More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4445 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4445  response regulator/sensor histidine kinase  100 
 
 		 1141 aa  2352    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0288  Hpt sensor hybrid histidine kinase  89.54 
 
 		 1141 aa  2121    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0979  sensor histidine kinase  25.23 
 
 		 1574 aa  334  6e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449169 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3011  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.79 
 
 		 1436 aa  324  6e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.701044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4605  histidine protein kinase  37.43 
 
 		 1309 aa  323  9.999999999999999e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.292459  normal  0.0589738 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4966  two-component sensor response receiver component, histidine kinase  29.77 
 
 		 951 aa  323  9.999999999999999e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.292915 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3358  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.03 
 
 		 1436 aa  314  5.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.504651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0358  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.12 
 
 		 1485 aa  308  5.0000000000000004e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4701  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.39 
 
 		 1237 aa  305  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.473456  normal  0.0283242 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4067  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.85 
 
 		 1490 aa  301  6e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3226  Hpt sensor hybrid histidine kinase  29.07 
 
 		 1251 aa  300  1e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0796968  normal  0.806997 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0633  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.12 
 
 		 1480 aa  297  8e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.461456  normal  0.141694 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4640  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.73 
 
 		 1194 aa  288  5e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0814409  normal  0.0127622 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  31.21 
 
 		 1763 aa  283  1e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.85 
 
 		 1165 aa  282  3e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3164  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.5 
 
 		 1245 aa  280  1e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.26571  hitchhiker  0.00125378 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5724  two-component regulatory system sensory histidine kinase  35.56 
 
 		 784 aa  279  3e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3079  composite two component sensor histidine kinase and response regulator hybrid transcription regulator protein  31.45 
 
 		 994 aa  278  4e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0449118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4255  PAS/PAC sensor, hybrid histidine kinase  32.57 
 
 		 1418 aa  270  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.377123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.53 
 
 		 812 aa  268  4e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.37 
 
 		 1326 aa  267  7e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.129878 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.69 
 
 		 816 aa  267  8e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1548  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.85 
 
 		 929 aa  266  1e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0366  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.24 
 
 		 1266 aa  266  1e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.926091  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3920  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  34.91 
 
 		 758 aa  266  1e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2063  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 		 1622 aa  266  1e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578386 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2946  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 		 1303 aa  266  2e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0484  multi-sensor histidine kinase  31.74 
 
 		 1255 aa  265  4e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.908962 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0067  signal transduction histidine kinase-like protein protein  32.67 
 
 		 1021 aa  265  4e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03530  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.13 
 
 		 932 aa  264  6.999999999999999e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1782  sensor histidine kinase/response regulator  31.51 
 
 		 783 aa  263  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 		 1768 aa  262  2e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1864  Hpt sensor hybrid histidine kinase  27.13 
 
 		 1069 aa  262  3e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0404414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1047  hybrid sensory histidine kinase BarA  30.66 
 
 		 952 aa  262  3e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.017027  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2394  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.83 
 
 		 1788 aa  261  4e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0407078 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003637  hypothetical protein  34.89 
 
 		 1055 aa  261  8e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2958  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.65 
 
 		 914 aa  260  1e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0730745  normal  0.010886 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.82 
 
 		 916 aa  259  2e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2369  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.46 
 
 		 1316 aa  259  2e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3612  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.54 
 
 		 770 aa  259  2e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.019984 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0628  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.45 
 
 		 1765 aa  258  5e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3612  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  33.46 
 
 		 796 aa  258  7e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.463414  normal  0.719468 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.09 
 
 		 833 aa  257  7e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0290  histidine kinase  33.77 
 
 		 931 aa  257  1.0000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000039083 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1768  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.49 
 
 		 1033 aa  257  1.0000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.046039  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  30.4 
 
 		 1331 aa  256  1.0000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0419  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.02 
 
 		 1260 aa  255  4.0000000000000004e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.784662  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2787  Hpt sensor hybrid histidine kinase  30.99 
 
 		 909 aa  253  1e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0319908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1911  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.17 
 
 		 787 aa  253  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0413731  normal  0.503462 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0500  histidine kinase  28.87 
 
 		 922 aa  253  2e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3979  histidine kinase  34.24 
 
 		 778 aa  251  6e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.405731  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002502  BarA sensory histidine kinase  30.66 
 
 		 932 aa  251  7e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1691  sensor histidine kinase/response regulator GacS  31.88 
 
