More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3612 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3612  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 770 aa  1563    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.019984 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2892  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.39 
 
 		 1126 aa  436  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.121173  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3158  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.65 
 
 		 1131 aa  434  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0979379 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  42.75 
 
 		 1135 aa  400  9.999999999999999e-111  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2774  histidine kinase  43.74 
 
 		 761 aa  396  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  42.99 
 
 		 923 aa  387  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  42.17 
 
 		 921 aa  379  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0617  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.92 
 
 		 1398 aa  376  1e-103  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.536457  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0025  histidine kinase  44.36 
 
 		 849 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1949  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.26 
 
 		 1397 aa  370  1e-101  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.539898  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1357  cytoplasmic sensor hybrid histidine kinase  44.84 
 
 		 849 aa  372  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0258  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.03 
 
 		 1040 aa  369  1e-100  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.119641 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1268  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.56 
 
 		 1069 aa  366  1e-99  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  41.37 
 
 		 1177 aa  365  2e-99  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  41.71 
 
 		 1346 aa  363  5.0000000000000005e-99  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.51 
 
 		 1369 aa  362  2e-98  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.89 
 
 		 1326 aa  361  3e-98  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.129878 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0277  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.67 
 
 		 957 aa  360  4e-98  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.105373  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1850  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.71 
 
 		 946 aa  360  4e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0866059  normal  0.191772 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0015  histidine kinase  44.36 
 
 		 868 aa  359  9e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.461208 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.99 
 
 		 816 aa  359  9.999999999999999e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1548  Hpt sensor hybrid histidine kinase  39.06 
 
 		 929 aa  358  2.9999999999999997e-97  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.15 
 
 		 1202 aa  357  3.9999999999999996e-97  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2694  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.21 
 
 		 1118 aa  357  5e-97  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3920  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  35.76 
 
 		 758 aa  355  2e-96  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.79 
 
 		 1499 aa  352  2e-95  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2022  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.55 
 
 		 1258 aa  352  2e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.250401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2858  signal transduction histidine kinase-like protein  40.23 
 
 		 1001 aa  350  4e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.920291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4029  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.03 
 
 		 835 aa  350  8e-95  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.15703 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1512  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.66 
 
 		 1480 aa  349  1e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0878697 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  36.38 
 
 		 1014 aa  348  1e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  40.62 
 
 		 1407 aa  348  2e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  38.02 
 
 		 2213 aa  348  2e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0647  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.67 
 
 		 1064 aa  348  3e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.82 
 
 		 916 aa  346  8.999999999999999e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0961  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.26 
 
 		 1611 aa  346  1e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100608  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.82 
 
 		 1165 aa  346  1e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  36.9 
 
 		 1442 aa  345  2e-93  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1950  PAS sensor protein  38.49 
 
 		 1179 aa  345  2e-93  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.488377  hitchhiker  0.000911769 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.28 
 
 		 1820 aa  343  5.999999999999999e-93  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.52 
 
 		 1550 aa  343  5.999999999999999e-93  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1616  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.58 
 
 		 1240 aa  342  2e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98218  normal  0.696471 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0903  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.59 
 
 		 977 aa  342  2e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.393558  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2488  ribosomal-protein-alanine acetyltransferase  35.81 
 
 		 1109 aa  341  2.9999999999999998e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.876623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2842  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.14 
 
 		 936 aa  341  2.9999999999999998e-92  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.870655 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0419  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.37 
 
 		 1260 aa  341  4e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.784662  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.78 
 
 		 812 aa  341  4e-92  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  39.28 
 
 		 1763 aa  340  4e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5573  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.36 
 
 		 1203 aa  339  9.999999999999999e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.805596  normal  0.315829 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1596  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.07 
 
 		 705 aa  338  2.9999999999999997e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2718  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.29 
 
 		 1255 aa  337  3.9999999999999995e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403107 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.63 
 
 		 1284 aa  337  5e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.92301  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.83 
 
 		 1767 aa  336  1e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.14 
 
 		 833 aa  335  2e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.83 
 
 		 1767 aa  335  2e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.29 
 
 		 1363 aa  334  3e-90  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0366  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 		 1266 aa  334  4e-90  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.926091  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.2 
 
 		 1309 aa  333  5e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37090  alginate regulatory hybrid histidine protein kinase GacS  38.87 
 
 		 905 aa  333  6e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0555684  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0829  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.68 
 
 		 1240 aa  333  7.000000000000001e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3119  Signal transduction histidine kinase-like  34.95 
 
 		 861 aa  333  9e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2979  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.19 
 
 		 1340 aa  333  1e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.698765 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2370  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.04 
 
 		 1433 aa  333  1e-89  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2063  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.24 
 
 		 1622 aa  329  1.0000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578386 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0260  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.49 
 
 		 1287 aa  329  1.0000000000000001e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.579693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0092  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.18 
 
 		 1313 aa  329  1.0000000000000001e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.783031 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1392  PAS sensor protein  38.73 
 
 		 977 aa  328  2.0000000000000001e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.802774  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0747  signal transduction histidine kinase-like protein  38.12 
 
 		 1287 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.75 
 
 		 1090 aa  328  2.0000000000000001e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1501  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.92 
 
 		 925 aa  328  2.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3543  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.62 
 
 		 1603 aa  328  2.0000000000000001e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00143205 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2674  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.99 
 
 		 1305 aa  328  3e-88  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  37.05 
 
 		 1331 aa  328  3e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0937  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  37.06 
 
 		 852 aa  327  4.0000000000000003e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.661814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1977  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.02 
 
 		 1072 aa  327  4.0000000000000003e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732577  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1474  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.92 
 
 		 950 aa  327  5e-88  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4954  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.27 
 
 		 1016 aa  326  8.000000000000001e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0561599 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2711  Hpt sensor hybrid histidine kinase  39.54 
 
 		 818 aa  325  1e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0181892 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0141  Hpt sensor hybrid histidine kinase  39.86 
 
 		 778 aa  326  1e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1505  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.54 
 
 		 818 aa  325  2e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3164  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.65 
 
 		 1245 aa  324  3e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.26571  hitchhiker  0.00125378 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0240  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.82 
 
 		 1005 aa  324  4e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0627  histidine kinase  38.33 
 
 		 1200 aa  324  4e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0943  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.03 
 
 		 1384 aa  323  5e-87  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.292303  normal  0.468485 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1117  ATPase domain-containing protein  38.1 
 
 		 847 aa  323  6e-87  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.511479  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.07 
 
 		 1767 aa  323  6e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0678  ammonium transporter  38.52 
 
 		 1322 aa  323  7e-87  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760367  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3314  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.64 
 
 		 1582 aa  323  8e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.660804  hitchhiker  0.0000234203 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1096  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.18 
 
 		 1548 aa  323  9.000000000000001e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.363033 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.7 
 
 		 745 aa  322  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233978  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  37.64 
 
 		 1765 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2205  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.17 
 
 		 887 aa  321  3e-86  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.188088 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1381  Signal transduction histidine kinase-like protein  37.66 
 
 		 1468 aa  321  3e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.770562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2263  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  37.57 
 
 		 1009 aa  321  3.9999999999999996e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2456  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.41 
 
 		 1128 aa  321  3.9999999999999996e-86  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.165433 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  36.78 
 
 		 1351 aa  320  3.9999999999999996e-86  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3702  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.25 
 
 		 1234 aa  320  6e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2369  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.56 
 
 		 1316 aa  320  9e-86  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2377  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.41 
 
 		 1124 aa  319  1e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.506766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.86 
 
 		 1768 aa  318  2e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>