69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03103 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03103  Response regulator of the LytR/AlgR family protein  100 
 
 		 253 aa  531  1e-150  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00580184  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  27.62 
 
 		 276 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  28.86 
 
 		 275 aa  72  0.000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  27.27 
 
 		 272 aa  72  0.000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  28.65 
 
 		 273 aa  67  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  25.7 
 
 		 268 aa  65.9  0.0000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  25.7 
 
 		 266 aa  63.9  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  28.41 
 
 		 265 aa  64.3  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 265 aa  63.5  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  27.75 
 
 		 280 aa  62.8  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  39.08 
 
 		 275 aa  59.7  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  37.97 
 
 		 268 aa  57.4  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  24.24 
 
 		 268 aa  57.4  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  30.93 
 
 		 276 aa  57  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4004  response regulator receiver domain-containing protein  49.06 
 
 		 269 aa  56.2  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.174802  normal  0.249031 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  23.6 
 
 		 255 aa  55.1  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  36.14 
 
 		 261 aa  54.7  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  21.69 
 
 		 246 aa  54.3  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  21.69 
 
 		 246 aa  54.3  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 254 aa  52.8  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  23.56 
 
 		 246 aa  52.8  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  24.71 
 
 		 236 aa  52.4  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.71 
 
 		 256 aa  52  0.000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6684  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 243 aa  52  0.000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  24 
 
 		 255 aa  52  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3893  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 277 aa  51.2  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.493272  normal  0.267267 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3622  response regulator receiver protein  31.76 
 
 		 301 aa  50.4  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.81 
 
 		 237 aa  50.4  0.00003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  22.99 
 
 		 246 aa  49.7  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  22.99 
 
 		 246 aa  49.7  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  22.99 
 
 		 246 aa  49.7  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  22.99 
 
 		 246 aa  49.7  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  22.45 
 
 		 239 aa  49.7  0.00005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1065  response regulator receiver protein  23.16 
 
 		 249 aa  49.7  0.00005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.251377  normal  0.725191 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  22.99 
 
 		 246 aa  48.5  0.00009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  22.99 
 
 		 246 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4280  response regulator receiver protein  26.85 
 
 		 269 aa  48.1  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4126  response regulator receiver protein  26.85 
 
 		 269 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.217512  normal  0.408771 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  21.98 
 
 		 246 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  21.98 
 
 		 246 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4051  response regulator receiver protein  26.85 
 
 		 269 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.243327  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  25.17 
 
 		 261 aa  46.6  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  21.26 
 
 		 246 aa  47  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  26.01 
 
 		 263 aa  46.6  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  23.56 
 
 		 246 aa  46.6  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  26.01 
 
 		 263 aa  46.2  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  29.27 
 
 		 254 aa  45.8  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3422  response regulator receiver domain-containing protein  31.71 
 
 		 291 aa  45.8  0.0007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00728631 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  19.43 
 
 		 242 aa  45.4  0.0009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2143  response regulator receiver protein  46.15 
 
 		 265 aa  44.7  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.390763  normal  0.164671 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3116  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.97 
 
 		 235 aa  44.7  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2025  two-component response regulator  24.57 
 
 		 252 aa  45.1  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4560  response regulator receiver protein  40 
 
 		 269 aa  45.1  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.850639 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 258 aa  44.3  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.44 
 
 		 242 aa  43.9  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  24 
 
 		 252 aa  43.5  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  23.08 
 
 		 244 aa  43.5  0.003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0067  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.6 
 
 		 275 aa  43.5  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  25.51 
 
 		 239 aa  43.1  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.82 
 
 		 232 aa  43.1  0.004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  28.04 
 
 		 248 aa  42.7  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3172  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.1 
 
 		 258 aa  42.7  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00901875  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  22.58 
 
 		 240 aa  42.4  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2282  response regulator receiver protein  25 
 
 		 276 aa  42.4  0.007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.81  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6368  response regulator receiver protein  32.5 
 
 		 257 aa  42.4  0.007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.52551 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  21.05 
 
 		 260 aa  42  0.008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.18 
 
 		 228 aa  42  0.008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01349  regulatory protein  28.57 
 
 		 294 aa  42.4  0.008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0319179  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  32.73 
 
 		 250 aa  42  0.01  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>