More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2774 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2774  histidine kinase  100 
 
 		 761 aa  1553    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3332  sensor histidine kinase/response regulator  53.07 
 
 		 819 aa  599  1e-170  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0265  histidine kinase  46.53 
 
 		 716 aa  601  1e-170  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.431831 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0025  histidine kinase  48.68 
 
 		 849 aa  550  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1357  cytoplasmic sensor hybrid histidine kinase  48.82 
 
 		 849 aa  550  1e-155  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0015  histidine kinase  47.31 
 
 		 868 aa  545  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.461208 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3612  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  43.75 
 
 		 770 aa  396  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.019984 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3158  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.91 
 
 		 1131 aa  395  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0979379 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2892  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.36 
 
 		 1126 aa  385  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.121173  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2694  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.86 
 
 		 1118 aa  361  3e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.18 
 
 		 1363 aa  353  7e-96  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  39.81 
 
 		 1407 aa  351  2e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  38.71 
 
 		 1135 aa  350  8e-95  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1268  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.88 
 
 		 1069 aa  348  1e-94  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  40.32 
 
 		 1346 aa  348  3e-94  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4029  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.51 
 
 		 835 aa  347  5e-94  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.15703 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.04 
 
 		 1369 aa  344  4e-93  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4142  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.31 
 
 		 916 aa  338  1.9999999999999998e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  41.68 
 
 		 921 aa  334  3e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.66 
 
 		 1550 aa  334  3e-90  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1576  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.8 
 
 		 1267 aa  333  8e-90  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1949  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.98 
 
 		 1397 aa  333  1e-89  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.539898  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0647  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.81 
 
 		 1064 aa  331  3e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  40.44 
 
 		 1177 aa  329  1.0000000000000001e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.89 
 
 		 1202 aa  328  2.0000000000000001e-88  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0617  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.86 
 
 		 1398 aa  328  2.0000000000000001e-88  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.536457  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  38.89 
 
 		 1014 aa  328  3e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2554  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.03 
 
 		 876 aa  327  4.0000000000000003e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00476673 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.31 
 
 		 812 aa  327  5e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.368148  normal  0.0314025 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3920  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  40.21 
 
 		 758 aa  327  7e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1950  PAS sensor protein  37.07 
 
 		 1179 aa  326  1e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.488377  hitchhiker  0.000911769 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0366  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.74 
 
 		 1266 aa  325  1e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.926091  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2022  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.63 
 
 		 1258 aa  325  2e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.250401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.67 
 
 		 1820 aa  324  3e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0937  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  36.89 
 
 		 852 aa  323  7e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.661814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2674  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.9 
 
 		 1305 aa  322  9.999999999999999e-87  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0357  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.17 
 
 		 1310 aa  322  1.9999999999999998e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1850  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.96 
 
 		 946 aa  320  5e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0866059  normal  0.191772 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.64 
 
 		 1768 aa  320  5e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1548  Hpt sensor hybrid histidine kinase  37.57 
 
 		 929 aa  320  6e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2394  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.63 
 
 		 1788 aa  320  7e-86  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0407078 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.42 
 
 		 1309 aa  319  1e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2842  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.25 
 
 		 936 aa  318  3e-85  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.870655 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0833  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.82 
 
 		 682 aa  317  4e-85  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0832804 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2979  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.14 
 
 		 1340 aa  317  5e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.698765 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0979  sensor histidine kinase  34.32 
 
 		 1574 aa  316  9e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449169 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1501  Hpt sensor hybrid histidine kinase  36.93 
 
 		 925 aa  316  9.999999999999999e-85  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0258  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.57 
 
 		 1040 aa  316  9.999999999999999e-85  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.119641 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0141  Hpt sensor hybrid histidine kinase  38.67 
 
 		 778 aa  315  1.9999999999999998e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1474  Hpt sensor hybrid histidine kinase  36.93 
 
 		 950 aa  315  2.9999999999999996e-84  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  37.36 
 
 		 1442 aa  315  2.9999999999999996e-84  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  36.32 
 
 		 1763 aa  314  3.9999999999999997e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.67 
 
 		 833 aa  314  3.9999999999999997e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2718  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.01 
 
 		 1255 aa  313  4.999999999999999e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403107 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.03 
 
 		 816 aa  312  2e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2370  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.91 
 
 		 1433 aa  311  2.9999999999999997e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  38.97 
 
 		 923 aa  310  4e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1165 aa  310  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2711  Hpt sensor hybrid histidine kinase  36.71 
 
 		 818 aa  309  1.0000000000000001e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0181892 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0628  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 		 1765 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.09 
 
 		 1767 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.7 
 
 		 1767 aa  307  4.0000000000000004e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1977  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.56 
 
 		 1072 aa  307  6e-82  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732577  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2456  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.49 
 
 		 1128 aa  307  6e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.165433 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4165  sensory box histidine kinase/response regulator  33.8 
 
 		 1683 aa  306  7e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.418603  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0943  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.51 
 
 		 1384 aa  306  8.000000000000001e-82  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.292303  normal  0.468485 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.85 
 
 		 1767 aa  306  8.000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1381  Signal transduction histidine kinase-like protein  36.54 
 
 		 1468 aa  306  9.000000000000001e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.770562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0316  response regulator, histidine kinase  36.05 
 
 		 891 aa  306  9.000000000000001e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.304506  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0260  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.57 
 
 		 1287 aa  306  1.0000000000000001e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.579693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  35.63 
 
 		 2213 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0277  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.33 
 
 		 957 aa  304  3.0000000000000004e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.105373  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1616  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.93 
 
 		 1240 aa  305  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98218  normal  0.696471 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0223  PAS  36.35 
 
 		 1214 aa  304  5.000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1512  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.08 
 
 		 1480 aa  303  6.000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0878697 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3543  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.16 
 
 		 1603 aa  303  6.000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00143205 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  32.73 
 
 		 1765 aa  302  1e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0829  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.63 
 
 		 1240 aa  302  1e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.34 
 
 		 1771 aa  303  1e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0678  ammonium transporter  36.36 
 
 		 1322 aa  301  2e-80  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760367  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5275  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.61 
 
 		 830 aa  301  2e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3314  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.52 
 
 		 1582 aa  301  3e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.660804  hitchhiker  0.0000234203 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  35.74 
 
 		 1331 aa  300  5e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3595  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.14 
 
 		 744 aa  300  6e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1392  PAS sensor protein  37.13 
 
 		 977 aa  300  6e-80  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.802774  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.7 
 
 		 1193 aa  300  7e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.802864 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3652  Signal transduction histidine kinase-like  35.53 
 
 		 765 aa  299  1e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.471696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4954  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.18 
 
 		 1016 aa  298  2e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0561599 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3119  Signal transduction histidine kinase-like  35.05 
 
 		 861 aa  298  2e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4428  PAS sensor protein  39.74 
 
 		 693 aa  298  2e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.426756 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2488  ribosomal-protein-alanine acetyltransferase  36.33 
 
 		 1109 aa  298  3e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.876623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 		 1326 aa  298  3e-79  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.129878 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1596  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.55 
 
 		 705 aa  298  3e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3526  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 		 920 aa  297  6e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00161337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0961  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.25 
 
 		 1611 aa  296  7e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100608  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2377  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.03 
 
 		 1124 aa  296  7e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.506766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1083  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.27 
 
 		 887 aa  296  9e-79  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.240403  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0419  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.68 
 
 		 1260 aa  296  1e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.784662  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4892  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.06 
 
 		 700 aa  296  1e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.434534  normal  0.941332 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2687  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.99 
 
 		 784 aa  295  2e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.762737  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>