More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2803 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2757  secretion protein HlyD  85.64 
 
 		 376 aa  647    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.220243  normal  0.336362 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2803  secretion protein HlyD  100 
 
 		 376 aa  749    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.602838  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2497  secretion protein HlyD  76.06 
 
 		 376 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0156219  normal  0.535826 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4556  RND family efflux transporter MFP subunit  47.71 
 
 		 383 aa  294  2e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.589535  normal  0.76991 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2372  RND family efflux transporter MFP subunit  41.95 
 
 		 395 aa  256  4e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1651  secretion protein HlyD  38.61 
 
 		 407 aa  251  1e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.986785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0450  RND family efflux transporter MFP subunit  40.18 
 
 		 407 aa  247  3e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.825026 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1610  RND family efflux transporter MFP subunit  40.84 
 
 		 394 aa  245  8e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.665479  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.87 
 
 		 377 aa  218  8.999999999999998e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.34 
 
 		 440 aa  218  1e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2957  secretion protein HlyD  37.76 
 
 		 389 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0178504  normal  0.933874 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.97 
 
 		 379 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000851177  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1596  RND family efflux transporter MFP subunit  35.13 
 
 		 398 aa  203  3e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.566633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.69 
 
 		 388 aa  202  6e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.479598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0838  RND family efflux transporter MFP subunit  36.49 
 
 		 387 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4389  RND family efflux transporter MFP subunit  36.86 
 
 		 387 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0818366 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1169  RND family efflux transporter MFP subunit  34.05 
 
 		 389 aa  196  5.000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.567946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3395  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.39 
 
 		 389 aa  196  6e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  35.37 
 
 		 462 aa  196  6e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.78 
 
 		 455 aa  196  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0380  secretion protein HlyD  35.65 
 
 		 400 aa  195  1e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3424  secretion protein HlyD  34.76 
 
 		 412 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2902  secretion protein HlyD  36.07 
 
 		 464 aa  192  6e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.56576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  33.25 
 
 		 411 aa  192  9e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0900  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.34 
 
 		 384 aa  191  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000108273  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2499  RND family efflux transporter MFP subunit  33.63 
 
 		 416 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3537  putative component of multidrug efflux pump, mdtA-like protein  33.61 
 
 		 389 aa  189  8e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  33.76 
 
 		 386 aa  188  1e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0732  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.09 
 
 		 440 aa  187  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2558  secretion protein HlyD  33.7 
 
 		 451 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14330  Secretion protein HlyD family  36.68 
 
 		 401 aa  188  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774042  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28820  secretion protein, HlyD family  35.33 
 
 		 441 aa  187  3e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.20411  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1332  multidrug efflux system subunit MdtA  31.2 
 
 		 444 aa  185  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713792  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3932  multidrug resistance protein mdtA precursor  34.58 
 
 		 473 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.416339 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  33.65 
 
 		 413 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2104  RND family efflux transporter MFP subunit  36.56 
 
 		 450 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  31.38 
 
 		 419 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0736  RND family efflux transporter MFP subunit  32.09 
 
 		 387 aa  184  3e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  33.24 
 
 		 444 aa  183  4.0000000000000006e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0514  secretion protein HlyD  34.15 
 
 		 523 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131685  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_003296  RS03141  putative resistance transmembrane protein  36.83 
 
 		 449 aa  183  5.0000000000000004e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  33.24 
 
 		 427 aa  183  5.0000000000000004e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.29 
 
 		 462 aa  182  9.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.29 
 
 		 462 aa  182  9.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2065  secretion protein HlyD  34.14 
 
 		 454 aa  182  1e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.309375  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0601  secretion protein HlyD  35.01 
 
 		 459 aa  182  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.251315  normal  0.72194 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.03 
 
 		 391 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1312  multidrug efflux system subunit MdtA  33.65 
 
 		 410 aa  181  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164615  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2202  RND family efflux transporter MFP subunit  31.75 
 
 		 407 aa  182  1e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2907  RND efflux system membrane fusion protein  35.78 
 
 		 433 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484522  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2753  HlyD family secretion protein  32.49 
 
 		 444 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1523  secretion protein HlyD  34.15 
 
 		 457 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.116484 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  32.93 
 
 		 415 aa  180  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  32.93 
 
 		 415 aa  180  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2519  RND family efflux transporter MFP subunit  31.05 
 
 		 462 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0990554 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1771  RND family efflux transporter MFP subunit  34.95 
 
 		 469 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.75905 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2742  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.05 
 
 		 462 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.333603 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.93 
 
 		 415 aa  178  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2482  secretion protein HlyD  33.62 
 
 		 434 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179732  normal  0.227362 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  32.93 
 
 		 415 aa  178  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  32.93 
 
 		 455 aa  179  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  32.93 
 
 		 415 aa  178  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  35.05 
 
 		 457 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1080  RND family efflux transporter MFP subunit  35.05 
 
 		 463 aa  178  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.21193  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  32.93 
 
 		 415 aa  178  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4306  HlyD family secretion protein  34.74 
 
 		 456 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0237047  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1266  secretion protein HlyD  31.35 
 
 		 411 aa  176  4e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.279661  normal  0.224738 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2094  RND family efflux transporter MFP subunit  33.94 
 
 		 377 aa  176  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0888739  normal  0.0111779 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2922  RND family efflux transporter MFP subunit  32.6 
 
 		 459 aa  176  4e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.363027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  32.62 
 
 		 415 aa  176  5e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1172  RND family efflux transporter MFP subunit  35.51 
 
 		 454 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5556  HlyD family secretion protein  32.1 
 
 		 460 aa  176  5e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.357056  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  32.62 
 
 		 415 aa  176  5e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2802  RND family efflux transporter MFP subunit  34.07 
 
 		 430 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.662741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1577  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.94 
 
 		 434 aa  176  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.321925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1788  RND family efflux transporter MFP subunit  36.25 
 
 		 383 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1198  RND family efflux transporter MFP subunit  35.51 
 
 		 457 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1129  secretion protein HlyD  33.63 
 
 		 388 aa  176  6e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0780076 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3552  multidrug efflux system subunit MdtA  32.81 
 
 		 413 aa  176  6e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2447  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.99 
 
 		 462 aa  176  7e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1364  membrane fusion protein MdtA  35.47 
 
 		 442 aa  176  7e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.284522  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0719  secretion protein HlyD  35.51 
 
 		 457 aa  176  7e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0971  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.94 
 
 		 416 aa  176  7e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3581  secretion protein HlyD  32.43 
 
 		 407 aa  175  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.434034  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.07 
 
 		 435 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1369  membrane fusion protein MdtA  35.67 
 
 		 445 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1309  HlyD family secretion protein  32.88 
 
 		 388 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1501  HlyD family secretion protein  35.67 
 
 		 445 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.310778  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2866  HlyD family secretion protein  33.85 
 
 		 576 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  34.49 
 
 		 426 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3489  RND family efflux transporter MFP subunit  32.18 
 
 		 381 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  32.22 
 
 		 458 aa  173  5e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.553493  normal  0.934455 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  34.18 
 
 		 426 aa  173  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  33.75 
 
 		 435 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4661  secretion protein HlyD  32.84 
 
 		 386 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0572  secretion protein HlyD  33.12 
 
 		 498 aa  172  9e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0544292  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  32.43 
 
 		 435 aa  172  9e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1513  secretion protein HlyD  37.3 
 
 		 404 aa  172  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.461504  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  32.8 
 
 		 422 aa  172  1e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.22 
 
 		 416 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>