More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4698 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007509  Bcep18194_C7317  TonB-dependent receptor  54.74 
 
 		 903 aa  865    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.924215 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5002  TonB-dependent receptor  50.05 
 
 		 935 aa  823    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0825514 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2994  TonB-dependent receptor  50.53 
 
 		 913 aa  801    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00795438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1726  TonB-dependent receptor  54.23 
 
 		 941 aa  950    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0257056  normal  0.0675197 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4698  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 893 aa  1812    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.644067 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6367  TonB-dependent receptor  54.44 
 
 		 941 aa  951    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0355327  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6373  TonB-dependent receptor  47.53 
 
 		 906 aa  746    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.470665  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1720  TonB-dependent receptor  47.74 
 
 		 906 aa  745    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.147478  normal  0.673092 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1447  TonB-dependent receptor  50.48 
 
 		 914 aa  810    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1705  TonB-dependent receptor  47.53 
 
 		 906 aa  746    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.278713  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1711  TonB-dependent receptor  54.44 
 
 		 941 aa  951    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2298  TonB-dependent receptor  33.29 
 
 		 874 aa  400  9.999999999999999e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.867047  normal  0.236375 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0477  TonB-dependent receptor  32.09 
 
 		 879 aa  396  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0967  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 		 869 aa  263  1e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0133332  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00638  iron transport protein  26.54 
 
 		 827 aa  256  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3922  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 		 948 aa  251  3e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.719329  normal  0.0833572 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37730  putative TonB dependent receptor  27.51 
 
 		 880 aa  248  3e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.951701  normal  0.164066 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3121  TonB-dependent receptor  27.9 
 
 		 884 aa  246  9e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.518679 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0138  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 904 aa  245  3e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.764609  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0268  TonB system transport protein, putative  27.3 
 
 		 877 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0906  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 		 875 aa  242  2e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3740  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 901 aa  240  6.999999999999999e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1754  putative outer membrane cobalamin receptor protein  26.18 
 
 		 834 aa  237  7e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.902091 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1883  TonB-dependent receptor  25.14 
 
 		 928 aa  229  2e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.320358  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1806  TonB-dependent receptor  24.92 
 
 		 927 aa  228  3e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.248046  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  27.08 
 
 		 891 aa  226  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1939  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 		 854 aa  222  3e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.246541 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2904  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 		 944 aa  220  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0341  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 		 909 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000307773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0680  TonB-dependent receptor  25.59 
 
 		 852 aa  218  4e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000204176  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3254  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 950 aa  213  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.647514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2049  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 867 aa  209  2e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115789  normal  0.0404089 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2001  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 867 aa  208  3e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00988263  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1986  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 867 aa  206  1e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.430479  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2338  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 867 aa  205  3e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.094918  normal  0.111511 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1100  outer membrane receptor protein  24.02 
 
 		 922 aa  205  4e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000948721  hitchhiker  0.00320832 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2967  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 857 aa  205  4e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000174041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0404  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 896 aa  204  4e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0380405  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2393  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 866 aa  204  5e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.228025  normal  0.562058 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0516  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 		 909 aa  204  6e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0428705 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3562  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 861 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000011652  normal  0.26922 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3753  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 861 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000402099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3630  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 861 aa  202  3e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0837  TonB-dependent receptor  24.54 
 
 		 855 aa  200  1.0000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.111272  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1868  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 		 935 aa  199  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31102  normal  0.519882 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2548  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 		 1001 aa  198  3e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01107  TonB-dependent receptor  24.49 
 
 		 871 aa  196  1e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0244435  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0738  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 		 847 aa  196  1e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0108325  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2628  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 868 aa  196  1e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000198241  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0782  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 861 aa  196  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.089219  normal  0.0917766 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0754  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 861 aa  196  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95641  normal  0.139424 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2618  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 		 849 aa  195  3e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000702632  normal  0.386313 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3184  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 		 861 aa  195  4e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.162767  hitchhiker  0.00577733 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2119  TonB-dependent receptor  24.75 
 
 		 890 aa  193  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.817127  hitchhiker  0.00248227 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1859  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 890 aa  193  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127168 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1569  TonB-dependent receptor  25.91 
 
 		 869 aa  192  2.9999999999999997e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000550471  decreased coverage  0.0000000582733 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3813  TonB-dependent receptor  24.08 
 
 		 991 aa  191  4e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.722498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  27.65 
 
 		 839 aa  190  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1120  TonB-dependent receptor  24.71 
 
 		 942 aa  189  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00264761 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0991  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 		 925 aa  187  9e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0120803  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2263  TonB-dependent receptor  24.44 
 
 		 882 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.594677  normal  0.894337 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2036  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 		 841 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.519963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0739  TonB-dependent receptor  24.3 
 
 		 912 aa  185  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0580341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  24.85 
 
 		 843 aa  185  4.0000000000000006e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2335  TonB-dependent receptor  24.44 
 
 		 882 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0682535  normal  0.0458053 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2404  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 872 aa  182  2.9999999999999997e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001855  outer membrane receptor protein  24.35 
 
 		 866 aa  181  7e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  24.4 
 
 		 842 aa  180  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1903  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 855 aa  179  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000110647  hitchhiker  0.0000976809 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2480  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 876 aa  179  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  hitchhiker  0.0000950091 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1914  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 890 aa  178  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073326 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 838 aa  178  4e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2044  TonB-dependent receptor, plug  27.53 
 
 		 709 aa  178  5e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0644838  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 		 869 aa  177  8e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1497  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 883 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0195918 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1564  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 883 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0877437 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2075  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 855 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00318528  hitchhiker  0.00256739 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 		 836 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2169  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 1064 aa  176  1.9999999999999998e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.576978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 		 873 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2907  TonB-dependent receptor domain-containing protein  24.94 
 
 		 884 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1958  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 853 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0202201  normal  0.592447 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2244  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 892 aa  174  5e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00187564 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1520  TonB-dependent receptor  22.64 
 
 		 1055 aa  174  5e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1558  TonB-dependent receptor  25.06 
 
 		 883 aa  174  5e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.786788  normal  0.359395 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2355  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 897 aa  174  6.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  26.25 
 
 		 853 aa  173  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2875  TonB-dependent receptor plug  23.77 
 
 		 896 aa  173  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943225 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  26.33 
 
 		 853 aa  173  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  26.33 
 
 		 853 aa  173  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 910 aa  172  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2427  TonB-dependent receptor, putative  26.08 
 
 		 853 aa  172  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3411  TonB-dependent receptor  24.45 
 
 		 953 aa  173  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.961049 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0820  TonB-dependent receptor  24.01 
 
 		 975 aa  172  3e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1503  outer membrane receptor protein  26.38 
 
 		 899 aa  171  7e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1252  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 		 907 aa  169  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000104446  unclonable  0.0000165135 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2699  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 886 aa  169  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.475317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2624  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 886 aa  169  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0750923  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  24.89 
 
 		 873 aa  169  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2871  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 935 aa  167  9e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>