More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2240 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2240  sensor/response regulator hybrid  100 
 
 
942 aa  1936    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00499034 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3698  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  34.71 
 
 
917 aa  506  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.34744  hitchhiker  0.00600076 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1212  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.21 
 
 
919 aa  505  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.979568  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.03 
 
 
916 aa  503  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0675189  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1691  sensor histidine kinase/response regulator GacS  36.8 
 
 
917 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4582  sensor/response regulator hybrid  35.62 
 
 
925 aa  492  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4222  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.07 
 
 
922 aa  490  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.588582  normal  0.325016 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52260  sensor/response regulator hybrid  35.65 
 
 
925 aa  491  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.173365 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1252  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.97 
 
 
917 aa  493  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.376653  hitchhiker  0.0000592891 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37090  alginate regulatory hybrid histidine protein kinase GacS  37.19 
 
 
905 aa  481  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0555684  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2241  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.18 
 
 
956 aa  480  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.87793  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1650  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.32 
 
 
917 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.1856 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4067  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.45 
 
 
917 aa  472  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125923  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03530  hybrid sensory histidine kinase BarA  37.87 
 
 
932 aa  465  1e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002502  BarA sensory histidine kinase  36.68 
 
 
932 aa  460  9.999999999999999e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3355  hybrid sensory histidine kinase BarA  36.04 
 
 
937 aa  462  9.999999999999999e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0869798  hitchhiker  0.00259338 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1180  hybrid sensory histidine kinase BarA  35.29 
 
 
929 aa  456  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.175711  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2032  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.89 
 
 
927 aa  455  1.0000000000000001e-126  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0864566  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1285  hybrid sensory histidine kinase BarA  36.39 
 
 
937 aa  452  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000242189 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3550  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.95 
 
 
928 aa  446  1e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.189146  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3391  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.16 
 
 
931 aa  440  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1031  hybrid sensory histidine kinase BarA  37.44 
 
 
941 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.581247  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1200  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.8 
 
 
933 aa  437  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.930165  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3238  hybrid sensory histidine kinase BarA  35.58 
 
 
918 aa  433  1e-120  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.943664  normal  0.0194611 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2767  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.5 
 
 
933 aa  432  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.294821  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1223  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.62 
 
 
933 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.915072  hitchhiker  0.00275603 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0528  hybrid sensory histidine kinase BarA  37.09 
 
 
926 aa  430  1e-119  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.178759  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3117  hybrid sensory histidine kinase BarA  35.3 
 
 
918 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.306406  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3146  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.62 
 
 
933 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.155765  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3278  hybrid sensory histidine kinase BarA  35.43 
 
 
918 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.225719 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0813  hybrid sensory histidine kinase BarA  32.78 
 
 
922 aa  432  1e-119  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.325502  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3164  hybrid sensory histidine kinase BarA  35.43 
 
 
918 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0703153 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3180  hybrid sensory histidine kinase BarA  35.43 
 
 
918 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.359202 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3099  hybrid sensory histidine kinase BarA  35.43 
 
 
918 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.528607  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3291  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.5 
 
 
933 aa  428  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.59315  hitchhiker  0.0011455 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1635  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.37 
 
 
930 aa  427  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.386153  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3148  hybrid sensory histidine kinase BarA  32.47 
 
 
932 aa  429  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0238696  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1191  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.7 
 
 
950 aa  424  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000146059  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1109  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.62 
 
 
935 aa  425  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.715392 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0847  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.62 
 
 
918 aa  422  1e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0185431  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3457  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.24 
 
 
935 aa  422  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2520  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.84 
 
 
929 aa  411  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.314221  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4117  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.55 
 
 
948 aa  409  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.598015  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0986  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.13 
 
 
921 aa  398  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000725177  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3322  hybrid sensory histidine kinase BarA  32.89 
 
 
930 aa  393  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000885025  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1250  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.11 
 
 
936 aa  385  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3451  hybrid sensory histidine kinase BarA  32.81 
 