 		 917 aa  250  1e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1392  PAS sensor protein  31.07 
 
 		 977 aa  249  2e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.802774  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5043  PAS  30.82 
 
 		 855 aa  249  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.563138  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02212  Signal transduction histidine kinase  32.56 
 
 		 1054 aa  249  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1252  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.77 
 
 		 917 aa  249  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.376653  hitchhiker  0.0000592891 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1769  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.04 
 
 		 782 aa  249  2e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497012  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0066  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.14 
 
 		 721 aa  249  3e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0459  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.9 
 
 		 1230 aa  248  4.9999999999999997e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.328016  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4165  sensory box histidine kinase/response regulator  33.64 
 
 		 1683 aa  248  6e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.418603  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1031  hybrid sensory histidine kinase BarA  30.28 
 
 		 941 aa  248  6e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.581247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0223  PAS  31.56 
 
 		 1214 aa  248  6.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3120  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  32.3 
 
 		 1653 aa  247  8e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34990  integral membrane hybrid histidine protein kinase  33.16 
 
 		 914 aa  246  9.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1949  two component hybrid histidine kinase/sensor response regulator  33.21 
 
 		 833 aa  247  9.999999999999999e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1180  hybrid sensory histidine kinase BarA  29.92 
 
 		 929 aa  247  9.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.175711  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0463  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.69 
 
 		 1314 aa  246  9.999999999999999e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.332875  normal  0.985136 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3119  Signal transduction histidine kinase-like  30.78 
 
 		 861 aa  246  1.9999999999999999e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.6 
 
 		 1234 aa  246  1.9999999999999999e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.881781  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2520  hybrid sensory histidine kinase BarA  29.5 
 
 		 929 aa  245  3e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.314221  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0627  histidine kinase  31.5 
 
 		 1200 aa  245  3e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4322  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.97 
 
 		 1245 aa  245  3.9999999999999997e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2240  sensor/response regulator hybrid  32.66 
 
 		 942 aa  245  3.9999999999999997e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00499034 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0790  hybrid sensory histidine kinase BarA  31.37 
 
 		 906 aa  244  7e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.437862  normal  0.397369 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0602  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.08 
 
 		 1057 aa  244  7e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.862038  hitchhiker  0.00157552 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3731  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.58 
 
 		 1238 aa  244  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2502  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.2 
 
 		 957 aa  244  7.999999999999999e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000217317 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3698  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  31.03 
 
 		 917 aa  244  9e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.34744  hitchhiker  0.00600076 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4410  virulence sensor protein BvgS  27.11 
 
 		 948 aa  244  9e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.213714  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3788  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.58 
 
 		 1238 aa  244  9e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0482  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.45 
 
 		 1681 aa  244  9e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0537  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.58 
 
 		 1238 aa  244  1e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 		 1238 aa  243  1e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4067  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.57 
 
 		 917 aa  242  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125923  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1875  histidine kinase  33.07 
 
 		 785 aa  242  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0661847  normal  0.240097 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.75 
 
 		 1193 aa  242  2.9999999999999997e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.802864 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1950  PAS sensor protein  29.54 
 
 		 1179 aa  242  2.9999999999999997e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.488377  hitchhiker  0.000911769 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0903  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.08 
 
 		 977 aa  242  2.9999999999999997e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.393558  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1450  histidine kinase  33.47 
 
 		 785 aa  242  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.106734  normal  0.251272 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2891  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  30.53 
 
 		 858 aa  241  4e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.432629 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0747  signal transduction histidine kinase-like protein  30.7 
 
 		 1287 aa  242  4e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1650  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.52 
 
 		 917 aa  241  5e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.1856 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0577  sensory box histidine kinase/response regulator  33.33 
 
 		 1188 aa  241  5e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2370  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.47 
 
 		 1433 aa  241  5e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3840  histidine kinase  33.07 
 
 		 785 aa  241  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0989388  normal  0.369399 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4963  two-component sensor response receiver component, histidine kinase  29.6 
 
 		 1122 aa  241  5.999999999999999e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.341676 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2367  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.41 
 
 		 949 aa  241  5.999999999999999e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000101959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0720  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  32.41 
 
 		 949 aa  241  6.999999999999999e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00107574  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0480  putative PAS/PAC sensor protein  32.39 
 
 		 1686 aa  241  6.999999999999999e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>