238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2978 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 248 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  53.19 
 
 		 265 aa  261  6e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  50.87 
 
 		 268 aa  260  2e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  49.6 
 
 		 263 aa  257  1e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  50.21 
 
 		 275 aa  257  1e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  50.43 
 
 		 265 aa  254  7e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  50 
 
 		 238 aa  249  3e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  51.29 
 
 		 252 aa  248  9e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  51.29 
 
 		 265 aa  246  2e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  50.86 
 
 		 265 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2624  hypothetical protein  47.79 
 
 		 271 aa  221  9e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.547677 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  38.1 
 
 		 255 aa  186  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  37.39 
 
 		 255 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  36.52 
 
 		 255 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  35.68 
 
 		 255 aa  175  7e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  32.52 
 
 		 257 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  32.11 
 
 		 257 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2937  hypothetical protein  33.75 
 
 		 257 aa  169  3e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  31.71 
 
 		 257 aa  168  6e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  31.3 
 
 		 257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 255 aa  148  9e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  32.17 
 
 		 255 aa  122  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  31.84 
 
 		 248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 260 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  29.07 
 
 		 244 aa  101  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  29.63 
 
 		 257 aa  99.4  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  27.27 
 
 		 321 aa  97.8  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  29.96 
 
 		 262 aa  87.8  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1683  hypothetical protein  26.47 
 
 		 251 aa  84  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  30.21 
 
 		 256 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.82 
 
 		 251 aa  82  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  28.18 
 
 		 236 aa  79  0.00000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  26.82 
 
 		 238 aa  79  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  26.82 
 
 		 237 aa  77  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  30.66 
 
 		 242 aa  75.9  0.0000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  27.98 
 
 		 254 aa  72.4  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  25.35 
 
 		 228 aa  71.2  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1208  hypothetical protein  28.5 
 
 		 258 aa  71.6  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000699317  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.54 
 
 		 235 aa  69.7  0.00000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1916  extracellular solute-binding protein family 3  24.66 
 
 		 483 aa  67.4  0.0000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  24 
 
 		 248 aa  67.4  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2915  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.14 
 
 		 247 aa  66.6  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1585  hypothetical protein  26.67 
 
 		 248 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.35 
 
 		 604 aa  66.2  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  25.69 
 
 		 251 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  26.17 
 
 		 251 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  25.55 
 
 		 250 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  25.33 
 
 		 250 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1302  histidine kinase  25.96 
 
 		 596 aa  64.7  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000333005 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  25.6 
 
 		 632 aa  63.5  0.000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2102  histidine kinase  27.11 
 
 		 575 aa  63.2  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  25.34 
 
 		 598 aa  62.8  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1854  histidine kinase  26.58 
 
 		 578 aa  62  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.79 
 
 		 244 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  23.36 
 
 		 266 aa  61.2  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 		 241 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0881  extracellular solute-binding protein  21.52 
 
 		 269 aa  60.5  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  25.7 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  19.74 
 
 		 274 aa  60.5  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  25.7 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1774  histidine kinase  25.56 
 
 		 578 aa  60.5  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  24.31 
 
 		 269 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1910  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.67 
 
 		 256 aa  59.3  0.00000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0380327 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  25.23 
 
 		 264 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  25.23 
 
 		 264 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  25.32 
 
 		 251 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  25.23 
 
 		 264 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2765  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.35 
 
 		 401 aa  58.9  0.00000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  25 
 
 		 727 aa  58.5  0.0000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3228  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.11 
 
 		 609 aa  58.5  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  27.11 
 
 		 265 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  25.55 
 
 		 256 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 290 aa  57  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  25.11 
 
 		 256 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2175  histidine kinase  27.62 
 
 		 599 aa  55.8  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  25.45 
 
 		 248 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.31 
 
 		 1047 aa  55.1  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  24.32 
 
 		 264 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2081  histidine kinase  27.2 
 
 		 597 aa  54.3  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3623  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.41 
 
 		 620 aa  53.9  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.838333  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1037  histidine kinase  26.07 
 
 		 608 aa  53.9  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.8 
 
 		 681 aa  53.5  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0824  extracellular solute-binding protein  23.81 
 
 		 256 aa  53.5  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.471601 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  23.15 
 
 		 285 aa  53.5  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1459  cytidine deaminase  21.29 
 
 		 396 aa  53.1  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2439  extracellular solute-binding protein  22.58 
 
 		 259 aa  53.1  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.732764  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2487  extracellular solute-binding protein  22.58 
 
 		 259 aa  53.1  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3893  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.27 
 
 		 252 aa  53.1  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0156  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 		 307 aa  52.8  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  25 
 
 		 248 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  25.35 
 
 		 303 aa  52  0.000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  21.78 
 
 		 257 aa  52  0.000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.98 
 
 		 1055 aa  51.6  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0553  hypothetical protein  33.33 
 
 		 244 aa  51.6  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 		 283 aa  51.6  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1759  histidine kinase  28.07 
 
 		 596 aa  52  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.37697  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 		 262 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0131  glutamine transport system substrate-binding protein  29.46 
 
 		 285 aa  51.6  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.210199  normal  0.0525108 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2352  extracellular solute-binding protein family 3  22.13 
 
 		 275 aa  51.6  0.00001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.9341599999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5967  ABC-type amino acid transport/signal transduction periplasmic protein  24.9 
 
 		 275 aa  52  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.594037  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>