256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_4004 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_4004  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 269 aa  553  1e-157  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.174802  normal  0.249031 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3422  response regulator receiver domain-containing protein  34.52 
 
 		 291 aa  93.2  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00728631 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3622  response regulator receiver protein  39 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 258 aa  72.4  0.000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  37 
 
 		 275 aa  71.6  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  36.79 
 
 		 272 aa  70.5  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01349  regulatory protein  31.25 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0319179  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2966  response regulator receiver protein  30.15 
 
 		 274 aa  68.9  0.00000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  38.53 
 
 		 239 aa  68.9  0.00000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  34.19 
 
 		 273 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 265 aa  67.8  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2437  response regulator receiver protein  27.62 
 
 		 273 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.2489 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  31.53 
 
 		 276 aa  67.4  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  34.31 
 
 		 268 aa  67  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  33.64 
 
 		 266 aa  67  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  36.05 
 
 		 265 aa  66.6  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  37.27 
 
 		 255 aa  66.6  0.0000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  41.18 
 
 		 268 aa  66.6  0.0000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  36 
 
 		 280 aa  64.7  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1744  response regulator receiver protein  27.68 
 
 		 262 aa  63.9  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0469005  normal  0.152737 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 317 aa  63.2  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00073  RpfD regulatory protein  26.56 
 
 		 304 aa  62.8  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.133671  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3052  response regulator receiver protein  31.78 
 
 		 286 aa  62  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.995859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  31.96 
 
 		 268 aa  61.6  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  29.57 
 
 		 261 aa  61.2  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  37.21 
 
 		 275 aa  60.5  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1822  response regulator receiver protein  23.78 
 
 		 300 aa  60.5  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.332263  normal  0.137599 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.67 
 
 		 266 aa  59.7  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  37.89 
 
 		 260 aa  59.7  0.00000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  38.03 
 
 		 239 aa  59.7  0.00000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  31.07 
 
 		 242 aa  58.9  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3896  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.48 
 
 		 245 aa  58.2  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12140  response regulator of the LytR/AlgR family  28.8 
 
 		 255 aa  58.5  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.36 
 
 		 238 aa  58.2  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.46 
 
 		 257 aa  58.5  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  30.77 
 
 		 246 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  29.67 
 
 		 246 aa  57.4  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  29.67 
 
 		 246 aa  57.4  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  29.67 
 
 		 246 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  29.67 
 
 		 246 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  29.67 
 
 		 246 aa  57.4  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4820  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.89 
 
 		 244 aa  57.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.334432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  30.77 
 
 		 246 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1191  response regulator receiver protein  38.71 
 
 		 518 aa  57.8  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  34.38 
 
 		 249 aa  57.4  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6324  response regulator receiver protein  27.2 
 
 		 253 aa  57.4  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  29.67 
 
 		 246 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03103  Response regulator of the LytR/AlgR family protein  49.06 
 
 		 253 aa  56.2  0.0000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00580184  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  29.82 
 
 		 259 aa  56.2  0.0000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.58 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2342  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.6 
 
 		 240 aa  55.8  0.0000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0697143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  28.57 
 
 		 246 aa  55.5  0.0000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.94 
 
 		 231 aa  54.7  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  24.35 
 
 		 248 aa  55.1  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3377  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.29 
 
 		 319 aa  55.1  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.97 
 
 		 246 aa  54.7  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  29.67 
 
 		 246 aa  55.1  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3964  hypothetical protein  26.84 
 
 		 294 aa  55.1  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  27.18 
 
 		 254 aa  54.3  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3427  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.36 
 
 		 256 aa  54.3  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.239231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  25.74 
 
 		 229 aa  54.3  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  28.74 
 
 		 236 aa  53.9  0.000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.73 
 
 		 281 aa  53.1  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3893  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 277 aa  52.8  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.493272  normal  0.267267 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  32.61 
 
 		 250 aa  53.1  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5746  response regulator receiver protein  31.3 
 
 		 298 aa  52.8  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0504  response regulator receiver protein  29.81 
 
 		 139 aa  53.1  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4129  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.65 
 
 		 271 aa  52.8  0.000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  29.67 
 
 		 276 aa  52.8  0.000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.46 
 
 		 245 aa  52.8  0.000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  27.47 
 
 		 246 aa  52.8  0.000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.02 
 
 		 235 aa  52.8  0.000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.94 
 
 		 231 aa  52.4  0.000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3480  putative methyl-accepting/DNA response regulator  33.33 
 
 		 214 aa  52.4  0.000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0914796 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1862  putative methyl-accepting/DNA response regulator  33.33 
 
 		 214 aa  52.4  0.000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  22.97 
 
 		 235 aa  52  0.000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.65 
 
 		 232 aa  51.6  0.00001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.8 
 
 		 224 aa  51.6  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  30.43 
 
 		 244 aa  51.6  0.00001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1703  transcriptional regulatory protein  33.33 
 
 		 214 aa  52  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  28.16 
 
 		 248 aa  52  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.6 
 
 		 242 aa  51.6  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6368  response regulator receiver protein  32.88 
 
 		 257 aa  51.6  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.52551 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1947  methyl-accepting/DNA response regulator, putative  33.82 
 
 		 214 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1725  methyl-accepting/DNA response regulator  33.82 
 
 		 214 aa  51.6  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.46 
 
 		 230 aa  50.8  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1677  transcriptional regulatory protein  33.82 
 
 		 214 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1861  methyl-accepting/DNA response regulator  33.82 
 
 		 214 aa  51.6  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  27.59 
 
 		 237 aa  51.6  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.6 
 
 		 227 aa  51.2  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.43 
 
 		 244 aa  50.8  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1227  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.26 
 
 		 277 aa  50.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.299238  normal  0.813842 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  26.83 
 
 		 237 aa  50.8  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.65 
 
 		 257 aa  51.2  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1899  putative methyl-accepting/DNA response regulator  33.82 
 
 		 214 aa  51.6  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12230  response regulator of the LytR/AlgR family  29.41 
 
 		 242 aa  51.2  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1290  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.63 
 
 		 277 aa  51.2  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.212023 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.55 
 
 		 240 aa  50.8  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  22.14 
 
 		 243 aa  50.4  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>