 
942 aa  386  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0803484  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1887  transmission sensor LetS  29.74 
 
 
910 aa  370  1e-101  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1876  transmission sensor LetS  31.62 
 
 
910 aa  363  8e-99  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0507  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.74 
 
 
1045 aa  360  6e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1548  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.72 
 
 
929 aa  358  2.9999999999999997e-97  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00490  sensor protein BarA  32.17 
 
 
1042 aa  345  2e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.49 
 
 
1363 aa  335  2e-90  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  34.68 
 
 
1177 aa  333  8e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.38 
 
 
1202 aa  330  9e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0258  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.11 
 
 
1040 aa  329  1.0000000000000001e-88  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.119641 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  32.99 
 
 
1442 aa  329  2.0000000000000001e-88  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  37.41 
 
 
1346 aa  323  9.000000000000001e-87  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.62 
 
 
1326 aa  323  9.999999999999999e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.129878 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1268  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.5 
 
 
1069 aa  322  1.9999999999999998e-86  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1767 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1576  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.68 
 
 
1267 aa  321  3e-86  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0979  sensor histidine kinase  33.14 
 
 
1574 aa  321  5e-86  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449169 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  33.08 
 
 
1014 aa  320  6e-86  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1767 aa  320  7e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3920  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  36.47 
 
 
758 aa  320  7.999999999999999e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1117  ATPase domain-containing protein  36.78 
 
 
847 aa  318  2e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.511479  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.55 
 
 
1369 aa  316  9.999999999999999e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  33.09 
 
 
1765 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.75 
 
 
927 aa  315  3.9999999999999997e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  33 
 
 
1767 aa  314  5.999999999999999e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0829  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.48 
 
 
1240 aa  313  7.999999999999999e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  31.98 
 
 
1135 aa  312  2e-83  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1598  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.17 
 
 
964 aa  312  2e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.349888 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0240  Hpt sensor hybrid histidine kinase  31.3 
 
 
1005 aa  311  2.9999999999999997e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.12 
 
 
916 aa  311  4e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1616  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.91 
 
 
1240 aa  311  4e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98218  normal  0.696471 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1949  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.62 
 
 
1397 aa  310  6.999999999999999e-83  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.539898  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3526  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
920 aa  310  1.0000000000000001e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00161337  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.73 
 
 
1550 aa  309  2.0000000000000002e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  36.65 
 
 
1763 aa  308  3e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0678  ammonium transporter  36.75 
 
 
1322 aa  308  4.0000000000000004e-82  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760367  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.63 
 
 
921 aa  307  5.0000000000000004e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0790  hybrid sensory histidine kinase BarA  36.35 
 
 
906 aa  307  6e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.437862  normal  0.397369 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0903  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.4 
 
 
977 aa  306  9.000000000000001e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.393558  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0617  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.81 
 
 
1398 aa  306  1.0000000000000001e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.536457  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1977  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.21 
 
 
1072 aa  306  1.0000000000000001e-81  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732577  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2674  multi-sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 
1305 aa  305  2.0000000000000002e-81  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1392  PAS sensor protein  36.46 
 
 
977 aa  305  3.0000000000000004e-81  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.802774  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.76 
 
 
812 aa  304  6.000000000000001e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0223  PAS  31.33 
 
 
1214 aa  304  6.000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.06 
 
 
1782 aa  303  7.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  32.08 
 
 
1331 aa  303  8.000000000000001e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3164  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.87 
 
 
1245 aa  303  9e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.26571  hitchhiker  0.00125378 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  34.97 
 
 
2213 aa  301  3e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3652  Signal transduction histidine kinase-like  32.66 
 
 
765 aa  301  4e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.471696  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  36.05 
 
 
923 aa  301  5e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1596  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.55 
 
 
705 aa  300  6e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.67 
 
 
816 aa  300  8e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3505  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.97 
 
 
1784 aa  300  9e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>