More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2282 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2433  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  67.32 
 
 		 508 aa  726    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0437248  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0346  formate hydrogenlyase transcriptional activator, putative  72.53 
 
 		 518 aa  775    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.501163 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3059  formate hydrogenlyase transcriptional activator, putative  68.84 
 
 		 508 aa  737    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1488  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  67.85 
 
 		 508 aa  734    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3367  response regulator receiver protein  76.38 
 
 		 508 aa  816    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2282  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 		 507 aa  1048    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2337  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.6 
 
 		 521 aa  410  1e-113  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  44.12 
 
 		 517 aa  399  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1282  putative GAF sensor protein  43.22 
 
 		 509 aa  395  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.91 
 
 		 509 aa  380  1e-104  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3125  putative sigma54 specific transcriptional regulator  41.99 
 
 		 703 aa  370  1e-101  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.189473  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  41.45 
 
 		 514 aa  370  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3126  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  39.8 
 
 		 684 aa  367  1e-100  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1300  putative phytochrome sensor protein  40.15 
 
 		 518 aa  354  2.9999999999999997e-96  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0361  Fis family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 681 aa  347  3e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3199  Fis family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 520 aa  346  6e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2456  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.36 
 
 		 525 aa  291  3e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0352047  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2552  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.36 
 
 		 525 aa  290  3e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2429  NifA subfamily transcriptional regulator  45.93 
 
 		 522 aa  291  3e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0629809 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1401  NifA subfamily transcriptional regulator  46.36 
 
 		 562 aa  290  5.0000000000000004e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.63 
 
 		 635 aa  289  7e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  46.5 
 
 		 575 aa  288  1e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.98 
 
 		 653 aa  288  2e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.88 
 
 		 481 aa  286  8e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.33 
 
 		 515 aa  284  3.0000000000000004e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.66 
 
 		 1082 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  43.68 
 
 		 806 aa  283  5.000000000000001e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.03 
 
 		 601 aa  282  9e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  43.35 
 
 		 629 aa  281  1e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  45.73 
 
 		 641 aa  282  1e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  43.35 
 
 		 629 aa  281  2e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  43.64 
 
 		 630 aa  281  2e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  39.69 
 
 		 551 aa  280  3e-74  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1742  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.95 
 
 		 346 aa  280  3e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 664 aa  281  3e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.3 
 
 		 693 aa  281  3e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  45.09 
 
 		 551 aa  281  3e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.48 
 
 		 602 aa  280  4e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  46.23 
 
 		 556 aa  280  4e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.73 
 
 		 541 aa  280  4e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.98 
 
 		 488 aa  279  7e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  35.51 
 
 		 687 aa  279  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.44 
 
 		 670 aa  279  9e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.31 
 
 		 664 aa  278  1e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  35.32 
 
 		 692 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 510 aa  278  1e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  35.25 
 
 		 692 aa  278  1e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  35.32 
 
 		 692 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  35.06 
 
 		 692 aa  278  2e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.06 
 
 		 692 aa  278  2e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  35.06 
 
 		 692 aa  278  2e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  35.06 
 
 		 692 aa  278  2e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  35.06 
 
 		 692 aa  278  2e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  35.32 
 
 		 687 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  35.32 
 
 		 692 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  35.25 
 
 		 692 aa  277  3e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  44.65 
 
 		 473 aa  276  6e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  35.25 
 
 		 692 aa  276  6e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.573281 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.95 
 
 		 670 aa  276  7e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  40.2 
 
 		 670 aa  276  7e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  40.2 
 
 		 670 aa  276  7e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  39.95 
 
 		 670 aa  276  8e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  39.95 
 
 		 668 aa  276  9e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  45.26 
 
 		 516 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  39.71 
 
 		 648 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.55 
 
 		 648 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  42.98 
 
 		 639 aa  274  3e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  35.47 
 
 		 733 aa  274  3e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 687 aa  274  3e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.51 
 
 		 457 aa  273  4.0000000000000004e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  39.71 
 
 		 670 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  35.12 
 
 		 690 aa  273  5.000000000000001e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.64 
 
 		 875 aa  273  6e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  35.89 
 
 		 688 aa  273  7e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  41.27 
 
 		 674 aa  272  9e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.05 
 
 		 544 aa  272  9e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1348  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.5 
 
 		 461 aa  272  1e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.01 
 
 		 515 aa  271  1e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  45.6 
 
 		 726 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.38 
 
 		 561 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  45.17 
 
 		 522 aa  270  2.9999999999999997e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  51.71 
 
 		 539 aa  270  5e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44 
 
 		 501 aa  270  5.9999999999999995e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.534742  normal  0.477934 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1763  putative PAS/PAC sensor protein  50.19 
 
 		 698 aa  269  7e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  52.74 
 
 		 544 aa  269  7e-71  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  39.37 
 
 		 533 aa  269  8.999999999999999e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  45.02 
 
 		 647 aa  268  1e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4327  Sigma 54 interacting domain protein  38.52 
 
 		 507 aa  269  1e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.945677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  43.93 
 
 		 480 aa  268  1e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  50.81 
 
 		 542 aa  268  2e-70  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  53.42 
 
 		 549 aa  268  2e-70  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 342 aa  266  5e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  43.24 
 
 		 479 aa  266  8e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 537 aa  266  8e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1487  sigma-L-dependent transcriptional regulator  41.48 
 
 		 696 aa  266  8e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.92 
 
 		 723 aa  266  8.999999999999999e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.63 
 
 		 724 aa  265  1e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 348 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0268  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.71 
 
 		 651 aa  265  1e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 473 aa  265  2e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>