 		 231 aa  65.9  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3144  GntR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 242 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 242 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1101  GntR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 259 aa  65.9  0.0000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.178895 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  23.59 
 
 		 211 aa  65.5  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2460  putative GntR family regulatory protein  27.13 
 
 		 294 aa  65.5  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0419984 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2411  putative GntR family regulatory protein  27.13 
 
 		 294 aa  65.1  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0408929  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2619  putative GntR family regulatory protein  27.13 
 
 		 294 aa  65.1  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.390234  normal  0.158643 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2515  putative GntR family regulatory protein  27.13 
 
 		 294 aa  65.1  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.249401  normal  0.14976 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4056  transcriptional regulator, GntR family  27.31 
 
 		 231 aa  65.5  0.0000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6111  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 235 aa  65.1  0.0000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5221  transcriptional regulator, GntR family  26.37 
 
 		 218 aa  64.3  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.910392 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  24.76 
 
 		 226 aa  64.3  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 239 aa  63.9  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4726  transcriptional regulator, GntR family  27.23 
 
 		 277 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0963465  normal  0.842406 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>