194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5914 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  100 
 
 		 188 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  52.15 
 
 		 193 aa  173  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  43.09 
 
 		 184 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  40.34 
 
 		 184 aa  111  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  39.46 
 
 		 184 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  37.57 
 
 		 182 aa  108  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  37.22 
 
 		 179 aa  102  4e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  42.08 
 
 		 177 aa  99  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  38.59 
 
 		 178 aa  97.1  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  30.11 
 
 		 183 aa  96.7  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  36.17 
 
 		 199 aa  95.5  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  39.25 
 
 		 183 aa  95.1  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  34.83 
 
 		 199 aa  94.4  9e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  34.64 
 
 		 197 aa  92  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  34.64 
 
 		 197 aa  92  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  36.36 
 
 		 184 aa  90.9  9e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  39.11 
 
 		 204 aa  89.7  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  35.75 
 
 		 195 aa  89  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  31.07 
 
 		 195 aa  87.4  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  36.36 
 
 		 184 aa  87.4  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  32.58 
 
 		 178 aa  84.7  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  30.73 
 
 		 179 aa  84  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  32.4 
 
 		 178 aa  83.2  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  32.2 
 
 		 177 aa  82.8  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0408  2'-5' RNA ligase  34.27 
 
 		 176 aa  81.3  0.000000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  34.97 
 
 		 186 aa  80.1  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  31.28 
 
 		 178 aa  79.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  32.2 
 
 		 177 aa  79.3  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  32.4 
 
 		 182 aa  79.3  0.00000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0096  2'-5' RNA ligase  31.28 
 
 		 196 aa  79  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  32.2 
 
 		 188 aa  78.6  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  31.28 
 
 		 179 aa  78.6  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  35.12 
 
 		 184 aa  77.8  0.00000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  31.28 
 
 		 178 aa  77.4  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  31.32 
 
 		 179 aa  74.7  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_004310  BR0084  hypothetical protein  29.61 
 
 		 196 aa  73.9  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.514694  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  29.61 
 
 		 196 aa  73.9  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  31.89 
 
 		 191 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  32.02 
 
 		 179 aa  72.4  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  34.78 
 
 		 189 aa  71.2  0.000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  33.89 
 
 		 185 aa  70.1  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  33.33 
 
 		 190 aa  69.7  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  36.18 
 
 		 194 aa  69.7  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  25.73 
 
 		 174 aa  70.1  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  31.76 
 
 		 177 aa  69.3  0.00000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  29.57 
 
 		 178 aa  69.7  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  28.88 
 
 		 194 aa  69.3  0.00000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  30.51 
 
 		 178 aa  68.9  0.00000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  31.03 
 
 		 181 aa  68.9  0.00000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  32.97 
 
 		 180 aa  68.6  0.00000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  30.6 
 
 		 183 aa  68.6  0.00000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  33.08 
 
 		 181 aa  67.8  0.00000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19240  2'-5' RNA ligase  32.56 
 
 		 174 aa  67  0.0000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0390929 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 188 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  32.02 
 
 		 179 aa  67  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1484  2'-5' RNA ligase  26.44 
 
 		 173 aa  66.2  0.0000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0261  2'-5' RNA ligase  32.96 
 
 		 179 aa  66.2  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00684061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  32.78 
 
 		 188 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  35.06 
 
 		 195 aa  65.5  0.0000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0994  2'-5' RNA ligase  25.29 
 
 		 174 aa  65.1  0.0000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.657287  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  32.11 
 
 		 201 aa  65.1  0.0000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146255 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  29.78 
 
 		 179 aa  64.7  0.0000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  33.52 
 
 		 200 aa  64.7  0.0000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  27.21 
 
 		 182 aa  64.7  0.0000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  36.3 
 
 		 196 aa  64.7  0.0000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  25.29 
 
 		 174 aa  64.3  0.0000000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  29.35 
 
 		 187 aa  62  0.000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  31.01 
 
 		 173 aa  62  0.000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0243  2',5' RNA ligase  37.31 
 
 		 182 aa  61.2  0.000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.938124  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  26.32 
 
 		 183 aa  61.2  0.000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  30.43 
 
 		 185 aa  60.8  0.00000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  32.1 
 
 		 192 aa  60.8  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1290  2'-5' RNA ligase  28.26 
 
 		 190 aa  60.8  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.189928  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  32.7 
 
 		 182 aa  59.7  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5848  2'-5' RNA ligase  31.9 
 
 		 176 aa  60.1  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2055  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 184 aa  59.3  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.180735  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0821  2'-5' RNA ligase  34.95 
 
 		 188 aa  58.9  0.00000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  29.41 
 
 		 176 aa  58.9  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  26.92 
 
 		 187 aa  57.4  0.0000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  25.2 
 
 		 176 aa  57  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  26.15 
 
 		 171 aa  57.4  0.0000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  26.4 
 
 		 187 aa  57.4  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  31.28 
 
 		 190 aa  57  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  29.01 
 
 		 183 aa  56.6  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  32.33 
 
 		 179 aa  57  0.0000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  31.03 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  31.55 
 
 		 193 aa  56.2  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  29.55 
 
 		 189 aa  55.1  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1975  2',5' RNA ligase  30.86 
 
 		 193 aa  54.3  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0184  2',5' RNA ligase  31.07 
 
 		 185 aa  53.9  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  29.1 
 
 		 186 aa  53.9  0.000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0746  2'-5' RNA ligase  31.52 
 
 		 170 aa  54.3  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.836735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  30.94 
 
 		 193 aa  53.9  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14670  2'-5' RNA ligase  33.16 
 
 		 176 aa  53.1  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.346276  normal  0.71286 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  30.6 
 
 		 186 aa  53.5  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0080  2'-5' RNA ligase  22.87 
 
 		 202 aa  52.4  0.000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.91428  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0111  2'-5' RNA ligase  33.72 
 
 		 190 aa  52.4  0.000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  24.85 
 
 		 194 aa  52  0.000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  25.71 
 
 		 194 aa  52  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  23.08 
 
 		 180 aa  51.6  0.000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>