More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5967 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5967  ABC-type amino acid transport/signal transduction periplasmic protein  100 
 
 		 275 aa  546  1e-154  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.594037  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4637  extracellular solute-binding protein family 3  75.64 
 
 		 275 aa  441  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.350827  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6445  extracellular solute-binding protein family 3  76 
 
 		 275 aa  442  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0216332 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1819  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  60.38 
 
 		 275 aa  322  4e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309777  normal  0.651618 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4844  extracellular solute-binding protein family 3  59.62 
 
 		 275 aa  322  6e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.732367  normal  0.095648 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5110  extracellular solute-binding protein  60.4 
 
 		 279 aa  311  1e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.539737  hitchhiker  0.00536253 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1295  extracellular solute-binding protein  53.85 
 
 		 292 aa  276  3e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.914061  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0716  extracellular solute-binding protein  45.31 
 
 		 272 aa  222  6e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6090  extracellular solute-binding protein  40.59 
 
 		 285 aa  202  7e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1879  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.32 
 
 		 281 aa  161  9e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1953  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.32 
 
 		 281 aa  160  2e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450219  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4558  extracellular solute-binding protein  36.5 
 
 		 289 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.776949 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1147  extracellular solute-binding protein  33.94 
 
 		 280 aa  153  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.421653 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1064  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.44 
 
 		 289 aa  149  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00655066  normal  0.28594 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  33.84 
 
 		 265 aa  131  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  33.33 
 
 		 257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0156  extracellular solute-binding protein  33.83 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  33.21 
 
 		 266 aa  125  8.000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  32.7 
 
 		 266 aa  124  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  32.7 
 
 		 266 aa  124  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  32.7 
 
 		 266 aa  124  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  33.71 
 
 		 264 aa  122  5e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  33.08 
 
 		 265 aa  122  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  33.59 
 
 		 266 aa  122  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  33.59 
 
 		 266 aa  122  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  33.59 
 
 		 266 aa  122  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.96 
 
 		 264 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  33.59 
 
 		 266 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  33.59 
 
 		 266 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  34.11 
 
 		 250 aa  121  1.9999999999999998e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.2 
 
 		 266 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  32.44 
 
 		 266 aa  120  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  32.44 
 
 		 285 aa  120  3e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  32.21 
 
 		 264 aa  120  3e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  30.04 
 
 		 266 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  34.08 
 
 		 265 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  32.44 
 
 		 285 aa  119  7e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  32.45 
 
 		 260 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  32.44 
 
 		 266 aa  118  9e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0415  ABC transporter extracellular solute-binding protein  30.08 
 
 		 276 aa  118  9e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.162998 
 
 
-
 
NC_003296  RS02131  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.05 
 
 		 283 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1594  extracellular solute-binding protein  33.21 
 
 		 252 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.854968  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1961  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.44 
 
 		 250 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3441  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.3 
 
 		 250 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  32.06 
 
 		 266 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  29.24 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  32.06 
 
 		 266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4284  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.3 
 
 		 250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4082  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.3 
 
 		 250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.21 
 
 		 266 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  30.69 
 
 		 270 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  31.45 
 
 		 266 aa  116  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  32.06 
 
 		 266 aa  115  6e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.17 
 
 		 256 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.3 
 
 		 503 aa  114  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2357  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.34 
 
 		 253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.82 
 
 		 264 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 266 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  32.82 
 
 		 268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1487  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.55 
 
 		 250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3158  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.55 
 
 		 250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0137955  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3272  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.55 
 
 		 250 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  32.97 
 
 		 263 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  31.27 
 
 		 264 aa  112  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  29.12 
 
 		 260 aa  112  8.000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2098  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.17 
 
 		 250 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.230871  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.27 
 
 		 264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  33.84 
 
 		 264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  29.84 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1126  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.17 
 
 		 250 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  30.88 
 
 		 264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1406  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.17 
 
 		 250 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.584446  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.17 
 
 		 250 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  30.88 
 
 		 264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.74 
 
 		 489 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  31.05 
 
 		 264 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  30.74 
 
 		 489 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  31.05 
 
 		 264 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  31.05 
 
 		 264 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  29.2 
 
 		 266 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  28.79 
 
 		 266 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2798  extracellular solute-binding protein family 3  32 
 
 		 254 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.92 
 
 		 503 aa  109  5e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  33.47 
 
 		 264 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.3 
 
 		 489 aa  108  7.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  33.47 
 
 		 264 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 		 266 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 		 266 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  30.19 
 
 		 256 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2908  cystine transporter subunit  32.77 
 
 		 265 aa  108  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.647057  normal  0.0539473 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2005  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.77 
 
 		 262 aa  108  1e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  30.94 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3156  extracellular solute-binding protein  30.45 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0760439 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28 
 
 		 266 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  27.9 
 
 		 270 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  33.06 
 
 		 264 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  28 
 
 		 266 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  30.51 
 
 		 281 aa  107  2e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  30.57 
 
 		 256 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  28 
 
 		 266 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>