More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0290 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0290  histidine kinase  100 
 
 
931 aa  1910    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000039083 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4645  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.63 
 
 
948 aa  994    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0067  signal transduction histidine kinase-like protein protein  41.7 
 
 
1021 aa  654    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3788  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.58 
 
 
1042 aa  631  1e-179  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2488  ribosomal-protein-alanine acetyltransferase  41.17 
 
 
1109 aa  376  1e-102  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.876623  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3120  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  41.29 
 
 
1653 aa  373  1e-102  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1512  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.62 
 
 
1480 aa  368  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0878697 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2502  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.01 
 
 
957 aa  360  7e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000217317 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1381  Signal transduction histidine kinase-like protein  41.65 
 
 
1468 aa  360  9.999999999999999e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.770562  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.81 
 
 
1326 aa  353  8.999999999999999e-96  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.129878 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  38.76 
 
 
2213 aa  347  7e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  33.47 
 
 
1765 aa  343  5.999999999999999e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  40.08 
 
 
1763 aa  343  1e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.43 
 
 
1768 aa  342  1e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.25 
 
 
916 aa  342  1e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.43 
 
 
1767 aa  342  2e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.84 
 
 
833 aa  341  4e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0628  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.04 
 
 
1765 aa  340  5.9999999999999996e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0961  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.66 
 
 
1611 aa  338  1.9999999999999998e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100608  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  37.93 
 
 
1177 aa  338  2.9999999999999997e-91  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1096  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.53 
 
 
1548 aa  337  5e-91  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.363033 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3119  Signal transduction histidine kinase-like  37.97 
 
 
861 aa  337  5e-91  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.4 
 
 
1767 aa  337  5e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3164  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.9 
 
 
1245 aa  335  2e-90  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.26571  hitchhiker  0.00125378 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.21 
 
 
1767 aa  335  3e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1949  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.37 
 
 
1397 aa  334  4e-90  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.539898  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  37.81 
 
 
1351 aa  334  6e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1576  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.75 
 
 
1267 aa  333  7.000000000000001e-90  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.04 
 
 
1245 aa  332  2e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0357  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.41 
 
 
1310 aa  330  6e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464939  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.05 
 
 
1202 aa  330  7e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  39.3 
 
 
923 aa  328  2.0000000000000001e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2394  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.04 
 
 
1788 aa  328  3e-88  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0407078 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.19 
 
 
1771 aa  328  3e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  35.8 
 
 
2035 aa  325  2e-87  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50630  Periplasmic hybrid histidine protein kinase, two-component  38.95 
 
 
1030 aa  325  3e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.366718  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3505  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.12 
 
 
1784 aa  325  3e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.39 
 
 
1284 aa  324  5e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.92301  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  36.29 
 
 
1014 aa  324  6e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.04 
 
 
1333 aa  323  8e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000202305 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2979  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.76 
 
 
1340 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.698765 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.62 
 
 
1782 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0858  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.57 
 
 
1792 aa  321  3e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  36.79 
 
 
921 aa  322  3e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0870  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.34 
 
 
1786 aa  321  3e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3652  Signal transduction histidine kinase-like  36.88 
 
 
765 aa  321  3.9999999999999996e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.471696  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.7 
 
 
1165 aa  321  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3526  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.02 
 
 
920 aa  318  3e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00161337  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2106  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.55 
 
 
993 aa  318  3e-85  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0258  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.58 
 
 
1040 aa  317  6e-85  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.119641 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4322  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.38 
 
 
1245 aa  317  9e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02943  two-component system sensor protein  38.21 
 
 
727 aa  317  9e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00726909  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.72 
 
 
816 aa  316  9.999999999999999e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34 
 
 
1363 aa  315  1.9999999999999998e-84  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0627  histidine kinase  37.34 
 
 
1200 aa  315  2.9999999999999996e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  36.86 
 
 
1442 aa  315  2.9999999999999996e-84  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37090  alginate regulatory hybrid histidine protein kinase GacS  37.8 
 
 
905 aa  314  3.9999999999999997e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0555684  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2369  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.27 
 
 
1316 aa  314  4.999999999999999e-84  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2152  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 
985 aa  313  5.999999999999999e-84  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0146455  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0937  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  36.98 
 
 
852 aa  313  6.999999999999999e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.661814  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2890  peptidase M52, hydrogen uptake protein  36.47 
 
 
1053 aa  313  1e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3920  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  38.19 
 
 
758 aa  313  1e-83  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3070  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.74 
 
 
1166 aa  311  4e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109625 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2456  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 
1128 aa  311  5e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.165433 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3129  sensory box histidine kinase/response regulator  37.82 
 
 
1236 aa  310  6.999999999999999e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  36.47 
 
 
1346 aa  310  1.0000000000000001e-82  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03530  hybrid sensory histidine kinase BarA  36.54 
 
 
932 aa  310  1.0000000000000001e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.1 
 
 
1234 aa  310  1.0000000000000001e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.881781  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0577  sensory box histidine kinase/response regulator  37.15 
 
 
1188 aa  309  2.0000000000000002e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  36.47 
 
 
1135 aa  309  2.0000000000000002e-82  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0544  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.64 
 
 
981 aa  308  3e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.811836  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0459  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.46 
 
 
1230 aa  307  6e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.328016  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3314  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.08 
 
 
1582 aa  307  7e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.660804  hitchhiker  0.0000234203 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1850  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.36 
 
 
946 aa  306  8.000000000000001e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0866059  normal  0.191772 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0092  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.67 
 
 
1313 aa  306  1.0000000000000001e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.783031 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2361  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.58 
 
 
1560 aa  306  1.0000000000000001e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.32 
 
 
916 aa  306  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0675189  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52260  sensor/response regulator hybrid  36.1 
 
 
925 aa  306  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.173365 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.98 
 
 
812 aa  306  2.0000000000000002e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002502  BarA sensory histidine kinase  36.83 
 
 
932 aa  306  2.0000000000000002e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1598  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.09 
 
 
964 aa  306  2.0000000000000002e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.349888 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3788  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.08 
 
 
1238 aa  305  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3731  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.08 
 
 
1238 aa  305  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0576  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.78 
 
 
1236 aa  305  4.0000000000000003e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0678  ammonium transporter  34.78 
 
 
1322 aa  304  5.000000000000001e-81  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760367  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0602  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.65 
 
 
1057 aa  303  8.000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.862038  hitchhiker  0.00157552 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1548  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.78 
 
 
929 aa  303  8.000000000000001e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3698  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  36.33 
 
 
917 aa  303  8.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.34744  hitchhiker  0.00600076 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0577  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.6 
 
 
1236 aa  303  8.000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0979  sensor histidine kinase  36.7 
 
 
1574 aa  303  9e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449169 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0537  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.08 
 
 
1238 aa  303  9e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3453  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.6 
 
 
1236 aa  303  9e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0829  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.53 
 
 
1240 aa  303  9e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3706  Hpt sensor hybrid histidine kinase  37.08 
 
 
738 aa  303  1e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.89 
 
 
1238 aa  303  1e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2694  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.56 
 
 
1118 aa  303  1e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2958  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.16 
 
 
914 aa  303  1e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0730745  normal  0.010886 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0008  PAS  36.58 
 
 
1439 aa  302  2e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.130257  normal  0.0574671 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3502  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.21 
 
 
1236 aa  302  2e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4165  sensory box histidine kinase/response regulator  32.2 
 
 
1683 aa  301  3e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.418603  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>